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[FRB-Cesab] Ouverture de l’appel à projets SYNERGY avec SinBiose / FAPESP / CEBA sur la biodiversité néotropicale

En partenariat avec le SinBiose, la FAPESP et le LabEX CEBA, la Fondation pour la recherche sur la biodiversité (FRB) ouvre un appel à projets de recherche au travers de son Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité (Cesab), pour financer deux projets de recherche innovants portant sur la biodiversité néotropicale. Les projets soumis sont ouverts aux domaines des sciences naturelles et/ou des sciences humaines et sociales, et doivent viser à développer la synthèse d’idées et de concepts et/ou l’analyse de données existantes.

 

Les projets sélectionnés seront financés pour une durée de trois ans, incluant : le recrutement d’un post-doctorant basé au Brésil pendant deux ans, l’organisation de quatre réunions du groupe de travail (deux en France, à Montpellier au Cesab et deux dans l’état de São Paulo au Brésil), la valorisation des résultats, ainsi qu’un appui logistique, technique et administratif.

 

  • Date de clôture des pré-propositions : 30 juillet 2021, 12:00 CEST

 

 

Plus d'informations

Protéger l’océan pour la préservation de la biodiversité, l’approvisionnement en nourriture et l’atténuation du changement climatique

La 15ème réunion de la Conférence des parties (COP15) de la Convention des Nations unies sur la diversité biologique (CDB), qui doit se tenir en 2021, devrait déboucher sur un accord mondial en faveur de la nature, avec un consensus émergent visant à protéger au moins 30% de l’océan global d’ici 2030. 

 

Les résultats de l’étude coordonnée par Enric Sala publiée en mars 2021 dans le journal Nature, donnent du crédit à cet objectif et suggèrent qu’une augmentation de la surface des aires marines protégées et une répartition spatiale cohérente de ces dernières pourraient avoir un triple avantage : non seulement mieux protéger la biodiversité marine par rapport à l’existant, mais aussi stimuler la productivité des pêcheries, en exploitant une moins grande surface mais avec de meilleurs rendements, et amoindrir les émissions de carbone remis en suspension par le chalutage profond. 

 

La synthèse est disponible dans les ressources téléchargeables.

[FRB-Cesab] Autour de la publication Woodiv : les arbres euro-méditerranéens dans une base de données

Du sapin d’Espagne (Abies pinsapo), espèce endémique d’Andalousie, au chêne doré (Quercus alnifolia) de Chypre, le bassin méditerranéen abrite des espèces emblématiques. Ces arbres ont toujours fasciné leur entourage et les botanistes. Pourtant, les arbres méditerranéens sont comparativement moins connus que leurs parents nordiques qui sont largement étudiés en raison du fort intérêt économique pour les forêts tempérées. 

 

Anne-Christine Monnet, membre du projet FRB-Cesab Woodiv, raconte dans un article autour de la publication “WOODIV, a database of occurrences, functional traits, and phylogenetic data for all Euro-Mediterranean trees”, parue en mars 2021 dans la revue Scientific data, comment Agathe Leriche, porteuse du projet Woodiv, et Frédéric Guiter, membre du projet, ont réuni des scientifiques et des botanistes pour rassembler et combiner les connaissances et les données des arbres d’Europe méditerranéenne initialement dans des bases de données nationales éparses vers une méga-base de données normalisées de haute qualité. 

 

 

Lire l'artcile complet (en anglais)

[FRB-Cesab / CIEE] Les écosystèmes de la Terre à une époque de changement planétaire : six écologistes discutent des défis et des solutions

Le centre de synthèse canadien CIEE-ICEE a organisé avec l’aide du Cesab de la FRB, l’Ambassade de France à Vancouver et l’Université de British Columbia une conférence d’1h30 le mercredi 7 avril 2021 à 16h00 PT (Pacific Time) – 01h00 heure française.

 

Les six panélistes de « Les écosystèmes de la Terre à une époque de changement planétaire : six écologistes discutent des défis et des solutions » sont Bastien Mérigot (Université de Montpellier) – porteur du projet FRB-Cesab / CIEE Fishglob, Nicolas Loeuille (Sorbonne Université), Shawn Leroux (Memorial University of Newfoundland), William Cheung (University of British Columbia), Nancy Shackell (Bedford Institute of Oceanography) et Isabelle Gounand (Sorbonne Université) – porteur du projet FRB-Cesab / CIEE Red-Bio.

 

Vous pouvez dès à présent visionnez la conférence ci-dessous (en anglais).

 

[Appel à projets FRB-Cesab / Ittecop] Les projets Navidiv et Bridge sélectionnés

Dans le cadre de l’appel à projets FRB-Cesab / Ittecop sur la thématique “Approche territoriale de la biodiversité : infrastructures de transport, milieux naturels et agricoles”, les projets Navidiv et Bridge ont été retenus par le comité scientifique de l’appel.

 

Infrastructures de navigation fluviale et biodiversité : impacts et opportunités pour la gestion du paysage navigable

Porteurs de projet : Alienor JELIAZKOV – INRAE (France) et Jean-Nicolas BEISEL – ENGEES/CNRS (France)

 

Quand corridors routiers, corridors fluviaux et bords de cultures entrent en contact : co-construction paysagère des diversités taxonomique et fonctionnelle végétales

Porteurs de projet : Eric TABACCHI – CNRS-INEE (France) et Guillaume FRIED – ANSES (France)

 

Les projets feront appel à l’analyse de larges jeux de données pour, entre autres, évaluer les impacts des infrastructures de transport sur la biodiversité et analyser les facteurs économiques, socio-techniques et politiques  qui contribuent au déploiement de ces infrastructures et leur degré de prise en compte de la biodiversité.

 

[Communiqué] Protéger l’océan pour résoudre conjointement les crises du climat, de l’alimentation et de la biodiversité

Une équipe de recherche internationale cartographie pour la première fois les zones océaniques qui, si elles étaient protégées, permettraient d’atténuer les effets du changement climatique, de préserver la biodiversité et de permettre une meilleure productivité des pêcheries. Ces travaux font l’objet d’une publication dans la revue Nature. Ils sont le fruit de la collaboration de 26 scientifiques et impliquent des chercheurs de l’Université de Montpellier et de l’Ifremer, avec la participation du CNRS. Ce travail a été en partie financé par la Fondation pour la recherche sur la biodiversité (FRB), EDF et la fondation Total, au travers des projets de recherche Free et Pelagic du Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité (Cesab) de la FRB.

 

Cette nouvelle étude, la plus complète à ce jour, est publiée aujourd’hui et propose une solution pour relever les défis les plus urgents de l’humanité. Elle démontre qu’une protection bien ciblée des océans pourrait à la fois contribuer à un meilleur approvisionnement en ressources alimentaires marines, fournir une solution naturelle et peu onéreuse pour lutter contre le changement climatique, et enfin davantage protéger la biodiversité menacée.

 

 

Consultez le communiqué complet

 

Protéger l’océan pour résoudre conjointement les crises du climat, de l’alimentation et de la biodiversité

Cette nouvelle étude, la plus complète à ce jour, est publiée aujourd’hui et propose une solution pour relever les défis les plus urgents de l’humanité. Elle démontre qu’une protection bien ciblée des océans pourrait à la fois contribuer à un meilleur approvisionnement en ressources alimentaires marines, fournir une solution naturelle et peu onéreuse pour lutter contre le changement climatique, et enfin davantage protéger la biodiversité menacée.

 

L’équipe scientifique a identifié des zones qui, si elles étaient protégées, permettraient de sauvegarder plus de 80 % des habitats d’espèces marines menacées et d’augmenter les captures annuelles de plus de huit millions de tonnes par rapport aux débarquements mondiaux actuels. L’étude est également la première à quantifier les émissions de dioxyde de carbone dans l’océan par le chalutage, une pratique de pêche très répandue – et elle révèle que le chalutage rejette des centaines de millions de tonnes de dioxyde de carbone dans l’atmosphère chaque année, un volume similaire à celui émis par le trafic aérien mondial.

 

“La vie océanique est en déclin dans le monde entier en raison de la surpêche, de la destruction des habitats et du changement climatique. Pourtant, seulement 7 % de l’océan mondial est actuellement protégé”, déclare le Dr Enric Sala, explorateur au sein de la National Geographic Society et auteur principal de la publication. “Dans cette étude, nous avons mis au point une nouvelle méthode pour identifier les zones qui, si elles sont fortement protégées, engendreraient une meilleure production alimentaire tout en préservant la vie marine et en réduisant les émissions de CO2“, ajoute-t-il. “Il est clair que l’humanité et l’économie bénéficieront d’un océan plus sain. Nous pouvons concrétiser ces avantages rapidement si les pays travaillent ensemble pour protéger au moins 30 % de l’océan mondial d’ici 2030.” 

 

Pour identifier ces zones prioritaires, les scientifiques se sont notamment focalisés sur les aires marines non protégées et y ont évalué le degré d’impact des activités humaines. Puis, ils ont estimé le niveau d’impact positif qui pourrait découler de la protection de ces zones. Ils ont ensuite mis au point un algorithme permettant d’identifier les zones où des mesures de protection seraient les plus avantageuses pour générer des bénéfices multiples : protéger la biodiversité, augmenter la production de ressources alimentaires marines et diminuer les émissions de gaz à effet de serre. Ces zones sont identifiables sur des cartes globales (cf. figure) qui pourront concrètement servir de guide aux gouvernements afin que ces derniers puissent mettre en pratique leurs engagements de protection de la nature. L’étude offre ainsi un cadre inédit permettant aux pays de décider des zones à protéger en fonction de leurs priorités nationales.

 

Figure_CP_nb of goals

 

Figure : Répartition des zones pouvant générer des bénéfices multiples (goals) si des mesures de protection strictes y étaient mises en place (bénéfices : protéger la biodiversité, augmenter la production de ressources alimentaires marines et diminuer les émissions de gaz à effet de serre). (Source : Sala et al, 2021)

 

Seul impératif, il faut qu’au moins 30 % des océans soient protégés pour qu’ils puissent offrir de multiples avantages à l’humanité. Cette étude scientifique pourrait servir de référence pour la 15e conférence des Nations Unies sur la convention sur la diversité biologique, qui aura lieu à Kunming (Chine) en fin d’année 2021 et dont une des cibles clé, serait de protéger 30 % des terres et des océans de la planète d’ici 2030 (objectif “30×30”). “Les solutions présentant de multiples avantages sont attrayantes tant pour les citoyens que pour les dirigeants. Notre approche pionnière leur permet d’identifier les zones à protéger afin de faire face aux enjeux majeurs de l’humanité : la sécurité alimentaire, le changement climatique et la perte de biodiversité”, a déclaré le Dr. Sala.

 

[1] Biodiversité marine, exploitation et conservation (MARBEC, CNRS/Ifremer/IRD/Université de Montpellier)

 

 

Pour aller plus loin... les solutions enjeu par enjeu et des citations supplémentaires

 

 

 

Un prix pour la biodiversité des arbres en Méditerranée : la science des arbres phylogénétiques mise au service la conservation

Une étude issue du projet de recherche Woodiv, co-financé par le Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité (Cesab) de la Fondation pour la recherche sur la biodiversité (FRB) et le Labex OT-Med, a récemment été reconnue par la Société botanique de France comme étant le meilleur article scientifique publié en 2020 dans la revue Botany Letters. Les auteurs de l’étude ont reçu le prix Jussieu, d’une valeur de 5 000 €, qui a pour vocation de soutenir la recherche en botanique.

 

Les travaux menés par Cheikh Albassatneh et ses collègues ont permis de produire, pour la première fois, un arbre phylogénétique des différents genres d’arbres présents en Méditerranée européenne, genres identifiés par le consortium dans l’article de Médail et al. (2019). Cette représentation, qui tire son nom du grec phylon pour « famille » et genesis pour « création », figure les liens de parentés entre les êtres vivants, afin de retracer et dater les principales étapes de l’évolution des organismes depuis un ancêtre commun.

 

Les chercheurs ont ainsi étudié les 64 genres d’arbres indigènes de l’Europe méditerranéenne et construit un arbre phylogénétique basé sur leurs séquences ADN chloroplastiques [1]. Ils ont ensuite comparé cet arbre phylogénétique avec un autre, basé cette fois sur les caractéristiques biologiques, aussi appelées traits fonctionnels.

 

Zoom sur les traits fonctionnels

Les traits fonctionnels, liés au type de reproduction (pollinisation, fleurs hermaphrodites ou unisexe) ou au type de dispersion des graines, sont souvent utilisés comme indicateurs de biodiversité. Ils permettent de caractériser à la fois les menaces qui pèsent sur la diversité taxonomique (c’est-à-dire les différentes espèces ou genres d’arbres) et celles qui pèsent sur la diversité fonctionnelle (c’est-à-dire liée aux différents traits biologiques).

 

Ces deux méthodes de classification des êtres vivants ont fourni des résultats différents, montrant que la diversité fonctionnelle n’est pas prédictible par la diversité phylogénétique ou taxonomique, et vice versa.

 

De plus, contrairement à l’arbre basé sur les traits fonctionnels, la fréquence au sein des genres des espèces classées comme vulnérables par l’UICN [2] est distribuée au hasard dans l’arbre phylogénétique (basé sur les séquences d’ADN), hormis pour certains taxons particulièrement mal connus. Ainsi, les causes de la vulnérabilité des arbres de Méditerranée ne sont pas seulement liées à la façon dont ils ont évolués au cours du temps. Elles sont essentiellement à rechercher dans des menaces plus globales se manifestant dans l’ensemble de la Méditerranée (par exemple, changement d’utilisation des terres, incendies, etc.). Les stratégies de conservation des arbres de Méditerranée ne peuvent donc pas se focaliser uniquement sur certains groupes et doivent envisager une réduction générale des impacts affectant leurs habitats.

 

La phylogénie permet d’aller encore plus loin pour alimenter les stratégies de protection et de conservation des arbres forestiers méditerranéens. Une nouvelle étude issue du même projet de recherche Woodiv a été publié le 7 février dernier dans la revue Diversity and Distributions. Des chercheurs ont utilisé l’arbre phylogénétique des 64 genres d’arbres méditerranéens pour en évaluer la variabilité spatiale, dans 643 parcelles de 50 km x 50 km sur tout le bassin méditerranéen européen (voir Figure). Ils montrent que le sud de l’Espagne, Chypre et certaines îles de la mer Égée contiennent des zones d’une diversité phylogénétique disproportionnellement grande et identifient ces zones comme des cibles prioritaires pour la conservation des arbres forestiers européens.

 

Figure article woodiv Fev 2021

Figure : Carte de diversité génétique relative. Les zones en bleu clair et en bleu foncé, indiquent une diversité phylogénétique des genres euro-méditerranéen significativement plus forte qu’attendue. A l’inverse, les zones rouges et marrons, indiquent une diversité phylogénétique des genres euro-méditerranéens significativement plus faibles qu’attendue.

 

Les données utilisées dans ces deux études sont issues d’une base de données construite par les chercheurs du projet Woodiv et mise à disposition de la communauté scientifique. Elle fait l’objet d’une publication dans Nature Scientific Data et rassemble plus de un million de données de présence, phylogénétiques et écologiques pour les arbres indigènes de Méditerranée européenne.

 

[1] Les chloroplastes sont les éléments cellulaires responsables de la photosynthèse

[2] L’Union internationale pour la conservation de la nature est l’une des principales organisations non gouvernementales mondiales consacrées à la conservation de la nature. Elle classe les espèces selon leur risque d’extinction, de « préoccupation mineure » à « éteint » en passant par « quasi menacée », « vulnérable » ou encore « en danger ».

 

La diminution de la pêche en mer du Nord permet un regain des communautés de poissons

Bonne nouvelle pour la biodiversité marine de la mer du Nord ! Alors que la biodiversité mondiale connait une crise majeure [1], une étude publiée la semaine dernière dans Proceedings of the Royal Society B montre que l’abondance de la plupart des espèces présentant des stratégies écologiques originales vivant en mer du Nord augmente à mesure que la pression de la pêche diminue et que les océans se réchauffent.

 

La résistance et la résilience des écosystèmes marins face au changement climatique et aux activités humaines sont des préoccupations majeures, notamment car ces écosystèmes assurent toute une série de services essentiels à l’Homme. La pêche par exemple permet de nourrir plus de 10 % de la population mondiale. Le maintien des stocks halieutiques constitue donc aujourd’hui un défi majeur face à une demande accrue. Optimiser la gestion de la pêche est plus que jamais indispensable et nécessite de mieux connaître la réponse des communautés de poissons face aux diverses variations de leur environnement, qu’elles soient d’origine anthropique ou naturelle.  

 

Coordonnée par des chercheurs français et américains et co-financée par la Fondation pour la recherche sur la biodiversité (FRB) dans le cadre de son Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité (Cesab) et par le groupe Électricité de France (EDF), cette étude apporte des éléments de réponse en se basant sur un travail de synthèse conséquent, rassemblant 33 ans d’enquêtes scientifiques sur l’ensemble de la mer du Nord ! L’objectif ? Caractériser et comprendre la dynamique des communautés de poissons de la mer du Nord dans un contexte de réchauffement des eaux et de réduction progressive de l’intensité de pêche [2].

 

 

L’enjeu de l’originalité fonctionnelle (ou de la diversité des fonctions)

 

L’équipe de chercheurs s’est notamment intéressée aux espèces originales de par leurs caractéristiques biologiques et écologiques que sont les espèces « fonctionnellement distinctes ». Pour cela, elle a étudié les données issues de campagnes scientifiques et les caractéristiques écologiques des espèces de poissons vivant en mer du Nord : leur régime alimentaire, leur âge à maturité sexuelle, la taille de leurs œufs, leur positionnement dans la colonne d’eau, etc. – autant d’éléments qui donnent des indications sur le rôle écologique de ces espèces dans leur écosystème. Pour ce travail, les chercheurs sont partis du principe que les espèces fonctionnellement distinctes – c’est-à-dire les espèces ayant des caractéristiques uniques comme, par exemple, une maturité sexuelle très tardive ou un régime alimentaire particulier par rapport aux autres espèces  – peuvent soutenir des rôles écologiques importants et potentiellement irremplaçables, et ainsi contribuer de manière disproportionnée au fonctionnement des écosystèmes.

 

En conséquence, les chercheurs distinguent à la fois des espèces fonctionnellement distinctes – par exemple le requin-hâ (Galeorhinus galeus) ou la grande castalogne (Brama brama) – et des espèces fonctionnellement communes – par exemple le rouget barbet (Mullus surmuletus) ou le grondin gris (Eutrigla gurnardus). Les chercheurs ont aussi montré que les espèces fonctionnellement distinctes se caractérisent par une maturité sexuelle tardive, une progéniture peu nombreuse et des soins parentaux importants, beaucoup étant des requins et des raies qui jouent un rôle essentiel dans la chaîne alimentaire marine.

 

 

Les résultats

 

Durant ces 30 dernières années, l’abondance de la plupart des espèces étudiées a augmenté, et ce, principalement en raison d’une pêche moins intense. Plus précisément, c’est principalement dans le sud de la mer du Nord, là où la pêche était historiquement la plus intense, que l’abondance des espèces fonctionnellement distinctes a le plus augmenté. C’est une bonne nouvelle pour les écosystèmes marins et une démonstration que les efforts de limitation des pressions liées à la pêche finissent par payer, surtout pour les espèces les plus fonctionnellement distinctes qui sont généralement non ciblées par les pêcheries mais malgré cela très sensibles à la pêche suite aux prises auxiliaires (voir figure).

 

Figure_Murgier et al_2021021

Figure : Les espèces ayant les caractéristiques les plus originales, et étant donc les plus fonctionnellement distinctes, sont les plus vulnérables face à la pêche, certaines d’entre elles étant aussi parmi les plus menacées selon l’UICN. Le statut UICN est représenté par couleur (CR = en danger critique d’extinction, rouge foncée; EN = en danger, rouge; VU = vulnérable, orange; NT = quasi-menacée, jaune; LC = préoccupation mineure, vert; DD = données insuffisantes, gris)

 

Nous devons cependant poursuivre nos efforts vers une gestion durable de ces milieux fragiles, notamment parce que parmi les espèces les plus distinctes, certaines d’entre elles sont considérées comme menacées d’extinction selon l’Union internationale pour la conservation de la nature (UICN) et ont vu leur abondance diminuer au cours des 30 dernières années en mer du Nord, comme le pocheteau gris (Dipturus batis) et l’aiguillat commun (Squalus acanthias).

 

Enfin, l’équipe de chercheurs souligne l’importance de l’inclusion d’une composante fonctionnelle dans les plans de gestion pour permettre d’assurer une conservation plus pertinente des espèces et des écosystèmes.

 

 

[1] Dans son rapport de 2019, la plateforme intergouvernementale sur la biodiversité et les services écosystémiques (Ipbes) évoque près d’un million d’espèces animales et végétales menacées d’extinction si aucune mesure n’est prise pour freiner cette tendance.

[2] La réduction progressive de l’intensité de la pêche s’est faite suit à la mise en place, dans les années 1990, d’une réglementation basée sur l’application de quotas en vue d’une exploitation durable.

[FRB-Cesab] Une publication du groupe Score-Reef reconstruit le réseau alimentaire des récifs coralliens

Connaître le réseau alimentaire d’un écosystème signifie comprendre son architecture, ses flux de matière et d’énergie, et finalement permet de mieux le protéger. Cependant, pour les systèmes très riches, comme les forêts primaires ou les récifs coralliens, nous ne connaissons pas encore de façon globale l’ensemble des relations alimentaires entre espèces.

 

Sur la base de l’arbre de la vie, qui décrit les relations évolutives entre espèces, une équipe de recherche a montré que de nouveaux algorithmes d’apprentissage automatique permettent de prévoir de façon assez précise l’ensemble des relations alimentaires chez les poissons de récifs.

 

Cette étude, à laquelle des scientifiques du Centre de recherches insulaires et observatoire de l’environnement (Criobe), de l’IRD, de l’Institut méditerranéen d’océanologie (M.I.O) et du Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité (Cesab) de la Fondation pour la recherche sur la biodiversité (FRB) ont contribué, est parue dans le numéro de Janvier 2021 de PLoS Biology.

 

Découvrez l'article publié par le CNRS

 

 

  • Référence de l’article 

Parravicini V, Casey JM, Schiettekatte NMD, Brandl SJ, Pozas-Schacre C, Carlot J, et al. (2020) Delineating reef fish trophic guilds with global gut content data synthesis and phylogeny. PLoS Biol 18(12): e3000702. https://doi.org/10.1371/journal.pbio.3000702

 

 

  • Le Cesab 

Programme phare de la FRB, le Cesab (Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité) est une structure de recherche au rayonnement international dont l’objectif est de mettre en œuvre des travaux innovants de synthèse et d’analyse des jeux de données déjà existants dans le domaine de la biodiversité. Localisé à Montpellier, il accueille chaque année de nombreux chercheurs, issus de tous les continents.

 

Plus d'informations sur le projet Score-Reef

[FRB-Cesab] Newsletter Cesab – Janvier 2021

UN MOT DU NOUVEAU PRÉSIDENT DE LA FRB

 

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Denis Couvet

La Fondation pour la recherche sur la biodiversité a comme ambition de mieux connaître la dynamique de la biodiversité, en interaction avec celles des sociétés. Elle a vocation à construire, avec l’ensemble des acteurs, publics et privés, la société civile, des approches basées sur la nature, donc la biodiversité. Une autre préoccupation est de savoir anticiper les impacts, opportunités, effets pervers… de ces approches, dans un cadre intégratif, systémique. Le centre de synthèse créé par la FRB, le Cesab, est un outil d’excellence pour répondre à ces différents objectifs.

 

En réunissant les meilleures équipes scientifiques, internationales, autour de synthèses scientifiques couplant données, modèles et concepts, les travaux du Cesab doivent nous permettre de mieux comprendre le fonctionnement de la biodiversité, son état et sa dynamique, aux différentes échelles, du local au global. En éclairant ainsi l’organisation des systèmes écologiques et des socio-écosystèmes, le Cesab doit nous aider à aborder la complexité de ces systèmes, envisager les conditions de leur résilience.

 

Je souhaite, pour l’année qui s’annonce, des développements ambitieux et des actions enthousiasmantes auxquels l’équipe FRB, que j’ai l’honneur de présider depuis le 1er janvier, ainsi que la communauté scientifique, pourront s’atteler collectivement. 
 

Denis Couvet

 

 

L’équipe du Cesab tient à remercier collectivement Jean-François Silvain, président de la FRB ces sept dernières années. Sa contribution a été inestimable et sa perspicacité ainsi que ses conseils nous manqueront. 

P.S. : n’hésitez pas à inviter vos collègues à s’inscrire à notre newsletter et à la partager !

 

 

LES ACTUALITÉS DU CESAB 

 

    • Recrutement de deux post-doctorants

 

Deux offres de post-doctorats sont actuellement disponibles pour travailler sur les projets sélectionnés dans le cadre de l’appel à projets de revues systématiques.

  • Projet AGRI-TE sur la transition agro-écologique (18 mois)
  • Projet INDYSEM sur les services des écosystèmes marins (18 mois)

 

 

Voir les offres de post-doctorats

 

 

    • Ça s’est passé en 2020

 

> Des chercheurs du Cesab dans la liste des chercheurs les plus cités

Highly cited researcher 2020

Clarivate Plc a dévoilé sa liste de “Highly Cited Researchers 2020”, la liste des chercheurs les plus cités, le 18 novembre dernier. Cette liste annuelle identifie les chercheurs qui ont démontré une influence significative dans leur(s) domaine(s) d’étude par la publication de plusieurs articles hautement cités au cours de la dernière décennie. 

 

12 chercheurs de cette liste font partie de groupes FRB-Cesab – un reflet de l’excellence des projets du Cesab et un point fort pour les chercheurs exceptionnels qui travaillent avec le Cesab et qui ont un fort impact sur la communauté de recherche, mesuré par le taux de citation de leurs travaux.

 

> Les post-doctorants des projets FRB-Cesab

 

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Simon Brandl

Simon Brandl, post-doctorant du projet Score-Reef a obtenu un poste de professeur à l’Université du Texas en septembre 2020.

 

85% des post-doctorants des groupes Cesab évoluent encore dans le milieu universitaire, selon une enquête menée auprès des porteurs de projet Cesab en 2020. Le financement de post-doctorants dédiés à chaque projet est une particularité des groupes de travail Cesab et un véritable atout pour l’animation et la dynamique scientifique des groupes. C’est aussi une réelle opportunité en termes de carrière professionnelle pour ces jeunes chercheurs.

 

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Jérémy carlot

Un nouveau post-doctorant a donc rejoint le projet Score-Reef : Jérémy Carlot. Jérémy a effectué sa thèse au Centre de recherches insulaires et observatoire de l’environnement (Criobe) sur la thématique de la protection côtière des îles récifales. Il a principalement étudié les fonctions que fournissent les récifs coralliens (telles que la calcification, la photosynthèse et la respiration) afin de comprendre la distribution corallienne actuelle de l’île de Mo’orea, en Polynésie française.

 

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Ali Ben Abbes

Un nouveau post-doctorant, dédié au projet Parsec a rejoint l’équipe du Cesab de la FRB en septembre 2020 : Ali Ben Abbes. Ali travaille sur le projet Parsec pour estimer les paramètres socio-économiques à proximité des aires protégées, à partir d’images satellites et de techniques d’intelligence artificielle. Basé aujourd’hui à Montpellier entre le Cesab et le Lirmm, Ali a obtenu son doctorat en informatique de l’École nationale d’informatique de l’Université de la Manouba, Tunisie, et de l’Université Clermont-Ferrand II, France, en 2016. Il a précédemment effectué un post-doctorat au laboratoire CARTEL de l’Université de Sherbrooke, au Canada. Il est également chercheur permanent au Laboratoire RIADI, Université de la Manouba, Tunisie, depuis 2010.

 

 

    • Les formations de 2020

 

> Octobre 2020 – La formation ECOinfo-FAIR 2020 est accueillie au Cesab

 

Formation_ecoinfofair2020

 

Dans le cadre de l’infrastructure de recherche “Pôle national des données de biodiversité” (PNDB), les réflexions et actions en cours sur les aspects FAIRisation de la donnée (en anglais FAIR : Findable, Accessible, Interoperable and Reusable) proposent la mise en place de produits et services, autour de la donnée de biodiversité, “aussi FAIR et open que possible”. 

 

Grâce au support du réseau DevLOG (réseau des acteurs du Développement logiciel au sein de l’Enseignement supérieur et de la recherche), le PNDB a organisé une formation du 19 au 21 octobre en distanciel multisites (Concarneau, Paris et au Cesab à Montpellier).

 

> Novembre 2020 – Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique

 

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Quelques participants de la formation 2020

Le Cesab de la FRB et le GDR EcoStat ont organisé en virtuel du 2 au 6 novembre 2020, la seconde édition de la formation « Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique ». 23 étudiant(e)s, ingénieur(e)s et chercheurs/chercheuses de toute la France, ont assisté à cette formation à distance en visio-conférence.

 

Nicolas Casajus (FRB-Cesab), Stéphane Dray (CNRS LBBE), Olivier Gimenez (CNRS Cefe), François Guilhaumon (IRD Marbec) et Nina Schiettekatte (EPHE Criobe) y ont présenté les outils indispensables pour une recherche reproductible (git/GitHub, rmarkdown, drake, packages R, etc.). Les participants ont aussi eu du temps pour mettre en pratique les connaissances acquises en début de semaine lors de projets en sous-groupes en fin de semaine. 

 

 

    • Les appels à projets de 2020

 

> Appel à projets FRB-Cesab 2020

 

 

La FRB, au travers de son Cesab, a ouvert en 2020 un appel à projets de recherche pour financer trois projets innovants de synthèse d’idées et de concepts et/ou d’analyse de données existantes, en vue d’améliorer la connaissance scientifique relative à la biodiversité et à permettre de mieux la protéger. 

 

53 projets ont été reçus. Les projets sélectionnés seront financés pour une durée de trois ans, incluant : le recrutement d’un post-doctorant sur deux ans, l’organisation de six réunions du groupe de travail au Cesab, la valorisation des résultats, ainsi qu’un appui logistique, technique et administratif. 

 

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© Geoffroy Lasne

L’appel a été officiellement lancé la 12 octobre 2020, en compagnie de la ministre de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation Frédérique Vidal et de la Secrétaire d’État à la biodiversité Bérangère Abba. À cette occasion, les deux ministres ont salué l’innovation et l’excellence dont fait preuve la recherche française sur la biodiversité. Elles ont également souligné le caractère innovant des travaux menés par le Cesab de la FRB et l’importance de la collecte et de l’analyse des données d’observation pour relever le défi mondial de l’érosion de la biodiversité

 

> Deux projets sélectionnés dans le cadre de l’appel à projets de revues systématiques

 

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Deux projets ont été retenus par le comité de pilotage et de sélection. Les deux projets pourront mobiliser cartographie systématique, évaluation critique et synthèse narrative du corpus de textes sélectionnés, en vue de la rédaction d’articles de synthèse destiné à des revues scientifiques internationales. 

 

  • Thème 1 : État et devenir de la biodiversité marine à l’heure des changements globaux 

InDySem : Influence des dynamiques écologiques sur la production et la demande de services écosystémiques marins. Une revue systématique pour l’aide à la décision.

Porteur de projet : Eric Thiebaut – Sorbonne Université, Paris (France)

 

  • Thème 2, en partenariat avec la Fondation Agropolis : Des solutions pour la transition agro-écologique qui préservent la biodiversité 

Agri-TE (Agriculture Transition Evidence) : Synthèse des impacts des pratiques agricoles et de la transition agricole à l’échelle mondiale pour appuyer l’aide à la décision

Porteur de projet : Damien Beillouin – Cirad, Hortys, Montpellier (France)

 

> Appel à projets FRB-Cesab / France Filière Pêche : le projet Maestro sélectionné

 

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Maestro est un projet porté par Arnaud Auber et Camille Albouy, tous deux affiliés à l’Ifremer, qui s’intéressera aux effets du changement climatique sur les communautés marines exploitées.

 

Le projet sera basé sur l’analyse et la synthèse de données existantes, ainsi que la modélisation des effets des changements climatiques sur la biodiversité des stocks halieutiques européens et les pêcheries associées (Atlantique nord-est et Méditerranée). Il s’agira notamment de contribuer à mieux comprendre la réponse de la biodiversité des ressources halieutiques et des pêcheries dans le contexte des  changements climatiques, pour aider à mettre en place des mesures de gestion des pêches adaptative. 

 

Le projet démarrera dans les mois qui viennent avec une probable réunion virtuelle du groupe au premier semestre 2021.

 

> Appel à projets FRB-Cesab / Ittecop

 

FRB-Cesab_Ittecop_AAP

 

Les projets reçus sont en cours d’évaluation  et l’annonce du projet sélectionné se fera début février 2021. Le projet sera fondé sur l’analyse et la synthèse de données existantes, sur la thématique “Approche territoriale de la biodiversité : infrastructures de transport, milieux naturels et agricoles” à l’échelle géographique européenne

 

 

LES GROUPES DE TRAVAIL CESAB

 

Malgré la situation sanitaire, qui empêche les chercheurs de se rencontrer physiquement dans les locaux du Cesab à Montpellier, les groupes restent actifs et travaillent à distance (voir l’article À la FRB, le Cesab toujours en activité !). Ces réunions virtuelles assurent la poursuite des travaux des projets et plusieurs articles scientifiques ont été publiés au cours des derniers mois, dont certains dans des revues à fort impact comme Nature Communication, Global Change Biology, etc. 

 

Les réunions des groupes seront essentiellement virtuelles pendant la première moitié de 2021 et nous croisons les doigts pour que la situation sanitaire s’améliore, et que les groupes puissent à nouveau se réunir au Cesab après l’été. Si tel est le cas, pas moins de 17 groupes se succéderont entre septembre et décembre 2021. 

 

Le Cesab devrait également accueillir quatre Cesabafter en 2021 : des réunions complémentaires durant lesquels les groupes Afrobiodrivers, Functionalwebs, Geisha et Raatd  pourront prolonger leurs travaux de recherche. 

 
 
Retrouvez l'intégralité des projets Cesab
 
 
    • Nouvelles publications scientifiques des groupes Cesab
 

Actias

 

Ballesteros Mejia L, Arnal P, Hallwachs W, Haxaire J, Janzen D, Kitching IJ & Rougerie R (2020) A global food plant dataset for wild silkmoths and hawkmoths and its use in documenting polyphagy of their caterpillars (Lepidoptera: Bombycoidea: Saturniidae, Sphingidae). Biodiversity Data Journal8, e60027. doi: 10.3897/BDJ.8.e60027.

 

Disco-Weed

 

Bourgeois B, Gaba S, Plumejeaud C & Bretagnolle V (2020) Weed diversity is driven by complex interplay between multi-scale dispersal and local filtering. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences287, 20201118. doi: 10.1098/rspb.2020.1118.

 

Fried G, Armengot L, Storkey J, Bourgeois B, Gaba S, Violle C & Munoz F (2020) Do ecological specialization and functional traits explain the abundance-frequency relationship? Arable weeds as a case study. Journal of Biogeography, accepted. doi: 10.1111/jbi.13980.

 

Gaba S, Cheviron N, Perrot T, Piutti S, Gautier J-L & Bretagnolle V (2020) Weeds enhance multifunctionality in arable lands in South-West of France. Frontiers in Sustainable Food Systems4, 71. doi: 10.3389/fsufs.2020.00071.

 

Divgrass

 

Denelle P, Violle C & Munoz F (2020) Generalist plants are more competitive and more functionally similar to each other than specialist plants: insights from network analyses. Journal of Biogeography47, 1922–1933. doi: 10.1111/jbi.13848.

 

Free

 

Grenié M, Violle C & Munoz F (2020) Is prediction of species richness from stacked species distribution models biased by habitat saturation? Ecological Indicators111, 105970. doi: 10.1016/j.ecolind.2019.105970.

 

Laroche F, Violle C, Taudière A & Munoz F (2020) Analyzing snapshot diversity patterns with the Neutral Theory can show functional groups’ effects on community assembly. Ecology101, e02977. doi: 10.1002/ecy.2977.

 

Loiseau N, Mouquet N, Casajus N, Grenié M, Guéguen M, Maitner B, Mouillot D, Ostling A, Renaud J, Tucker C, Velez L, Thuiller W & Violle C (2020) Global distribution and conservation status of ecologically rare mammal and bird species. Nature Communications11, 5071. doi: 10.1038/s41467-020-18779-w.

 

Mahaut L, Fort F, Violle C & Freschet GT (2020) Multiple facets of diversity effects on plant productivity: Species richness, functional diversity, species identity and intraspecific competition. Functional Ecology34, 287–298. doi: 10.1111/1365-2435.13473.

 

Functionalwebs

 

Bonhomme C, Céréghino R, Carrias J-F, Compin A, Corbara B, Jassey V, Leflaive J, Farjalla VF, Marino NAC, Rota T, Srivastava DS & Leroy C (2020) In situ resistance, not immigration, supports invertebrate community resilience to drought intensification in a neotropical ecosystem. Journal of Animal Ecology, accepted. doi: 10.1111/1365-2656.13392.

 

Céréghino R, Françoise L, Bonhomme C, Carrias J-F, Compin A, Corbara B, Jassey V, Leflaive J, Rota T, Farjalla VF & Leroy C (2020) Desiccation resistance traits predict freshwater invertebrate survival and community response to drought scenarios in a Neotropical ecosystem. Ecological Indicators119, 106839. doi: 10.1016/j.ecolind.2020.106839.

 

Guzman LM, Trzcinski MK, Barberis IM, Céréghino R, Srivastava DS, Gilbert B, Pillar VD, de Omena PM, MacDonald AAM, Corbara B, Leroy C, Ospina Bautista F, Romero GQ, Kratina K, Debastiani VJ, Gonçalves AZ, Farjalla VF, Richardson BA, Richardson MJ, Dézerald O, Petermann J, Talaga S, Piccoli GCO, Jocqué M & Montero G (2020) Climate influences the response of community functional traits to local conditions in bromeliad invertebrate communities. Ecography, accepted. doi: 10.1111/ecog.05437.

 

Geisha

 

Chang CW, Ye H, Miki T, Deyle ER, Souissi S, Anneville O, Adrian R, Chiang Y-R, Ichise S, Kumagai M, Matsuzaki SS, Shiah F-K, Wu J-T, hao Hsieh C & Sugihara G (2020) Long-term warming destabilizes aquatic ecosystems through weakening biodiversity-mediated causal networks. Global Change Biology26, 6413–6423. doi: 10.1111/gcb.15323.

 

Parsec

 

David R, Mabile L, Specht A, Stryeck S, Thomsen M, Yahia M, Jonquet C, Dollé L, Jacob D, Bailo D, Bravo E, Gachet S, Gunderman H, Hollebecq J-E, Ioannidis V, Le Bras Y, Lerigoleur E & Cambon-Thomsen A (2020) FAIRness Literacy: The Achilles’ Heel of Applying FAIR Principles. Data Science Journal19, 32. doi: 10.5334/dsj-2020-032.

 

Jarry R, Chaumont M, Berti-Équille L & Subsol G (2020) Assessment of CNN-based methods for poverty estimation from satellite images. Proceeding of the 25th International Conference on Pattern Recognition, ICPR’2021, 11th IAPR International Workshop on Pattern Recognition in Remote Sensing, PRRS’2021, 15p.

 

Specht A, Corrêa P, Belbin L & Loescher HW (2020) Critical research infrastructure: The importance of synthesis centers. Elephant in the Lab. doi: 10.5281/zenodo.3660920.

 

Score-Reef

 

Brandl SJ, Johansen JL, Casey JM, Tornabene L, Morais RA & Burt JA (2020) Extreme environmental conditions reduce coral reef fish biodiversity and productivity. Nature Communications11, 3832. doi: 10.1038/s41467-020-17731-2.

 

Parravicini V, Casey JM, Schiettekatte NMD, Brandl SJ, Pozas-Schacre C, Carlot J, Edgar GJ, Graham NAJ, Harmelin-Vivien M, Kulbicki M, Strona G & Stuart-Smith RD (2020) Delineating reef fish trophic guilds with global gut content data synthesis and phylogeny. PLoS Biology18, e3000702. doi: 10.1371/journal.pbio.3000702.

 

    • Nouvelles publications scientifiques de l’équipe FRB-Cesab

 

Helmstetter AJ, Amoussou BEN, Bethune K, Kamdem NG, Glèlè Kakaï R, Sonké B & Couvreur TLP (2020) Phylogenomic approaches reveal how climate shapes patterns of genetic diversity in an African rain forest tree species. Molecular Ecology29, 3560–3573. doi: 10.1111/mec.15572.

 

Helmstetter AJ, Béthune K, Kamdem NG, Sonké B & Couvreur TL (2020) Individualistic evolutionary responses of Central African rain forest plants to Pleistocene climatic fluctuations. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America117, 32509–32518. doi: 10.1073/pnas.2001018117.

 

Helmstetter AJ, Kamga SM, Bethune K, Lautenschläger T, Zizka A, Bacon CD, Wieringa JJ, Stauffer F, Antonelli A, Sonké B & Couvreur TLP (2020) Unraveling the phylogenomic relationships of the most diverse African palm genus Raphia (Calamoideae, Arecaceae). Plants9, 549. doi: 10.3390/plants9040549.

 

Helmstetter AJ, Papadopulos AST, Igea J & Van Dooren TJM (2020) Trait evolution and historical biogeography shape assemblages of annual killifish. Journal of Biogeography47, 1955–1965. doi: 10.1111/jbi.13912.

 
 

Retrouvez l'intégralité des publications scientifiques liées au Cesab

 

 

PORTRAIT DE CHERCHEUR : THOMAS COUVREUR

 

Thomas Couvreur

Thomas Couvreur, porteur du projet Rainbio, fini en 2017 et co-financé par la région Provence Alpes Côte d’Azur

 

“Rainbio a été le premier grand projet que j’ai eu à gérer, seulement trois ans après mon entrée à l’IRD (Institut de recherche pour le développement) et a été fondamental pour le développement de ma carrière. Diriger un groupe aussi important de chercheurs internationaux a été un défi, mais m’a permis d’acquérir beaucoup d’expérience. J’ai vraiment apprécié d’être le porteur de projet et nous avons passés beaucoup de bons moments ensembles. Le groupe était solide et les relations étaient toujours très bonnes, même aujourd’hui nous continuons une étroite collaboration dans différents projets. Je repense avec nostalgie aux jours de Rainbio, aux réunions et aux dîners à Aix en Provence (premier site du Cesab avant son déménagement à Montpellier en janvier 2019) !

 

Aujourd’hui, il y a tant de données générées et disponibles, et peu de financeurs sont intéressés à rassembler les gens et à synthétiser ces données.  Cependant, si nous voulons relever les défis actuels à grande échelle en matière de biodiversité, de tels efforts sont vitaux. Je pense que nous l’avons très bien montré avec Rainbio. Lorsque j’ai eu l’idée de fusionner les bases de données d’herbiers en une seule, il a d’abord été difficile d’obtenir du soutien et beaucoup ont dit que c’était trop compliqué. Cependant, le Cesab a fourni une situation idéale, ainsi qu’un excellent post-doctorant pour y parvenir. Il est intéressant de noter que des efforts similaires ont été entrepris parallèlement à Rainbio, avec le groupe de travail Bien (Botanical Information and Ecology Newtwork) et que ces projets se rejoignent maintenant (voir Enquist BJ et al., (2019) The commonness of rarity : Répartition mondiale et future de la rareté entre les plantes terrestres. Science Advances, doi : 10.1126/sciadv.aaz0414.)”

 

  • Le projet Rainbio s’est intéressé aux forêts tropicales humides d’Afrique et a publié une base de données gratuite contenant des occurrences géoréférencées de haute qualité de plantes vasculaires d’Afrique tropicale subsaharienne. Rainbio a également créé un paquet R “ConR” qui permet des évaluations préliminaires rapides de conservation par lots selon les critères B des directives de l’UICN

 

  • Rainbio est toujours actif : sept publications ont été publiées après la fin du projet et les dernières ont fait l’objet d’un communiqué de presse “La synthèse de données au service de la flore tropicale africaine menacée“. Le Cesab a également joué un rôle important dans la mise en place du projet “Global” qui débutera en 2020, pour lequel Thomas Couvreur a reçu un financement de l’ECR (European Resarch Council) de 1 950 000 €, pour travailler sur la diversification de la forêt tropicale humide. 

 

LE CESAB en 2020

 

 

Plus d'informations sur le Cesab

 

[Appel à projets FRB-Cesab / France Filière Pêche] Le projet Maestro sélectionné

Dans le cadre de l’appel à projets FRB-Cesab / France Filière Pêche, le projet Maestro a été retenu par le comité de pilotage et de sélection du Cesab.

 

Maestro est un projet porté par Arnaud AUBER et Camille ALBOUY, tous deux affiliés à l’Ifremer, qui s’intéressera aux effets du changement climatique sur les communautés marines exploitées.

 

Le projet sera basé sur l’analyse et la synthèse de données existantes, ainsi que la modélisation des effets des changements climatiques sur la biodiversité des stocks halieutiques européens et les pêcheries associées (Atlantique nord-est et Méditerranée). Il s’agira notamment de contribuer à mieux comprendre la réponse de la biodiversité des ressources halieutiques et des pêcheries dans le contexte des  changements climatiques, pour aider à mettre en place des mesures de gestion des pêches adaptative. 

 

 

En savoir plus sur Maestro

À la FRB, le Cesab toujours en activité !

Malgré la situation sanitaire qui ne permet pas d’accueillir les chercheurs dans les locaux du Cesab à Montpellier, les groupes restent actifs et travaillent à distance. C’est le cas, cette semaine pour les participants des projets Free et Red-Bio. 

 

 

Le projet Free, où il est question de la rareté fonctionnelle

 

Le projet Free a débuté en 2018 et travaille sur la rareté fonctionnelle : comment définir cette rareté, comment la quantifier, comment identifier les causes et les conséquences de celle-ci. Les participants de ce groupe ont récemment publié, en collaboration avec des chercheurs de différents instituts, un article sur la base des données récoltées au sein de ce projet et dans lequel ils montrent que les espèces d’oiseaux et de mammifères terrestres écologiquement rares sont les plus menacées (voir le communiqué de presse « Rareté écologique des oiseaux et des mammifères terrestres : la double peine »).

Porté par Cyrille Violle (CNRS) et Caroline Tucker (Université de Colorado, USA), le groupe s’est retrouvé (en ligne !) cette semaine pour faire le point sur les différents travaux au cours au sein du projet.

 

 

Le projet Red-Bio, où il est question de déplacements d’animaux face aux changements globaux

 

Le projet Red-Bio a débuté cette année et les participants n’ont pas encore eu l’occasion de faire leur première réunion dans les locaux du Cesab. Ils ont toutefois pu se retrouver pour une première réunion virtuelle grâce à l’appui de l’équipe du Cesab de la FRB, ainsi que celle de l’institut canadien d’écologie et d’évolution (ICEE). C’est l’occasion pour les participants de discuter des avancés du projet, dont la principale question de recherche est la suivante : dans quelles conditions, les interactions entre les communautés biologiques et l’environnement pourraient générer une hétérogénéité spatiale des ressources abiotiques ?

Les participants couvrent un large éventail géographique allant de Vancouver, au Canada, à Montpellier, en France, et cette première réunion a permis de voir clairement la diversité des idées au sein du groupe, mais surtout de détecter des éléments de convergence. Ce projet est issu de l’appel à projet Synergy organisé en collaboration avec l’ICEE et est porté par Isabelle Gounand (CNRS) et Eric Harvey (Université de Montréal).

 

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Première réunion du groupe Red-Bio

 

Ces réunions permettent aux groupes FRB-Cesab de continuer à travailler sur leurs projets et plusieurs articles scientifiques sont ainsi parus ces derniers mois dont certains dans des journaux à fort impact : Nature Communication, Global Change Biology,… voir tous les articles ici. Ces travaux, ont pour objectif de faire avancer les connaissances dans le but d’améliorer notre compréhension des écosystèmes et de leur biodiversité et ainsi assurer leur gestion et leur conservation efficaces.

[Appel à projets de revues systématiques FRB-Cesab] Deux projets sélectionnés !

Dans le cadre de l’appel à projets de revues systématiques FRB-Cesab, deux projets ont été retenus par le comité de pilotage et de sélection. Les deux projets pourront mobiliser cartographie systématique, évaluation critique et synthèse narrative du corpus de textes sélectionnés, en vue de la rédaction d’articles de synthèse destiné à des revues scientifiques internationales. 

 

  • Thème 1 : État et devenir de la biodiversité marine à l’heure des changements globaux 

 

InDySem : Influence des dynamiques écologiques sur la production et la demande de services écosystémiques marins. Une revue systématique pour l’aide à la décision.

Porteur de projet : Eric THIEBAUT, Sorbonne Université, Paris (France)

 

 

  • Thème 2, en partenariat avec la Fondation Agropolis : Des solutions pour la transition agro-écologique qui préservent la biodiversité 

 

Agri-TE (Agriculture Transition Evidence) : Synthèse des impacts des pratiques agricoles et de la transition agricole à l’échelle mondiale pour appuyer l’aide à la décision

Porteur de projet : Damien BEILLOUIN – Cirad, Hortys, Montpellier (France)

[FRB-Cesab] Seconde édition de la formation “Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique”

 Le Cesab de la FRB et le GDR EcoStat ont pu organiser en virtuel la seconde édition de la formation intitulée Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique. La formation s’est déroulée du 2 au 6 novembre 2020. 

 

23 étudiant(e)s, ingénieur(e)s et chercheurs/chercheuses de toute la France, ont assisté à cette formation à distance en visio-conférence.

 

Nicolas CASAJUS (FRB-Cesab), Stéphane DRAY (CNRS LBBE), Olivier GIMENEZ (CNRS Cefe), François GUILHAUMON (IRD Marbec) et Nina SCHIETTEKATTE (EPHE Criobe) y ont présenté les outils indispensables pour une recherche reproductible (git/GitHub, rmarkdown, drake, packages R, etc.). Les participants ont aussi eu du temps pour mettre en pratique les connaissances acquises en début de semaine lors de projets en sous-groupes jeudi et vendredi. 

 

Abonnez-vous à la newsletter de la FRB et de son Cesab pour être tenu informés de la prochaine édition de cette formation !

[FRB-Cesab] La formation ecoinfofair2020 est accueillie au Cesab

Dans le cadre de l‘infrastructure de recherche “Pôle national des données de biodiversité” (PNDB), les réflexions et actions en cours sur les aspects FAIRisation de la donnée (en anglais FAIR : Findable, Accessible, Interoperable and Reusable) mais plus généralement des objets de recherche en écologie, proposent la mise en place de produits et services, autour de la donnée de biodiversité, “aussi FAIR et open que possible”.

 

Grâce au support du réseau DevLOG (réseau des acteurs du Développement LOGiciel au sein de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche), le PNDB organise une seconde action ouverte à tous de type atelier de travail  incluant un aspect formations introductives.

 

Cette seconde action se déroule du 19 au 21 octobre en distanciel multisites (Concarneau, Paris et au Cesab à Montpellier) et permet de poursuivre la mise en place d’un tel événement annuel dédié aux communautés en écologie.

 

 

Plus d'informations

La FRB honorée par la présence de deux Ministres

À cette occasion, la ministre de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation Frédérique Vidal et la Secrétaire d’État à la biodiversité Bérangère Abba ont salué l’innovation et l’excellence dont fait preuve la recherche française sur la biodiversité. Les deux ministres ont également souligné le caractère innovant des travaux menés par le Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité (Cesab) de la Fondation pour la recherche sur la biodiversité (FRB) et l’importance du recueil et de l’analyse des données d’observation pour relever le défi mondial de l’érosion de la biodiversité.

 

 

Découvrez le communiqué de presse

 

Lancement de l’appel à projets de recherche FRB-Cesab 2020

À l’occasion du lancement de l’appel à projets FRB-Cesab 2020, les deux ministres ont souligné le caractère innovant des travaux menés par le Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité (Cesab) de la Fondation pour la recherche sur la biodiversité (FRB) et l’importance du recueil et de l’analyse des données d’observation pour relever le défi mondial de l’érosion de la biodiversité.

 

Alors que les enjeux liés à l’érosion de la biodiversité et au changement climatique s’inscrivent au premier rang des préoccupations sociétales, il est indispensable de donner aux chercheurs des sciences de la biodiversité des moyens significatifs pour faire progresser les connaissances et venir ainsi en appui des politiques publiques et privées destinées à répondre aux grands défis environnementaux.

 

C’est dans ce contexte que la Fondation pour la recherche sur la biodiversité (FRB) lance, avec le soutien de ses fondateurs qui rassemblent près de 5000 chercheurs sur la biodiversité (CNRS, Inrae, Ifremer, IRD, Cirad, BRGM, MNHN, Ineris, LVMH, Université de Montpellier) et des ministères, au travers du Cesab, un nouvel appel à projets de recherche destiné à financer au minimum trois projets innovants qui contribueront à améliorer la connaissance scientifique relative à la biodiversité, à sa protection et à sa valorisation durable.

 

Outil unique en France, le Cesab réunit des consortiums de chercheurs internationaux autour d’une personnalité scientifique issue d’un laboratoire français, pour mettre en commun leurs nombreuses données de recherche, les assembler puis les analyser, afin d’élaborer des synthèses collectives permettant de mieux comprendre les phénomènes en jeu et apporter une réponse scientifique adaptée. Depuis sa création il y a 10 ans, pas moins de 470 chercheurs de 36 pays différents ont travaillé sur 30 projets et publiés 214 articles dans les meilleures revues scientifiques.

 

À travers le monde, seul une dizaine de centres de synthèse semblables au Cesab permettent de telles recherches qui ouvrent la porte à des avancées scientifique majeures. Les travaux menés au Cesab vont des tests de concepts et théories écologiques à des réponses à des enjeux sociétaux. Les questionnements portés par les groupes de chercheurs accueillis au Cesab concernent des thématiques aussi différentes que la rareté écologique et les menaces qui pèsent sur différentes espèces, la réponse des papillons européens au changement climatique, le devenir des forêts tropicales africaines, l’utilisation de plantes adventices au service de l’agriculture ou encore la mise en place de recommandations pour la définition d’aires marines protégées efficaces en Antarctique.

 

 

Frédérique Vidal, ministre de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation :
« La communauté scientifique nationale sur la biodiversité, riche de près de 5000 chercheurs, s’organise à l’instar de l’I-Site de Montpellier (Initiative Science Innovation Territoire Economie) distingué par le classement thématique de Shanghai (2ème pour l’écologie) pour relever le défi mondial de la compréhension et de la lutte contre l’érosion de la biodiversité. Au sein de la Fondation pour la recherche sur la biodiversité, ils développent des approches originales en lien avec l’ensemble des parties prenantes : associations, entreprises, collectivités. Autant de témoignages d’une science engagée au meilleur niveau pour notre société, de l’international avec l’IPBES jusqu’à l’échelon local ».

 

Bérangère Abba, Secrétaire d’État à la biodiversité :
« La recherche doit nous aider à construire des solutions pour la préservation du Vivant. La Fondation pour la Recherche sur la Biodiversité et son programme phare le CEntre de Synthèse et d’Analyse sur la Biodiversité (CESAB) s’inscrivent parfaitement dans cette démarche. Cet écosystème rassemble, à l’instar de ce que représente la biodiversité, de nombreux organismes de recherche, des entreprises, des associations et dans quelques jours l’Office français de la Biodiversité (OFB). Le CESAB permet de valoriser les données issues de tous ces acteurs. Cette vision globale en fait un outil puissant pour accompagner l’action publique et pour relever ensemble le défi de la perte de biodiversité ».

 

 

Plus d’informations sur l’appel

[Appel à projets FRB-Cesab] L’appel à projet est maintenant ouvert !

Au travers de son Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité (Cesab), la Fondation pour la recherche sur la biodiversité ouvre un appel à projets de recherche pour financer au minimum trois projets innovants de synthèse d’idées et de concepts et/ou d’analyse de données existantes, en vue d’améliorer la connaissance scientifique relative à la biodiversité et à permettre de mieux la protéger. Les projets soumis pourront traiter de tout sujet relatif à la biodiversité, du point de vue des sciences naturelles ou des sciences humaines et sociales.

 

Les projets sélectionnés seront financés pour une durée de trois ans, incluant : le recrutement d’un post-doctorant sur deux ans, l’organisation de six réunions du groupe de travail au Cesab, la valorisation des résultats, ainsi qu’un appui logistique, technique et administratif. 

 

  • Date de clôture des pré-propositions : 1er décembre 2020, 18:00 CET

 

 

Plus d'informations

[Communiqué] Rareté écologique des oiseaux et des mammifères terrestres : la double peine

Contrairement aux idées reçues, une espèce peu abondante peut jouer un rôle écologique unique et essentiel. En étudiant deux bases de données regroupant l’ensemble des mammifères terrestres et des oiseaux à l’échelle mondiale, des scientifiques du CNRS, de la Fondation pour la recherche sur la biodiversité (FRB), des universités Grenoble Alpes et de Montpellier ont montré que bien que ces espèces soient présentes sur tous les continents, elles sont déjà plus menacées par l’Homme que les espèces écologiquement communes et seront plus impactées par les changements climatiques à venir. Une véritable double peine !

 

Ces travaux, publiés le 8 octobre 2020 dans Nature communications, montrent qu’il devient nécessaire de prendre en considération la rareté écologique des espèces dans les programmes de conservation.

 

 

Consultez le communiqué complet

[Appel à projets] L’appel FRB-Cesab à revues systématiques est prolongé jusqu’au 9 septembre

Au travers de son Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité (Cesab), la FRB finance deux post-doctorants jusqu’à 18 mois, pour réaliser un travail de revue systématique, mobilisant cartographie systématique, évaluation critique et synthèse narrative du corpus de textes sélectionnés, en vue de la rédaction d’un article de synthèse destiné à une revue scientifique internationale.

 

 

Le projet pourra aller soit jusqu’à une analyse lexicographique aboutie, soit jusqu’à l’extraction des données statistiques du corpus et leur analyse (méta-analyse). 

  

 

  • Thème 1 État et devenir de la biodiversité marine à l’heure des changements globaux 
  • Thème 2, en partenariat avec la Fondation Agropolis : Des solutions pour la transition agro-écologique qui préservent la biodiversité 

 

Date de clôture des pré-propositions9 septembre 2020, 23:59 CEST

Toutes les informations sont disponibles sur la page de l’appel.

[Communiqué] Les plantes adventices au service de l’agriculture : pourquoi sont-elles essentielles et comment les protéger ?

Deux récentes études issues du projet Disco-Weed démontrent le rôle clé des plantes adventices dans le fonctionnement des écosystèmes agricoles. Elles identifient aussi les mesures à mettre en œuvre pour favoriser leur présence dans les parcelles sans porter préjudice à la production agricole. Le projet de recherche Disco-Weed a été financé par la Fondation pour la recherche sur la biodiversité (FRB) et réalisé dans son Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité (Cesab), en partenariat avec l’INRAE, le CNRS, les universités de La Rochelle et de Lorraine, le ministère de l’écologie et l’Agence nationale de la recherche.

 

 

Consultez le communiqué complet

Newsletter Cesab – Juillet 2020

UN MOT DU DIRECTEUR SCIENTIFIQUE DU CESAB

 

FRB Cesab Nicolas MouquetNicolas Mouquet

 

Nous avons tous été touchés par la pandémie de Covid-19. Même s’il est trop tôt pour déchiffrer les conditions qui ont déclenché l’émergence du coronavirus, elle est, comme d’autres grandes épidémies, liée à la crise environnementale que nous vivons aujourd’hui. 

 

La prévention aurait pu être possible mais nous avons pourtant attendu l’apparition de la crise pour agir. La prévention devrait pourtant être à la base de nos comportements collectifs : la prévention et non la peur ! La prévention demande que nous prenions le temps de comprendre le monde qui nous entoure et de synthétiser des informations complexes en un savoir collectif utile. Ce qui est vrai pour les pandémies l’est aussi pour la crise actuelle de la biodiversité. Le besoin de synthèse n’a jamais été aussi fort, la synthèse est le seul moyen d’alimenter notre action collective. Mais le temps de la synthèse est bien plus long que celui de l’apparition des crises. La synthèse doit avoir lieu bien en amont !

 

Edward O. Wilson a dit un jour que le monde serait dirigé par “des synthétiseurs, des personnes capables de rassembler les bonnes informations au bon moment, d’y réfléchir de manière critique et de faire des choix importants avec sagesse”. Pour une fois, il avait tort, le monde n’est pas dirigé par des synthétiseurs, il est dirigé par des acteurs qui fondent leurs actions sur des informations incomplètes, sont en retard sur leur temps, ne réfléchissent pas de manière critique et ne semblent pas toujours faire des choix judicieux ! C’est pourquoi, aujourd’hui, nous avons plus que jamais besoin de synthétiseurs, et pourtant je ne vois pas beaucoup d’efforts collectifs pour soutenir la synthèse dans l’agenda des agences de financement de la recherche. À notre très petite échelle, les centres de synthèse, tels que le Cesab, tentent de promouvoir l’art de la synthèse dans les sciences de la biodiversité, mais le niveau de financement que nous recevons est inversement proportionnel à l’importance de notre mission.

 

Après chaque crise, nous entendons des voix dire que “le monde ne sera plus jamais le même”. Ce n’est pas vrai, une simple synthèse des crises du XXe siècle montre un schéma exactement inverse. Cependant, cela ne signifie pas que nous devons baisser les bras, mais plutôt que nous devons comprendre pour nous souvenir : nous devons synthétiser !”

 

Nicolas Mouquet, 

P.S. : n’hésitez pas à inviter vos collègues à s’inscrire à notre newsletter et à la partager !

 

 

LES ACTUALITÉS DU CESAB 

 

    • Des appels à projets ouverts

 

> FRB-Cesab / Ittecop : Approche territoriale de la biodiversité : infrastructures de transport, milieux naturels et agricoles

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En partenariat avec le programme Ittecop, la FRB appelle la communauté scientifique à soumettre à son Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité (Cesab) des projets fondés sur l’analyse et la synthèse de données existantes, sur la thématique “Approche territoriale de la biodiversité : infrastructures de transport, milieux naturels et agricoles” à l’échelle géographique européenne

Les projets feront appel à l’analyse de larges jeux de données pour, entre autres :  

  • Évaluer les impacts de ces infrastructures sur la biodiversité (génétique, spécifique, fonctionnelle et écosystémique), tous les groupes taxonomiques étant potentiellement concernés ; 
  • Déterminer comment la conception des infrastructures peut impacter les différentes facettes de la biodiversité ; 
  • Évaluer comment la gestion des infrastructures et de leur partie “naturalisée” peut influencer ces impacts ; 
  • Identifier et analyser les facteurs économiques, socio-techniques et politiques  qui contribuent au déploiement de ces infrastructures et leur degré de prise en compte de la biodiversité.

 

Clôture de l’appel : 16 juillet 2020, 13:00 CEST

 

> FRB-Cesab : Revues systématiques

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Au travers de son Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité (Cesab), la FRB finance deux projets, avec des post-doctorats allant jusqu’à 18 mois, pour réaliser un travail de revue systématique, mobilisant cartographie systématique, évaluation critique et synthèse narrative du corpus de textes sélectionnés, en vue de la rédaction d’articles de synthèse destiné à des revues scientifiques internationales.

  • Thème 1 État et devenir de la biodiversité marine à l’heure des changements globaux 
  • Thème 2, en partenariat avec la Fondation Agropolis : Des solutions pour la transition agro-écologique qui préservent la biodiversité

 

Clôture de l’appel : 1er septembre 2020, 16:00 CEST

 

 

    • Une formation 

 

> Du 2 au 6 novembre 2020 – Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique

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Le Cesab de la FRB et le GDR EcoStat proposent la seconde édition de la formation « Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique ». Cette formation de cinq jours a pour objectif de former de jeunes chercheurs / chercheuses aux outils de reproductibilité, de développement logiciel et de gestion de versions (e.g. R, git, markdown, tidyverse, docker) appliqués à la recherche en biodiversité.

La formation, dispensée en français, se déroulera du 2 au 6 novembre 2020 dans les locaux du Cesab à Montpellier.

 

Clôture des pré-inscriptions : 17 juillet 2020, minuit CEST

 

 

  • Ça s’est passé au premier semestre 

 

> Clôture de l’appel à projet FRB-Cesab / France Filière Pêche

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Lancé en partenariat avec France Filière Pêche, le Cesab de la FRB a clos l’appel à projets basés sur l’analyse et la synthèse de données existantes, ainsi que la modélisation des effets des changements climatiques sur la biodiversité des stocks halieutiques européens et les pêcheries associées (Atlantique nord-est et Méditerranée).

Les pré-propositions de projets sont actuellement en cours d’évaluation. Le projet sélectionné pourra contribuer à mieux comprendre la réponse de la biodiversité des ressources halieutiques et des pêcheries dans le contexte des  changements climatiques, pour aider à mettre en place des mesures de gestion des pêches adaptative. 

 

> Comité scientifique du Cesab

 

Jean-François Guégan quitte le comité scientifique du Cesab. Il a fait partie de notre comité scientifique pendant près de 5 ans et nous voulons collectivement le remercier pour son travail incroyable, qui a permis d’alimenter le Cesab. Sa contribution va bien au-delà de ce que l’on attend habituellement d’un membre d’un comité scientifique et, même encore aujourd’hui, il nous aide à promouvoir le Cesab. Merci Jean-François !

 

 

LES GROUPES DE TRAVAIL CESAB

 

    • Nouvelles publications scientifiques, groupe par groupe

 

Bourgeois B, Gaba S, Plumejeaud C & Bretagnolle V (2020) Weed diversity is driven by complex interplay between multi-scale dispersal and local filtering. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, accepted.

 

Gaba S, Cheviron N, Perrot T, Piutti S, Gautier J-L & Bretagnolle V (2020) Weeds enhance multifunctionality in arable lands in South-West of France. Frontiers in Sustainable Food Systems, 4, 71. doi: 10.3389/fsufs.2020.00071.

 

Mahaut L, Cheptou P-O, Fried G, Munoz F, Storkey J, Vasseur F, Violle C & Bretagnolle V (2020) Weeds: against the rules? Trends in Plant Science, accepted.

 

Munoz F, Fried G, Armengot L, Bourgeois B, Bretagnolle V, Chadoeuf J, Mahaut L, Plumejeaud C, Storkey J, Violle C & Gaba S (2020) Ecological specialization and rarity of arable weeds: insights from a comprehensible survey in France. Plants, accepted.

 

Thuiller W, Gravel D, Ficetola GF, Lavergne S, Münkemüller T, Pollock LJ, Zimmermann NE & Mazel F (2020) Productivity begets less phylogenetic diversity but higher uniqueness than expected. Journal of Biogeography, 47, 44–58. doi: 10.1111/jbi.13630.

 

Marino NAC, Céréghino R, Gilbert B, Petermann J, Srivastava DS, de Omena PM, Ospina Bautista F, Farjalla VF, Guzman LM, Romero GQ, Trzcinski MK, Barberis IM, Corbara B, Debastiani VJ, Dézerald O, Kratina K, Leroy C, MacDonald AAM, Montero G, Pillar VD, Richardson BA, Richardson MJ, Talaga S, Gonçalves AZ, Piccoli GCO & Jocqué M (2020) Species niches, not traits, determine abundance and occupancy patterns: A multi-site synthesis. Global Ecology and Biogeography, 29, 295–308. doi: 10.1111/geb.13029.

 

Yancovitch H, Blowes S, Friedlander AM, Mellin C, Leite Ferreira C, Arias-Gonzalez J, Kulbicki M, Floeter SR, Chabanet P, Parravicini V & Belmaker J (2020) A closer examination of the ‘abundant center’ hypothesis for reef fishes. Journal of Biogeography, accepted.

 

Stockwell JD, Doubek JP, Adrian R, Anneville O, Carey CC, Carvalho L, De Senerpont Domis LN, Dur G, Frassl MA, Grossart H, Ibelings BW, Lajeunesse MJ, Lewandowska AM, Llames ME, Matsuzaki SS, Nodine ER, Noges P, Patil VP, Pomati F, Rinke K, Rudstam LG, Rusak JA, Salmaso N, Seltmann CT, Straile D, Thackeray SJ, Thiery W, Urrutia‐Cordero P, Venail P, Verburg P, Woolway RI, Zohary T, Andersen MR, Bhattacharya R, Hejzlar J, Janatian N, Kpodonu ATNK, Williamson TJ & Wilson HL (2020) Storm impacts on phytoplankton community dynamics in lakes. Global Change Biology, 26, 2756–2784. doi: 10.1111/gcb.15033.

 

 

Coolsaet B, Dawson N, Rabitz F & Lovera S (2020) Access and allocation in global biodiversity governance: a review. International Environmental Agreements: Politics, Law and Economics, accepted. doi: 10.1007/s10784-020-09476-6.

 

Pellissier V, Schmucki R, Pe’er G, Aunins A, Brereton TM, Brotons L, Carnicer J, Chodkiewicz T, Chylarecki P, del Moral JC, Escandell V, Evans D, Foppen R, Harpke A, Heliölä J, Herrando S, Kuussaari M, Kühn E, Lehikoinen A, Lindström A, Moshoj CM, Musche M, Noble D, Oliver TH, Reif J, Richard D, Roy DB, Schweiger O, Settele J, Stefanescu C, Teufelbauer N, Touroult J, Trautmann S, van Strien AJ, Swaay CAM, Turnhout C, Vermouzek Z, Vorísek P, Jiguet F & Julliard R (2020) Effects of Natura 2000 on nontarget bird and butterfly species based on citizen science data. Conservation Biology34, 666–676. doi: 10.1111/cobi.13434.

 

Hindell MA, Reisinger RR, Ropert-Coudert Y, Hückstädt LA, Trathan PN, Bornemann H, Charrassin J-B, Chown SL, Costa DP, Danis B, Lea M-A, Thompson D, Torres LG, Van de Putte AP, Alderman R, Andrews-Goff V, Arthur B, Ballard G, Bengtson J, Bester MN, Blix AS, Boehme L, Bost C-A, Boveng P, Cleeland J, Constantine R, Corney S, Crawford RJM, Dalla Rosa L, de Bruyn PJN, Delord K, Descamps S, Double M, Emmerson L, Fedak M, Friedlaender A, Gales N, Goebel ME, Goetz KT, Guinet C, Goldsworthy SD, Harcourt R, Hinke JT, Jerosch K, Kato A, Kerry KR, Kirkwood R, Kooyman GL, Kovacs KM, Lawton K, Lowther AD, Lydersen C, Lyver PO, Makhado AB, Márquez MEI, McDonald BI, McMahon CR, Muelbert M, Nachtsheim D, Nicholls KW, Nordoy ES, Olmastroni S, Phillips RA, Pistorius PA, Plötz J, Pütz K, Ratcliffe N, Ryan PG, Santos M, Southwell C, Staniland IJ, Takahashi A, Tarroux A, Trivelpiece W, Wakefield E, Weimerskirch H, Wienecke B, Xavier JC, Wotherspoon S, Jonsen ID & Raymond B (2020) Tracking of marine predators to protect Southern Ocean ecosystems. Nature, 580, 87–92. doi: 10.1038/s41586-020-2126-y.

 

Ropert-Coudert Y, Van de Putte AP, Reisinger RR, Bornemann H, Charrassin J-B, Costa DP, Danis B, Hückstädt LA, Jonsen ID, Lea M-A, Thompson D, Torres LG, Trathan PN, Wotherspoon S, Ainley DG, Alderman R, Andrews-Goff V, Arthur B, Ballard G, Bengtson J, Bester MN, Blix AS, Boehme L, Bost C-A, Boveng P, Cleeland J, Constantine R, Crawford RJM, Dalla Rosa L, de Bruyn PJN, Delord K, Descamps S, Double M, Emmerson L, Fedak M, Friedlaender A, Gales N, Goebel ME, Goetz KT, Guinet C, Goldsworthy SD, Harcourt R, Hinke JT, Jerosch K, Kato A, Kerry KR, Kirkwood R, Kooyman GL, Kovacs KM, Lawton K, Lowther AD, Lydersen C, Lyver PO, Makhado AB, Márquez MEI, McDonald BI, McMahon CR, Muelbert M, Nachtsheim D, Nicholls KW, Nordoy ES, Olmastroni S, Phillips RA, Pistorius PA, Plötz J, Pütz K, Ratcliffe N, Ryan PG, Santos M, Southwell C, Staniland IJ, Takahashi A, Tarroux A, Trivelpiece W, Wakefield E, Weimerskirch H, Wienecke B, Xavier JC, Raymond B & Hindell MA (2020) The retrospective analysis of Antarctic tracking data project. Nature Scientific Data, 7, 94. doi: 10.1038/s41597-020-0406-x.

 

 

Dagallier LM, Janssens SB, Dauby G, Blach-Overgaard A, MacKinder BA, Droissart V, Svenning J-C, Sosef MSM, Stévart T, Harris DJ, Sonké B, Wieringa JJ, Hardy OJ & Couvreur TLP (2020) Cradles and museums of generic plant diversity across tropical Africa. New Phytologist, 225, 2196–2213. doi: 10.1111/nph.16293.

 

Albassatneh MC, Escudero M, Ponger L, Monnet A-C, Arroyo J, Nikolic T, Bacchetta G, Bagnoli F, Dimopoulos P, Leriche A, Médail F, Roig A, Spanu I, Vendramin GG, Hampe A & Fady B (2020) A comprehensive, genus-level time-calibrated phylogeny of the tree flora of Mediterranean Europe and an assessment of its vulnerability. Botany Letters, 167, 276–289. doi: 10.1080/23818107.2019.1684360.

 
 

Retrouvez l'intégralité des publications scientifiques liées au Cesab

 
 
 
    • Les actualités des groupes en cours

 

> Réorganisation de l’agenda des groupes 

 

Suite à la demande du gouvernement concernant la situation sanitaire, toutes les réunions des groupes Cesab prévues ce printemps ont été annulées et reportées à l’automne. Les groupes ont pu continuer à travailler sur leurs projets à distance.

 

> Six nouveaux projets rejoignent le Cesab de la FRB 

 

Ils ont été sélectionnés début 2020, à partir de trois appels conjoints différents.

 

 

Projet Intraco : Démêler le rôle de la variabilité intraspécifique dans la coexistence des espèces d’arbres en forêt tropicale
Porteurs de projet : Ghislain Vieilledent – Cirad Amap Montpellier (France), Isabelle Marechaux – Inrae Amap Montpellier (France)

 

Projet Unicop : Unification de la théorie moderne de la coexistence et de l’équation des prix
Porteurs de projet : Bradley A. Duthie – Université de Stirling (Royaume-Uni), Sébastien Lion – Cefe CNRS Montpellier (France)

 

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Projet Red-Bio : Paysages de ressources dynamiques, rétroactions éco-évolutives et émergence de méta-réseaux trophiques
Porteurs de projet : Eric Harvey – Université de Montréal (Canada), Isabelle Gounand – Institut d’écologie et des sciences de l’environnement de Paris (France)

 

Projet Fishglob : La biodiversité des poissons dans un contexte de changement global – une évaluation mondiale à partir des relevés scientifiques au chalut
Porteurs de projet : Maria Lourdes D. Palomares – University of British Columbia (Canada), Bastien Merigot – Université de Montpellier (France)

 

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Cesabatic Fempa, février/mars 2021 : L’écologie fonctionnelle pour évaluer les aires marines protégées pélagiques
Chercheuse : Jessica Meeuwig – University of Western Australia (Australia)
Co-porteur Cemeb : David Mouillot – Université de Montpellier (France)

 

Cesabatic Islets, mai/juin 2021 : Syndrome insulaire des traits foliaires
Chercheuse : Kasey Barton – University of Hawaii (USA).
Co-porteur Cemeb : Claire Fortunel – UMR Amap, Cirad Monptellier (France)

 

 

Retrouvez l'intégralité des projets Cesab

 

 

    • Calendrier prévisionnel du 2nd semestre 2020

 

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L’EFFET LEVIER DU CESAB

 

L’équipe du Cesab de la FRB a réalisé une enquête auprès des porteurs de projets Cesab terminés afin de mesurer l’impact du passage au Centre sur l’obtention de nouveaux financements et sur les perspectives professionnelles des chercheurs.

 

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Tous ces éléments, s’agissant tant des nouvelles sources de financements mobilisées, que des retombées des résultats, de la continuité des travaux dans le temps, ou des évolutions et opportunités de carrières des chercheurs, sont des gages de la qualité des bases de données construites et analysées au Cesab. Ils sont également la reconnaissance de l’excellence scientifique des travaux qui y sont menés.

 

On peut donc véritablement parler d’un « effet levier » du Cesab, tant pour ses acteurs scientifiques (membres de tous les groupes financés), que pour ses acteurs financiers qui se voient garantir à la fois une visibilité sur le long terme et la participation à une production scientifique nombreuse et de qualité.

 

PORTRAIT DE CHERCHEUR

 

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Valeriano Parravicini, post-doctorant du groupe Gaspar, fini en 2014,

et actuellement porteur du projet Score-Reef, débuté en 2019

 

J’ai été engagé comme post-doctorant pour travailler sur le projet Gaspar, financé par le Cesab de la FRB, et accompagner Michel Kulbicki (IRD, Entropie), le porteur du projet. C’était la première fois que je faisais partie d’un groupe aussi important et rassemblant autant de scientifiques d’excellence. J’ai bénéficié d’un soutien extraordinaire au sein du groupe. Grâce au porteur de projet et aux membres de l’équipe travaillant dans différents domaines scientifiques, j’ai pu beaucoup apprendre et considérablement améliorer mon CV. Durant le projet Gaspar nous avons construit deux grandes bases de données : la première sur la répartition mondiale de plus de 6 000 espèces de poissons de récif et la seconde sur les principales caractéristiques écologiques (par exemple la taille, le régime alimentaire) pour les mêmes espèces de poisson.

 

Les centres de synthèse tels que le Cesab sont essentiels pour la recherche en écologie car ils permettent aux chercheurs de prendre le temps de partager leurs données avec leurs pairs et de se soutenir dans l’analyse de ces données. Travailler avec le groupe Gaspar est l’une des expériences les plus passionnantes et enrichissantes de ma vie professionnelle. Au cours de cette période, nous avons mené de nouvelles recherches qui ont été publiées dans plusieurs grandes revues scientifiques, notamment Science, Pnas, Ecology Letters et d’autres. Nous avons publié plus de 20 articles scientifiques, contribuant de manière significative à la compréhension de l’écologie fonctionnelle et de la biogéographie des récifs coralliens. Peu après l’achèvement du projet Gaspar, j’ai obtenu un poste permanent à l’EPHE (École pratique des hautes études), basé au Criobe (Perpignan). Je suis maintenant le porteur de projet d’un autre projet Cesab : Score-Reef, et j’espère que ce projet sera un succès comme ce fut le cas pour Gaspar. 

 

  • Le projet Gaspar a étudié les mécanismes qui permettent l’adaptation d’une espèce à un nouvel environnement, dans le contexte d’une invasion biologique et de l’adaptation des espèces aux changements climatiques et globaux, en utilisant comme modèle les espèces de poissons de récifs coralliens. Le groupe a publié 27 publications scientifiques au total, dont 14 après la fin du financement du Cesab. Gaspar a obtenu un total de 3 400 k€, pour 6 financements différents au cours et à la suite du projet.

 

  • Le projet Score-Reef a lui débuté en 2019 ; il est cofinancé par l’Office français de la biodiversité (OFB) et vise à étudier la variabilité spatio-temporelle des récifs coralliens à l’échelle mondiale.

 

À PROPOS DU CESAB

 

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Plus d'informations sur le Cesab

 

[Formation] Ouverture des inscriptions pour la formation 2020 – Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique

Le Cesab de la FRB et le GDR EcoStat proposent la seconde édition de la formation « Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique ». Cette formation de cinq jours a pour objectif de former de jeunes chercheurs / chercheuses aux outils de reproductibilité, de développement logiciel et de gestion de versions appliqués à la recherche en biodiversité.

 

La formation, dispensée en français, se déroulera du 2 au 6 novembre 2020 dans les locaux du Cesab à Montpellier.

 

Les pré-inscriptions se font en remplissant le formulaire disponible sur la page de l’événement et se clôtureront le vendredi 17 juillet, à minuit (CEST). Le nombre de places étant limité, les inscriptions seront confirmées la première semaine de septembre

 

 

[Appel à projets] Ouverture de l’appel FRB-Cesab / Ittecop

 

En partenariat avec le programme Ittecop, la FRB appelle la communauté scientifique à soumettre à son Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité (Cesab) des projets fondés sur l’analyse et la synthèse de données existantes, sur la thématique “Approche territoriale de la biodiversité : infrastructures de transport, milieux naturels et agricoles” à l’échelle géographique européenne

 

 

 

Date de clôture des pré-propositions : 16 juillet 2020, 13:00 CEST

Toutes les informations sont disponibles sur la page de l’appel.

Les sites Natura 2000 ont-ils aussi un impact sur les espèces d’oiseaux et de papillons non ciblées ?

Cette équipe internationale, coordonnée par le European Topic Center on Biological Diversity (ETC/BD), a réalisé un travail de synthèse conséquent, en parti financé par la Fondation pour la recherche sur la biodiversité (FRB) dans son Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité (Cesab), et par le groupe Electricité de France (EDF).

 

L’équipe de recherche a analysé des données recueillies dans plusieurs pays européens au cours d’enquêtes de sciences participatives – des programmes de surveillance à long terme basés sur le volontariat. Au total, 14 programmes de suivi d’oiseaux et 6 programmes de suivi de papillons ont été comparés au réseau de sites protégés. 

 

L’étude montre qu’au-delà des espèces ciblées, la moitié des 155 espèces d’oiseaux suivis bénéficient de la protection des sites Natura 2000, et particulièrement dans les forêts. Les chercheurs soulignent ici l’importance d’un suivi standardisé de la biodiversité et l’intérêt de rendre ces données disponibles afin d’évaluer l’état de la biodiversité à grande échelle et d’informer au mieux les acteurs des besoins de conservation.

 

Si la protection s’avère efficace pour les oiseaux, elle l’est en revanche moins pour les papillons. En effet, les sites Natura 2000 prennent avant tout en compte les exigences des oiseaux et peu celles des insectes. « 38 % des aires protégées sont des zones agricoles et des prairies fréquentées par les papillons » souligne Guy Pe’er, porteur du projet Cesab Lola BMS. « Or ceux-ci n’y bénéficient pas d’une bonne protection. La PAC (Politique agricole commune) n’a mis en place ni moyens ni plan de gestion pour soutenir les zones agricoles abritant pourtant une grande biodiversité». Guy Pe’er met aussi en avant le besoin « de cibler les efforts pour limiter les facteurs de pressions sur la biodiversité, et notamment l’agriculture », particulièrement cette année où sera discuté la réforme de la PAC et les objectifs post-2020 pour la CDB (Convention sur la diversité biologique).

 
 

[Communiqué] Les sites Natura 2000 ont-ils aussi un impact sur les espèces d’oiseaux et de papillons non ciblées ?

Cette équipe internationale, coordonnée par le European Topic Center on Biological Diversity (ETC/BD), a réalisé un travail de synthèse conséquent, en parti financé par la Fondation pour la recherche sur la biodiversité (FRB) dans son Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité (Cesab), et par le groupe Electricité de France (EDF).

 

L’équipe de recherche a analysé des données recueillies dans plusieurs pays européens au cours d’enquêtes de sciences participatives – des programmes de surveillance à long terme basés sur le volontariat. Au total, 14 programmes de suivi d’oiseaux et 6 programmes de suivi de papillons ont été comparés au réseau de sites protégés. 

 

 

Consultez le communiqué complet

[FRB-Cesab] Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique – 2020

Le Cesab de la FRB et le GDR EcoStat proposent la seconde édition de la formation « Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique ». Cette formation de cinq jours a pour objectif de former de jeunes chercheurs / chercheuses aux outils de reproductibilité, de développement logiciel et de gestion de versions (e.g. R, git, markdown, tidyverse, docker) appliqués à la recherche en biodiversité.

Les frais d’inscription s’élèvent à 100 € pour la semaine et serviront à indemniser les intervenants. Les étudiant(e)s appartenant aux laboratoires membres du GDR EcoStat peuvent solliciter une aide financière de la part du GDR.

 

La formation, dispensée en français, s’est déroulée du 2 au 6 novembre 2020

 

Vous pouvez accéder à la présentation de la formation ainsi qu’aux codes R

 

Liste des intervenants (par ordre alphabétique) :

  • Nicolas CASAJUS (FRB-Cesab)
  • Stéphane DRAY (CNRS LBBE)
  • Olivier GIMENEZ (CNRS Cefe)
  • François GUILHAUMON (IRD Marbec)
  • Nina SCHIETTEKATTE (EPHE Criobe)

 

[Appel à projets] Ouverture de l’appel FRB-Cesab / France Filière Pêche

Les changements climatiques vont impacter durablement les océans et les mers à l’échelle globale. Les impacts de ces changements sur les pêches maritimes sont devenus une préoccupation prioritaire.  

 

Dans ce cadre, en partenariat avec France Filière Pêche, la FRB appelle la communauté scientifique à soumettre des projets au Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité (Cesab), basés sur l’analyse et la synthèse de données existantes, ainsi que la modélisation des effets des changements climatiques sur la biodiversité des stocks halieutiques européens et les pêcheries associées (Atlantique nord-est et Méditerranée).

 

Il s’agira notamment de contribuer à mieux comprendre la réponse de la biodiversité des ressources halieutiques et des pêcheries dans le contexte des  changements climatiques, pour aider à mettre en place des mesures de gestion des pêches adaptative. 

 

Date de clôture des pré-propositions : 11 juin 2020, 13:00 (UTC+1)

Toutes les informations sont disponibles sur la page de l’appel.

[Communiqué] Localiser les prédateurs pour protéger les écosystèmes de l’océan Austral

Dans un monde en mutation rapide, nous devons identifier les zones qui doivent être protégées contre les menaces actuelles et futures. L’enjeu est important, notamment pour la définition d’aires marines protégées, pourtant cette identification est difficile, particulièrement pour l’océan le plus inaccessible : l’océan Austral, en Antarctique. Les résultats d’une étude publiée cette semaine dans la revue Nature, décrivent une nouvelle solution à ce problème, permise par l’utilisation de données de suivi des oiseaux et des mammifères marins.

 

Le projet qui a permis la réalisation de cette étude a été mené par le Comité scientifique pour les recherches antarctiques (SCAR), avec le soutien de la Fondation pour la recherche sur la biodiversité (FRB) dans son centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité (Cesab) au travers du projet RAATD, et du WWF-RU.

Le SCAR a fait appel à son vaste réseau de chercheurs travaillant sur l’Antarctique pour rassembler les données existantes sur le suivi des prédateurs de l’océan Austral. Une énorme base de données, en accès libre, a ainsi été créée avec les suivis de plus de 4 000 individus de 17 espèces différentes, recueillis par plus de 70 scientifiques dans le cadre de 12 programmes en Antarctique.

 

 

Consultez le communiqué complet

Localiser les prédateurs pour protéger les écosystèmes de l’océan Austral

Cette solution repose sur un principe simple : les animaux se déplacent depuis leur site de reproduction jusqu’aux zones où ils trouvent de la nourriture. Ainsi, en identifiant les zones de l’océan Austral où les prédateurs se rendent le plus souvent, on peut en déduire où se trouvent leurs proies. Par exemple, les baleines à bosse se déplacent dans des endroits où elles peuvent avoir accès au krill, tandis que les éléphants de mer et les albatros se déplacent dans des endroits où ils peuvent trouver poissons, calmars ou autres proies. Si tous ces prédateurs et leurs diverses proies se trouvent en un même endroit, alors cette zone présente à la fois une grande biodiversité et une grande abondance d’espèces, ce qui en fait une zone de grande importance écologique.

 

Ce projet a été mené par le Comité scientifique pour les recherches antarctiques (SCAR), avec le soutien de la Fondation pour la recherche sur la biodiversité (FRB) dans son centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité (Cesab) au travers du projet RAATD, et du WWF-UK. Le SCAR a fait appel à son vaste réseau de chercheurs travaillant sur l’Antarctique pour rassembler les données existantes sur le suivi des prédateurs de l’océan Austral. Une énorme base de données, en accès libre, a ainsi été créée avec les suivis de plus de 4 000 individus de 17 espèces différentes, recueillis par plus de 70 scientifiques dans le cadre de 12 programmes en Antarctique.

 

Cependant, il est impossible de suivre toutes les espèces à partir de tous leurs sites de reproduction : une simple carte fournirait donc une représentation biaisée de la distribution des animaux. Pour surmonter ce problème, des modèles statistiques sophistiqués ont été développés afin d’estimer les mouvements en mer des différentes espèces de prédateur, depuis leurs sites de reproduction. Ces estimations, combinées aux données obtenues sur les 17 espèces suivies, ont permis d’élaborer des cartes représentant les zones utilisées par un ensemble de prédateurs ayant des besoins en proies variés (cf. ci-dessous).

 

Ces zones d’importance écologique sont en partie couvertes par les aires marines protégées (AMP) existantes (créées dans un but de conservation), ce qui laisse à penser qu’elles sont actuellement aux bons endroits. Pourtant, si on s’intéresse à la façon dont ces zones d’importance écologique sont susceptibles de se déplacer d’ici 2100, d’après les projections des modèles climatiques du GIEC, ces mêmes zones ne se retrouvent plus couvertes par les aires marines protégées. Il est donc nécessaire de commencer à envisager des aires marines protégées dynamiques qui seraient mises à jour au fil du temps en fonction des changements environnementaux, afin d’assurer une protection continue dans le temps et dans l’espace  de l’océan Austral et de ses ressources.

 

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Fig. 1 : Carte de l’océan Austral montrant les données de suivi des mouvements (points noirs) de 4060 individus de 17 espèces de prédateurs marins qui ont été utilisées pour prévoir les zones d’importance écologique. Les points jaunes indiquent les endroits où chaque piste a commencé, autrement dit les sites de reproduction des individus.

Fig. 2 : Carte de l’océan Austral montrant les habitats d’importance écologique définies à l’aide des données de suivi de 17 espèces de prédateurs marins. Les zones présentant les valeurs les plus élevées en termes d’importance écologique sont entourées en blanc, dont deux zones hauturières : une au niveau de la péninsule Antarctique et se projetant sur l’arc de Scott, et l’autre entourant les îles subantarctiques dans le secteur indien de l’Océan Austral. Elles sont mises en rapport avec les aires marines protégées (AMPs) actuelles (en orange) et proposées (en magenta). Sont également indiquées, en noir, les limites des eaux nationales (ou zones économiques exclusives) et la limite de la zone de la convention CCAMLR (Commission pour la conservation de la faune et la flore marines de l’Antarctique).

 

Ce que nous ne savons pas (sur les lacs) pourrait nous nuire

L’équipe, composée de 39 scientifiques de 20 pays différents, a réalisé un travail de synthèse conséquent au travers du projet Geisha, co-financé par la Fondation pour la recherche sur la biodiversité (FRB), dans son Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité (Cesab), et par le centre d’analyse et de synthèse John Wesley Powell de l’U.S. Geological Survey. Elle s’est intéressée aux effets des tempêtes sur les lacs, et particulièrement sur le phytoplancton : algues microscopiques, à la base des chaînes alimentaires et un des facteurs régulant la qualité de l’eau. Les résultats de cette étude ont été publiés dans la revue Global Change Biology le 5 mars 2020.

 

Il est aujourd’hui avéré que les phénomènes météorologiques extrêmes endommagent les biens, les infrastructures et impactent l’environnement, y compris les ressources en eau douce qui sont essentielles à la santé humaine. Les lacs sont ainsi particulièrement vulnérables : ils subissent de manière directe les tempêtes puis reçoivent les eaux de ruissellement de l’ensemble de leurs bassins versants, qui arrivent alors chargées de sédiments, de nutriments, de microplastiques, et bien plus encore.

 

“Nous avons une idée assez claire de la façon dont les lacs réagissent physiquement aux tempêtes : la colonne d’eau se mélange, la température de l’eau change et les sédiments peuvent être remontés du fond ou apportés par les rivières et les ruisseaux rendant ainsi le lac plus turbide”, raconte Jason Stockwell, auteur principal de la publication et co-porteur du projet Geisha. “Mais la réponse physique du lac n’est qu’une partie de l’histoire. Les conséquences biologiques des tempêtes sur le phytoplancton, mais aussi sur d’autres plantes et animaux, sont fondamentales dans la dynamique des lacs et pourtant, comme le révèle notre étude, elles sont encore mal comprises”.

 

Figure_communiqué_Geisha_CESAB

 

Fig. L’impact des tempêtes sur les lacs varie en fonction des caractéristiques géographiques et morphologiques du lac, de ses conditions physico-chimiques et des propriétés de son bassin versant. Ces facteurs agissent comme des filtres qui tamponnent ou intensifient les effets des tempêtes. La réponse du phytoplancton (plantes microscopiques à la base du réseau trophique) à une tempête a des conséquences importantes pour les autres composantes du réseau trophique et les services écosystémiques rendus par le lac. © Gaël Dur

 

 

En analysant des milliers d’articles scientifiques du monde entier, les chercheurs n’ont trouvé que très peu d’études sur les effets des tempêtes sur les lacs, encore moins sur le phytoplancton, et les quelques résultats disponibles étaient contradictoires. Comment le phytoplancton réagit face aux tempêtes ? En quoi ses réactions peuvent différer selon les types de tempêtes, selon les lacs ou même selon les périodes de l’année ? “Si les phénomènes météorologiques extrêmes modifient de manière significative le cycle du carbone, des nutriments ou de l’énergie dans les lacs, nous ferions mieux de le découvrir rapidement”, avertit Jason Stockwell. Les scientifiques appellent donc à un effort de collaboration pluridisciplinaire de la part des chercheurs pour développer et faire progresser la recherche sur ces questions. Ils suggèrent notamment l’utilisation de modèles et l’extension de programmes de surveillance à long terme des lacs par le biais de réseaux tels que le Global Lake Ecological Observatory Network (GLEON, https://gleon.org).

 

 

 

 

Références de l’article :

Stockwell, J., J.P. Doubek, R. Adrian, O. AnnevilleC.C. Carey, L. Carvalho, L. de Senerpont Domis, G. Dur, M. Frassl, H.-P. Grossart, B. Ibelings, M. Lajeunesse, A. Lewandowska, M. Llames, S.S. Matsuzaki, E. Nodine, P. Noges, V. Patil, F. Pomati, K. Rinke, L. Rudstam, J. Rusak, N. Salmaso, C. Seltmann, D. Straile, S. Thackeray, W. Thiery, P. Urrutia-Cordero, P. Venail, P. Verburg, R. Woolway, T. Zohary, M. Andersen, R. Bhattacharya, J. Hejzlar, N. Janatian Ghadikolaei, T. Kpodonu, T. Williamson, and H. Wilson. Storm impacts on phytoplankton community dynamics in lakes. Global Change Biology. DOI: 10.1111/gcb.15033

[Communiqué] Ce que nous ne savons pas (sur les lacs) pourrait nous nuire

L’équipe, composée de 39 scientifiques de 20 pays différents, a réalisé un travail de synthèse conséquent au travers du projet Geisha, co-financé par la Fondation pour la recherche sur la biodiversité (FRB), dans son Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité (Cesab), et par le centre d’analyse et de synthèse John Wesley Powell de l’U.S. Geological Survey. Elle s’est intéressée aux effets des tempêtes sur les lacs, et particulièrement sur le phytoplancton : algues microscopiques, à la base des chaînes alimentaires et un des facteurs régulant la qualité de l’eau. Les résultats de cette étude ont été publiés dans la revue Global Change Biology le 5 mars 2020.

 

 

Consultez le communiqué complet

Newsletter Cesab – Janvier 2020

UN MOT DU DIRECTEUR SCIENTIFIQUE DU CESAB

 

2020 sera l’année de la biodiversité ! La crise de la biodiversité est devenue centrale dans l’agenda international après la publication par l’Ipbes de l’évaluation mondiale de la biodiversité et des services écosystémiques en 2019. 2020 verra des événements majeurs avec le Congrès mondial de la nature de l’UICN qui se tiendra à Marseille en juin, et la Cop15 Biodiversité à Kunming, parmi beaucoup d’autres.

 

Les centres de synthèse sur la biodiversité ont alimenté cette dynamique en favorisant la synthèse de données sur la biodiversité et en aidant les chercheurs à s’adapter à l’augmentation exponentielle des données disponibles et à la mondialisation de l’écologie scientifique.

Nous pouvons être fiers de ce qui a été réalisé, mais nous sommes également préoccupés par ce qu’il reste à faire et par la manière dont nous contribuerons à évaluer les lacunes dans les connaissances sur la biodiversité.

 

2019 a été une année de transition pour le Cesab, nous nous sommes installés à Montpellier et avons créé un nouvel écosystème, intégrant de nombreux nouveaux partenaires et expérimentant de nouveaux outils pour promouvoir la synthèse de la biodiversité. Nous avons lancé des appels conjoints avec d’autres centres de synthèse (sDiv allemand, CIEE canadien) et des acteurs scientifiques français (AFB, Labex Cemeb), nous avons organisé une formation pour les jeunes scientifiques sur la reproductibilité des données en écologie, et nous avons organisé une conférence internationale à Montpellier sur les enjeux de la conservation à grande échelle. Tout cela a été possible grâce à l’aide incroyable équipe de la FRB dédiée au Cesab, et plus généralement à la FRB, ainsi qu’au dynamisme de nos nombreux groupes de travail en cours.

 

2020 sera l’année de la consolidation de cet écosystème, de l’ouverture de nouveaux appels ambitieux à des groupes de synthèse et de l’amplification de cette dynamique. Nous avons désormais la confiance et le soutien de nos membres fondateurs ainsi que de nos partenaires, et nous essayons de travailler ensemble pour que le Cesab contribue encore plus à la synthèse de la biodiversité !

 

Meilleurs vœux pour cette nouvelle année.
Nicolas Mouquet

 

P.S. : n’hésitez pas à inviter vos collègues à s’inscrire à notre newsletter et à la partager !

 

 

LES ACTUALITÉS

 

 

LES APPELS À PROJETS

 

L’Institut canadien d’écologie et d’évolution (CIEE) et le Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité (Cesab) de la Fondation pour la recherche sur la biodiversité (FRB) proposent un appel conjoint s’adressant à des groupes de travail constitués de chercheurs basés principalement au Canada et en France, sur le thème « La biodiversité à l’ère des changements globaux ».

Clôture de l’appel : 31 janv. 2020

 

Le Labex Centre méditerranéen environnement et biodiversité (Cemeb) et le Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité (Cesab) de la Fondation pour la recherche sur la biodiversité (FRB) proposent de financer l’accueil de deux chercheurs au sein du Cesab pour un séjour de courte durée (2 mois minimum – 3 mois maximum).

Clôture de l’appel : 12 mars 2020, 13h

 

 

UNE OFFRE DE POST-DOCTORAT

 

  • Deep learning for poverty prediction from satellite images“, avec le groupe de travail Parsec.

Situé dans les locaux du Cesab, 5, rue de l’École de Médecine, 34000 MONTPELLIER
Clôture des candidatures : 15 février 2020
Début du contrat : Mai 2020

Voir l’offre complète

 

 

LES ÉVÉNEMENTS CESAB

 

Le Cesab a organisé une journée de réflexion inter-Labex sur le besoin de rendre les données de recherche FAIR : “Findable, Accessible, Interoperable and Reusable”.

 

  • Novembre 2019 , Montpellier – Présentation des nouveaux locaux du Cesab

Les membres fondateurs de la FRB ainsi que les partenaires locaux ont été invités au Cesab à Montpellier pour une présentation des nouveaux locaux et des actions du Cesab. Une convention de partenariat a été signée entre la FRB-Cesab et l’Université de Montpellier à cette occasion.

 

FRB-Cesab-Pelagic-Site-©-T-Letessier

Conférence scientifique en anglais du groupe de travail Pelagic, organisée avec la ZSL (Zoological Society of London) et la Fondation Bertarelli. Les présentations des différents intervenants sont disponibles sur la page de l’événement.

 

course cesab toolbox

17 étudiant(e)s, ingénieur(e)s et chercheurs/chercheuses de toute la France, sont venus assister à cette formation dans les locaux du Cesab à Montpellier. La formation était co-organisée avec le GDR EcoStat. Fort de cette réussite, le Cesab organisera une deuxième édition en 2020.

 

 

LES GROUPES DE TRAVAIL CESAB

 

 

NOUVELLES PUBLICATIONS SCIENTIFIQUES, GROUPE PAR GROUPE

 

Hedde M, Nahmani J, Séré G, Auclerc A & Cortet J (2019) Early colonisation of constructed technosols by macro-invertebrates. Journal of Soil and Sediments, 19, 3193–3203. doi: 10.1007/s11368-018-2142-9.

 

Catarino R, Gaba S & Bretagnolle V (2019) Experimental and empirical evidence shows that reducing weed control in winter cereal fields is a viable strategy for farmers. Scientific Reports, 9, 9004. doi: 10.1038/s41598-019-45315-8.

 

Mahaut L, Gaba S & Fried G (2019) A functional diversity approach of crop sequences reveals that weed diversity and abundance show different responses to environmental variability. Journal of Applied Ecology, 56, 1400–1409. doi: 10.1111/1365-2664.13389.

 

Metcalfe H, Hassall KL, Boinot S & Storkey J (2019) The contribution of spatial mass effects to plant diversity in arable fields. Journal of Applied Ecology, 56, 1560–1574. doi: 10.1111/1365-2664.13414.

 

Marino NAC, Céréghino R, Gilbert B, Petermann J, Srivastava DS, de Omena PM, Ospina Bautista F, Farjalla VF, Guzman LM, Romero GQ, Trzcinski MK, Barberis IM, Corbara B, Debastiani VJ, Dézerald O, Kratina K, Leroy C, MacDonald AAM, Montero G, Pillar VD, Richardson BA, Richardson MJ, Talaga S, Gonçalves AZ, Piccoli GCO & Jocqué M (2019) Species niches, not traits, determine abundance and occupancy patterns: A multi-site synthesis. Global Ecology and Biogeography, accepted. doi: 10.1111/geb.13029.

 

Pellissier V, Schmucki R, Pe’er G, Aunins A, Brereton TM, Brotons L, Carnicer J, Chodkiewicz T, Chylarecki P, del Moral JC, Escandell V, Evans D, Foppen R, Harpke A, Heliölä J, Herrando S, Kuussaari M, Kühn E, Lehikoinen A, Lindström A, Moshoj CM, Musche M, Noble D, Oliver TH, Reif J, Richard D, Roy DB, Schweiger O, Settele J, Stefanescu C, Teufelbauer N, Touroult J, Trautmann S, van Strien AJ, Swaay CAM, Turnhout C, Vermouzek Z, Vorísek P, Jiguet F & Julliard R (2019) Effects of Natura 2000 on nontarget bird and butterfly species based on citizen science data. Conservation Biology, accepted. doi: 10.1111/cobi.13434.

 

Letessier TB, Mouillot D, Bouchet PJ, Vigliola L, Fernandes MC, Thompson C, Boussarie G, Turner J, Juhel JB, Maire E, Caley MJ, Koldewey HJ, Friedlander AM, Sala E & Meeuwig JJ (2019) Remote reefs and seamounts are the last refuges for marine predators across the Indo-Pacific. PLoS Biology, 17, e3000366. doi: 10.1371/journal.pbio.3000366.

 

Communiqué de presse : Les monts sous-marins éloignés de l’Homme comme derniers refuges des prédateurs marins

 

Baylis AMM, Tierney M, Orben RA, Warwick-Evans V, Wakefield E, Grecian WJ, Trathan P, Reisinger R, Ratcliffe N, Croxall J, Campioni L, Catry P, Crofts S, Boersma PD, Galimberti F, Granadeiro J, Handley J, Hayes S, Hedd A, Masello JF, Montevecchi WA, Pütz K, Quillfeldt P, Rebstock GA, Sanvito S, Staniland IJ & Brickle P (2019) Important At-Sea Areas of Colonial Breeding Marine Predators on the Southern Patagonian Shelf. Scientific Reports, 9, 8517. doi: 10.1038/s41598-019-44695-1.

 

Dagallier LM, Janssens SB, Dauby G, Blach-Overgaard A, MacKinder BA, Droissart V, Svenning JC, Sosef MSM, Stévart T, Harris DJ, Sonké B, Wieringa JJ, Hardy OJ & Couvreur TLP (2019) Cradles and museums of generic plant diversity across tropical Africa. New Phytologist, accepted. doi: 10.1111/nph.16293.

 

(avec le groupe Free) Enquist BJ, Feng X, Boyle B, Maitner BS, Newman EA, Jorgensen PM, Roehrdanz PR, Thiers BM, Burger JR, Corlett RT, Couvreur TLP, Dauby G, Donoghue JC, Foden W, Lovett JC, Marquet PA, Merow C, Midgley G, Morueta-Holme N, Neves DM, Oliveira-Filho AT, Kraft NJB, Park DS, Peet RK, Pillet M, Serra-Diaz JM, Sandel B, Schildhauer MP, Símová I, Violle C, Wieringa JJ, Wiser SK, Hannah L, Svenning JC & McGill BJ (2019) The commonness of rarity: Global and future distribution of rarity across land plants. Science Advances, 5, eaaz0414. doi: 10.1126/sciadv.aaz0414.

 

Stévart T, Dauby G, Lowry PP, Blach-Overgaard A, Droissart V, Harris DJ, MacKinder BA, Schatz GE, Sonké B, Sosef MSM, Svenning JC, Wieringa JJ & Couvreur TLP (2019) A third of the tropical African flora is potentially threatened with extinction. Science Advances, 5, eaax9444. doi: 10.1126/sciadv.aax9444.

 

Communiqué de presse : La synthèse de données au service de la flore tropicale africaine menacée

 
 

Retrouvez l'intégralité des publications scientifiques liées au Cesab

 
 
 
LES ACTUALITÉS DES GROUPES EN COURS

 

  • DiveRS, Stratégies reproductives et diversité : comment l’évolution des modes de reproduction et des traits associés affectent la diversité des plantes?
    Porteurs de projet : Sylvain GLEMIN – CNRS Montpellier (France); Jos KAFER – CNRS Lyon (France)

 

Deuxième réunion : 4 au 8 novembre 2019, prochaine réunion : 25 au 29 mai 2020.

 

Nouveau post-doctorant DiveRS – Andrew HELMSTETTER

Andrew s’intéresse à l’utilisation des approches phylogénétiques et génétiques des populations pour comprendre les origines de la diversité. Il pose des questions liées à la répartition de la diversité au sein des espèces, entre les régions géographiques et dans l’arbre de vie. Ses recherches portent sur une variété de groupes d’étude, des poissons aux plantes. Il sera basé au Cesab à Montpellier.

 

  • Forcis, Réponse des foraminifères au stress climatique: évaluer les changements de la biodiversité du zooplancton calcifiant en réponse à des facteurs de stress multiples
    Porteur de projet : Thibault de GARIDEL-THORON – CEREGE, CNRS (France)

 

Deuxième réunion : 9 au 13 décembre 2019, prochaine réunion : 11 au 15 mai 2020.

 

Nouveau post-doctorant Forcis – Sonia CHAABANE

Les principales missions de Sonia sont la gestion, la standardisation et l’homogénéisation de la base de données mondiale des foraminifères planctoniques vivants, l’amélioration de la calibration des modèles foraminifères (par exemple Foramclim) et/ou le développement d’autres approches de modélisation avec les membres du groupe. Elle sera basée au Cerege (Aix-en-Provence).

 

  • Free – co-financé par EDF, Causes et conséquences de la rareté fonctionnelle du local au global
    Porteurs de projet : Cyrille VIOLLE – CEFE-CNRS (France) ; Caroline TUCKER – Université du Colorado (USA)

 

Deuxième réunion : 13 au 17 mai 2019, prochaine réunion : 20 au 24 janvier 2020.

 

  • JustConservation, Vers une “conservation juste” : lier théories et pratiques de la justice dans la conservation de la biodiversité
    Porteur de projet: Brendan COOLSAET– Université Catholique de Lille (France)

 

Première réunion : 10 au 14 juin 2019, prochaine réunion : 22 au 26 juin 2020.

 

Valorisation au travers d’un article dans la collection Inspirante Biodiversité : “Comment le vieux porc Souabe a rendu leur dignité aux éleveurs allemands de Hohenlohe” 

 

  • Parsec, Création de nouveaux outils pour le partage et la réutilisation des données grâce à une étude trans-nationale des impacts socio-économiques des aires protégées
    Porteur de projet : Nicolas MOUQUET – MARBEC, CNRS Montpellier, FRB (France)

 

Première réunion : 7 au 11 octobre 2019, prochaine réunion : Juin 2020.

 

Parsec a été sélectionné à l’issue de l’appel à projets “Innovation en matière d’e-infrastructure à vocation scientifique (SEI)” du Belmont Forum. Le projet réunit plusieurs partenaires de France (FRB, Université de Toulouse), du Brésil (Université de São Paulo), des États-Unis (American Geophysical Union – AGU) et du Japon (National Institute of Information and Communications Technology – NIICT).

 

  • Score-Reef – co-financé par l’AFB, Variabilité spatiale et temporelle des récifs coralliens du monde : causalités, idiosyncrasie et implications pour le développement des indicateurs écologiques
    Porteurs de projet: Valeriano PARRAVICCINI – EPHE (France) ; Mehdi ADJEROUD – IRD (France)

 

Première réunion : du 23 au 27 septembre 2019, prochaine réunion : du 27 avril au 1er mai 2020.

 

Nouveau post-doctorant Score-Reef – Simon BRANDL

Les principaux intérêts de recherche de Simon portent sur la biodiversité et le fonctionnement des écosystèmes marins, en particulier les poissons et les récifs coralliens tropicaux. Il a obtenu son doctorat de l’Université James Cook en Australie en 2016 et a fait deux postdocs par la suite. Il est basé à l’EPHE (Perpignan).

 

 

ACTUALITÉS DES GROUPES PASSÉS

 

  • Netseed – groupe fini en 2014, Agrobiodiversité et réseaux sociaux : comment les systèmes d’échange de semences agissent sur la diversité des plantes domestiquées
    Porteur de projet: Doyle McKEY – Université de Montpellier/CNRS (France)

 

Le groupe Mires (Interdisciplinary Methods on Seed Exchange Networks), qui a débuté en 2012, a intégré davantage de mathématiciens et de généticiens dans ses rangs. Ce groupe de 30 chercheurs comprend neuf anciens chercheurs du groupe NetSeed, et sur les six personnes qui dirigent ce groupe, trois sont des anciens de NetSeed. En 2018, le GDR Réseaux, Sociétés et DiVersité (ReSoDiV) rassemble 51 spécialistes de 15 UMR CNRS, IRD, Cirad et Inra en sciences humaines et sociales et en sciences de la vie, dont neuf qui ont participé à NetSeed. Ce réseau, en relation avec NetSeed et Mires, ouvre ses thématiques sur le mouvement des animaux.

 

  • Rainbio – groupe fini en 2017, Dynamique de la forêt tropicale en Afrique : implications pour la conservation de la biodiversité tropicale
    Porteur de projet : Thomas COUVREUR – IRD Montpellier (France)

 

Thomas Couvreur a reçu une bourse ECR (European Research Council) de 1 950 000 € pour travailler sur le projet Global : “Diversification des forêts tropicales humides : une approche GLOBALE” pendant 5 ans. Le projet vise à répondre à deux questions principales : Quels processus évolutifs déterminent la diversité des forêts tropicales humides (FTH) ? Quel sera l’impact l’extinction des espèces lié à l’action de l’homme sur l’histoire évolutive de ces forêts ? Le projet se focalisera sur l’une des familles de plantes tropicales les plus importantes au sein des FTH, les Annonacées avec ~ 2 500 espèces distribuées dans toutes les forêts tropicales du monde. Il assemblera des données sur la géographie, la génétique, l’écologie, la morphologie et la chimie des feuilles pour toutes les espèces. En parallèle, le projet reconstruira des données paléoclimatiques spatialisées pour les tropiques au cours des 100 derniers millions d’années. Enfin, il générera une phylogénie moléculaire datée dans le temps des Annonacées pour tester les hypothèses sur la diversification des FTH sur le plan global. Toutes les données seront ensuite intégrées à l’aide d’approches comparatives statistiques innovantes pour élucider l’histoire évolutive des FTH à des niveaux de précision jamais atteints. GLOBAL fournira de meilleures des données importantes pour les politiques de conservation, et établira la nouvelle norme pour les études sur l’évolution des FTH applicables à d’autres familles majeures tropicales

 

 

LES AFTER

 

Les groupes de travail peuvent trouver au Cesab les moyens et l’espace nécessaires pour organiser une réunion supplémentaire, une fois les trois ans de financement écoulé.

 

  • Pelagic – Projet terminé en 2017, After en 2019. Prioriser les aires marines de conservation pour les vertébrés ayant une importance écologique et mondiale : une synthèse des meilleurs connaissances disponibles pour nourrir les politiques de gestion
    Porteur de projet : David MOUILLOT – Université de Montpellier (France)

 

  • Actias – Projet terminé en 2019, After en 2020.Patrons globaux de diversité, distribution et singularité évolutive chez les insectes. Que peut-on apprendre de deux des familles les mieux connues de Lépidoptères ?
    Porteur de projet : Rodolphe ROUGERIE – MNHN (France)

 

  • Afrobiodrivers – Projet terminé en 2019, After en 2020. Dynamique de la biodiversité africaine : interactions entre processus écologiques et actions de conservation.
    Porteur de projet : Hervé FRITZ – CNRS, UCB Lyon (France)

 

 

CALENDRIER DU 1ER SEMESTRE 2020

 

 

 

À PROPOS DU CESAB

 

 

Plus d'informations sur le Cesab

Présentation du Cesab de la FRB

Programme phare de la FRB, le Cesab (CEntre de Synthèse et d’Analyse sur la Biodiversité) est une structure de recherche au rayonnement international dont l’objectif est de mettre en œuvre des travaux innovants de synthèse et d’analyse des jeux de données déjà existants dans le domaine de la biodiversité.

 

Découvrez, dans les ressources ci-dessous, la plaquette de présentation du Cesab.

[FRB-Cesab] Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique – 2019

Le Cesab de la FRB et le GDR EcoStat proposent une formation sur cinq jours intitulée “Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique”. L’objectif de cette formation est de former de jeunes chercheurs / chercheuses aux outils de reproductibilité, de développement logiciel et de gestion de versions (e.g. R, git, markdown, tidyverse) appliqués à la recherche en biodiversité.
 
Cette formation, dispensée en français, sera ouverte aux jeunes chercheurs / chercheuses évoluant dans le domaine de la biodiversité (doctorant(e)s, post-doctorant(e)s, ingénieur(e)s). Le prix de la formation s’élève à 350 € pour la semaine et inclut les repas du midi. Les frais de transport, d’hébergement et les repas du soir sont à la charge des participant(e)s. Les étudiant(e)s appartenant aux laboratoires membres du GDR EcoStat peuvent, solliciter une aide financière de la part du GDR.
 
 
Liste des intervenants (par ordre alphabétique) :
  • Nicolas CASAJUS (FRB-Cesab)
  • Stéphane DRAY (CNRS LBBE)
  • Olivier GIMENEZ (CNRS Cefe)
  • Loreleï GUÉRY (IRD Marbec)
  • François GUILHAUMON (IRD Marbec)
  • Nina SCHIETTEKATTE (EPHE Criobe)

[FRB-Cesab] Première formation au Cesab

Du 2 au 6 décembre derniers, le Cesab de la FRB et le GDR EcoStat ont organisé une formation intitulée Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique.

 

17 étudiant(e)s, ingénieur(e)s et chercheurs/chercheuses de toute la France, sont venus assister à cette formation dans les locaux du Cesab à Montpellier.

 

Nicolas CASAJUS (FRB-Cesab), Stéphane DRAY (CNRS LBBE), Olivier GIMENEZ (CNRS Cefe), Loreleï GUÉRY (IRD Marbec), François GUILHAUMON (IRD Marbec), Nina SCHIETTEKATTE (EPHE Criobe) ont présenté les outils indispensables pour une recherche reproductible (git/GitHub, rmarkdown, drake, packages R, etc.). Les participants ont mis en pratique les connaissances acquises en début de formation lors de projets en sous-groupes. Tous sont repartis satisfaits de cette expérience.

 

Fort de cette réussite, le Cesab organisera une deuxième édition en 2020. Abonnez-vous à la newsletter de la FRB et de son Cesab pour être tenu informés.

 

Formation Cesab décembre 2019

[FRB-Cesab] Deux appels ouvrent en ce début décembre 2019

  • Lancement de l’appel FRB-Cesab / CIEE

La biodiversité à l’ère des changements globaux

 

L’Institut canadien d’écologie et d’évolution (CIEE) et le Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité (Cesab) de la Fondation pour la recherche sur la biodiversité (FRB) proposent un appel conjoint s’adressant à des groupes de travail constitués de chercheurs basés principalement au Canada et en France, sur le thème « La biodiversité à l’ère des changements globaux ».

 

Deux groupes de travail de huit chercheurs seront financés pour deux réunions chacun (la première en 2020 à Vancouver – Canada ; la seconde en 2021 à Montpellier – France).

 

Les propositions complètes seront à envoyer au plus tard le 31 janvier 2020 et les résultats seront annoncés le 06 mars 2020.

 

Consultez la page de l’appel.

 

  • Appel FRB-Cesab/CeMEB : ouverture le 9 décembre 2019

Invitation de chercheurs étrangers – séjour courte durée (2-3 mois)

 

Le Labex Centre méditerranéen environnement et biodiversité (CeMEB) et le Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité (Cesab) de la Fondation pour la recherche sur la biodiversité (FRB) proposent de financer l’accueil de deux chercheurs au sein du Cesab pour un séjour de courte durée (2 mois minimum – 3 mois maximum).

 

Les propositions complètes seront à envoyer au plus tard le 12 mars 2020 et les résultats seront annoncés le 15 mai 2020.

 

Consultez la page de l’appel.

[FRB-Cesab] Défis et opportunités de la conservation de la biodiversité à grande échelle

Le groupe de travail Pelagic du Centre de synthèse et d’analyse de la biodiversité (Cesab) vous convie à Montpellier pour un symposium en anglais le vendredi 29 novembre 2019. Au cours de cette journée, un groupe de chercheurs internationaux présentera les nouveaux défis associés à la surveillance de la faune et des activités humaines dans les aires protégées à l’aide des technologies les plus récentes. 

 

Comité d’organisation :

  • David MOUILLOT (Université de Montpellier,FR)
  • Tom LETESSIER (Zoological Society of London, UK)

 

Intervenants :

  • Jessica MEEUWIG (University of Western Australia, AU)
  • Tom LETESSIER (Zoological Society of London, UK)
  • Marc CHAUMONT (LIRMM Montpellier, FR)
  • Ana NUNO (University of Exeter, UK)
  • Rachel JONES (Zoological Society of London, UK)

[Communiqué] La synthèse de données au service de la flore tropicale africaine menacée

Il y a deux ans, une trentaine de chercheurs nationaux et internationaux rendaient public Rainbio une base de données unique en libre accès, offrant le premier état des lieux jamais réalisé sur la flore d’Afrique tropicale. Cette synthèse d’envergure a été réalisée au Cesab de la FRB, un centre de synthèse unique en France permettant de rassembler de très nombreuses informations dépassant les simples jeux de données collectés lors de travaux individuels.

 

Grâce au Cesab, mis en place il y a 10 ans par la FRB, l’équipe de recherche menée par Thomas Couvreur – chercheur à l’IRD – a pu enregistrer plus de 600 000 occurrences végétales en Afrique tropicale, provenant de plus de 25 000 espèces de plantes vasculaires.

 

Ce mois-ci, trois études s’appuyant de façon directe ou indirecte sur la base de données Rainbio ont dévoilé des résultats sans précédent sur l’état et le devenir de la flore africaine ainsi que sur les espèces rares à l’échelle mondiale.

 

 

Consultez le communiqué complet

La synthèse de données au service de la flore tropicale africaine menacée

Il y a deux ans, une trentaine de chercheurs nationaux et internationaux rendaient public Rainbio une base de données unique en libre accès, offrant le premier état des lieux jamais réalisé sur la flore d’Afrique tropicale. Cette synthèse d’envergure a été réalisée au Cesab de la FRB, un centre de synthèse unique en France permettant de rassembler de très nombreuses informations dépassant les simples jeux de données collectés lors de travaux individuels.

 

Grâce au Cesab, mis en place il y a 10 ans par la FRB, l’équipe de recherche menée par Thomas Couvreur – chercheur à l’IRD – a pu enregistrer plus de 600 000 occurrences végétales en Afrique tropicale, provenant de plus de 25 000 espèces de plantes vasculaires.

 

Ce mois-ci, trois études s’appuyant de façon directe ou indirecte sur la base de données Rainbio ont dévoilé des résultats sans précédent sur l’état et le devenir de la flore africaine ainsi que sur les espèces rares à l’échelle mondiale.

 

 

  • Plus d’un tiers des plantes sur terre sont considérées comme extrêmement rares et menacées par le changement climatique et le changement d’usage des Terres

 

Pour la première fois à l’échelle planétaire, une étude parue le 27 novembre dans la revue Science Advances a pu déterminer que 36,5 % des 435 000 espèces végétales de la Terre sont à considérer comme extrêmement rares. Ces résultats sont basés sur BIEN, une immense base de données ayant intégré Rainbio. Les scientifiques ont localisé les régions qui les abritent et conclu qu’elles se situent majoritairement dans des régions climatiques stables. Or les événements extrêmes provoqués par le changement climatique risquent de bouleverser ces climats et avoir un impact majeur sur les espèces rares. D’après les prévisions, les Andes méridionales et l’Asie du Sud-Est devraient enregistrer les plus fortes baisses. Le changement d’usage des terres fait aussi partie des grandes menaces. Si rien n’est fait pour préserver la flore rare planétaire dans les années à venir, c’est environ 158 000 espèces de plantes qui sont menacées d’extinction.

 

Enquist, B.J., Feng, X., Boyle, B., Maitner, B., Newman, E.A., Jørgensen, P.M., Roehrdanz, P.R., Theirs, B.M., Burger, J.R., Corlett, R. and Donoghue, J.C., 2019. The commonness of rarity: Global and future distribution of rarity across land plants. Science Advances5(11). DOI: 10.1126/sciadv.aaz0414

 

Rainbio Cesab CP

Fig. Where are rare species distributed geographically?

 

 

  • Près d’un tiers de la flore tropicale africaine est menacée d’extinction

 

Le 20 novembre dernier sortait la première évaluation du statut de conservation préliminaire réalisée de la flore tropicale africaine. L’article a révélé que près d’un tiers – 31,7 % – de cette flore pourrait être menacé d’extinction. En superposant les cartes de distribution des espèces et celles de l’utilisation des terres – des plus préservés aux plus exploitées – réalisées à partir de la base de données Rainbio, les chercheurs sont parvenus pour la première fois, à évaluer le statut de conservation potentiel de la flore tropicale à l’échelle du continent. « Cette étude constitue la première évaluation du statut de conservation potentiel de la flore à une échelle continentale, suivant la méthodologie de l’UICN », souligne Thomas Couvreur, botaniste à l’IRD qui a coordonné l’étude. « Ces évaluations pourraient fournir des informations cruciales pour améliorer la gestion de la biodiversité et favoriser un développement économique durable en Afrique. »

 

Stévart, T., Dauby, G., Lowry, P.P., Blach-Overgaard, A., Droissart, V., Harris, D.J., Mackinder, B.A., Schatz, G.E., Sonké, B., Sosef, M.S.M. and Svenning, J.C., 2019. A third of the tropical African flora is potentially threatened with extinction. Science Advances5(11). DOI: 10.1126/sciadv.aax9444

 

Fig. Spatial distribution of threatened plant species across tropical Africa.

 

 

  • Du rôle vital joué par les montagnes pour la biodiversité végétale tropicale africaine

 

Dans l’étude parue dans la revue New phytologist le 30 octobre dernier, les scientifiques ont pu déterminer où les plantes d’Afrique tropicale se diversifient et persistent au cours du temps en s’appuyant sur la base de données Rainbio. Leur étude souligne le rôle vital joué par les montagnes agissant simultanément comme berceaux et lieux de persistance de la biodiversité végétale tropicale africaine. En revanche, les forêts tropicales des basses terres de l’Afrique de l’Ouest et Centrale servent principalement de musées, pour la diversité générique (i.e. régions où les genres persistent au cours du temps). Ces résultats permettent de comprendre la répartition de la biodiversité et les stratégies de conservation au niveau de la région.

 

Dagallier, L.P.M., Janssens, S.B., Dauby, G., Blach‐Overgaard, A., Mackinder, B.A., Droissart, V., Svenning, J.C., Sosef, M.S., Stévart, T., Harris, D.J. and Sonké, B., 2019. Cradles and museums of generic plant diversity across tropical Africa. New Phytologist. DOI: 10.1111/nph.16293

 

Rainbio Cesab CP

Fig. Map of the protected areas of Africa overlaid onto categorical analysis of neo- and paleo-endemism (CANAPE) results.

[CESAB] Le projet FAIR_Data est accueilli au Cesab

Le Cesab de la FRB est une structure de recherche au rayonnement international ayant pour objectif est de mettre en œuvre des travaux innovants de synthèse et d’analyse des jeux de données déjà existants dans le domaine de la biodiversité.

Dans ses locaux montpelliérains, le Cesab offre à présent à des chercheurs l’opportunité de se retrouver pour avancer sur leurs projets mêlant synthèse de données et biodiversité. Il inaugure aujourd’hui cette nouvelle formule avec l’accueil du projet FAIR, dont il est partenaire.

 

La nécessité croissante de rendre les données de la recherche “Découvrables, Accessibles, Interopérables et Réutilisables” (en anglais : Findable, Accessible, Interoperable and Reusable, d’où les principes des données FAIR) a conduit à la constitution d’un groupe de réflexion au sein de la communauté académique montpelliéraine. L’objectif de ce groupe est de décliner les principes des données FAIR et d’élaborer des procédures permettant de les mettre en œuvre dans différents champs disciplinaires : biodiversité/écologie, agronomie, sciences de l’ingénieur, sciences humaines et sociales. Il a été constitué au printemps 2019 à l’initiative des LabEx CeMEB, NUMEV, Agro et de l’institut de convergence DigitAg.

 

Le groupe de réflexion se réunit aujourd’hui pour la seconde fois dans l’objectif de concevoir un plan de gestion des données et d’identifier les ressources terminologiques (métadonnées, vocabulaires contrôlés) pertinents pour aboutir à des jeux de données “FAIR”.

 

 

Principal Investigator :

Eric GARNIER (CNRS)

 

Participants :

Cédric BOURRASSET – ATOS ; Sophie BOUTIN – Université de Montpellier ; Marie-Christine CORMIER SALEM – AGROPOLIS ; Olivier GIMENEZ – CNRS ; François GREGOIRE – ATOS ; Mylène JONQUET – LIRMM ; Carole KERDELHUE – INRA ; Anne LAURENT – Université Montpellier ; Emmanuel LE CLEZIO – Université Montpellier ; Nicolas MOUQUET – CNRS-FRB ; Loïc MAISONNASSE – ATOS ; Antoine OLGIATI – ATOS ; Andrea PARMEGGIANI – Université Montpellier  ; Pierre PERE – IRSTEA ; Pascal PONCELET – LIRMM ; Lionel TORRES – Université Montpellier ; Olivier TORRES – UPV.

 

[Communiqué] Publication dans PLoS Biology des travaux du groupe Cesab Pelagic

À la suite des travaux menés par le groupe de travail Pelagic, co-financé par la Fondation pour la recherche sur la biodiversité (FRB) accompagné par son Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité (Cesab), une étude a été menée sur l’impact des activités humaines sur les prédateurs marins. Elle a mis en évidence, dans une publication scientifique publiée le 6 août 2019 dans PLoS Biology, que les prédateurs marins se regroupent principalement sur des récifs isolés et des monts sous-marins situés à plus de 1 250 km des ports de pêche.

 

Cette étude a été menée par une équipe internationale, dirigée par la Société zoologique de Londres (ZSL), de 15 chercheurs de 12 instituts de recherche différents, parmi lesquels l’Université de Montpellier et l’IRD.

 

Consultez le communiqué de presse.

 

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Références de l’article :

Letessier TB, Mouillot D, Bouchet PJ, Vigliola L, Fernandes MC, Thompson C, et al. (2019) Remote reefs and seamounts are the last refuges for marine predators across the Indo-Pacific. PLoS Biol 17(8): e3000366. https://doi.org/10.1371/journal.pbio.3000366

[Cesab] Appel à projets CESAB- sDiv SYNERGY

 

 

Le Cesab et le sDiv sont des instruments de la FRB (Fondation française pour la recherche sur la biodiversité) et de l’iDiv allemand (centre de recherche allemand sur la biodiversité). Ces deux centres accueillent des groupes de chercheurs travaillant sur une meilleur utilisation des données, des informations et des connaissances existantes pour favoriser une réflexion synthétique dans le domaine de la recherche sur la biodiversité. Ils lancent un appel conjoint appelé “synergy ” pour financer deux groupes  de 5 à 7 chercheurs qui partageront leurs réunions entre les deux centres.

 

Le thème principal de l’appel est “Coexistence et stabilité dans les communautés à haute diversité”. La théorie moderne de la coexistence fournit un cadre utile pour comprendre la coexistence des espèces dominantes, mais elle se limite à quelques espèces en interaction et n’est ni prédictive ni extensible à des contextes nouveaux ou réels. Cet appel conjoint vise à favoriser une synthèse pour comprendre la coexistence et la stabilité dans des communautés typiques à haute diversité qui sont souvent composées d’un nombre relativement faible d’espèces dominantes et de nombreuses espèces à faible abondance. Les approches de modélisation, à la fois mécanistes et statistiques, pourront être nouvelles ou élargir les cadres existants. 

 

Une pré-sélection de projets sera opérée par les membres des comités scientifiques de la sDiv et du Cesab , dans un délai de deux semaines après la réception des pré-propositions. 

 

Plus d’informations sur l’appel à projet (en anglais).

 
Contact : cesab@fondationbiodiversite.fr 

[Cesab] Postdoctorat Score-Reef

Localisation: CRIOBE – Perpignan, France et FRB – CESAB – Montpellier, France 

Salaire: 2250€ / mois

Contrat: 2 ans, temps plein

Date limite des candidatures: 31 juillet 2019

Date de prise de poste : 1er octobre 2019

 

Le projet CESAB Score-Reef  est à la recherche d’un écologiste travaillant sur des récifs coralliens, motivé pour contribuer à un projet d’étude sur l’état et les tendances des communautés benthiques et des poissons des récifs coralliens dans l’espace et le temps. L’objectif final du projet est d’évaluer la performance des indicateurs écologiques existants sur les récifs coralliens. Les résultats de ce projet auront un impact sur le réseau de surveillance existant dans les territoires français d’outre-mer. 

 

Le poste est un post-doc de 2 ans et le projet est financé par le CESAB à Montpellier (France). Les coordinateurs du projet – V. Parravicini (EPHE) et M. Adjeroud (IRD) – sont tous deux basés à Perpignan (France) et le post-doc devra être basé au CRIOBE à Perpignan, au moins pendant la première année du contrat.

 

 

Retrouvez la description complète de l’offre ici (en anglais). 

[Cesab] Postdoctorat DiveRS

Localisation: FRB – CESAB, 5, rue de l’École de Médecine, 34000 Montpellier, France

Salaire: 2250€ / mois

Contrat: 2 ans, temps plein

Date limite des candidatures: 31 août 2019

Date de prise de poste : 1er novembre 2019

 

Le projet CESAB DiveRS est à la recherche d’un postdoctorant sur deux ans pour travailler sur l’évolution du système de reproduction des angiospermes. Le projet est le fruit d’un effort de collaboration de 15 chercheurs de différentes nationalités pour comprendre comment l’évolution du système de sélection des plantes est liée à l’évolution d’autres caractères, ainsi qu’à la spéciation et à l’extinction. 

 

 

Retrouvez la description complète de l’offre ici (en anglais). 

[Appel à projet] Lancement de l’appel à projets thématique Cesab !

(In English bellow)

 

 Le Cesab (Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité) a été créé en 2010 par la Fondation pour la recherche sur la biodiversité (FRB) pour promouvoir les activités de recherche de haut niveau consacrées à la synthèse des idées et à l’analyse des données dans le domaine de la biodiversité.

Tout savoir sur le Cesab de la FRB

 

 

La FRB, avec le soutien de l’Agence française pour la biodiversité (AFB), appelle la communauté de recherche à soumettre des projets de recherche et d’analyse portant sur les perturbateurs endocriniens et leurs liens avec la biodiversité, basés sur l’analyse et la synthèse de données existantes. Seront considérés les projets qui s’intéresseront à des enjeux divers relatifs à ce thème, conformément aux précisions données en annexe de l’appel.

 

L’objectif principal du Cesab est de faciliter la production de nouvelles connaissances à partir de données existantes. Il soutient les groupes d’experts internationaux qui partagent leurs expertises et mettent en commun les données disponibles, en prenant en charge l’organisation des réunions, un appui à la communication et à l’analyse de données ainsi qu’un(e) post-doctorant(e) qui accompagnera le projet.
Depuis 2019, le Cesab est localisé à Montpellier.

 

Une pré-sélection de projets sera opérée par les membres du Comité scientifique du Cesab, dans un délai de deux semaines après la réception des pré-propositions.

Celles-ci devront être soumises exclusivement par mail à cesab@fondationbiodiversite.fr.

 

 

 

 

CESAB (Centre for the Synthesis and Analysis of Biodiversity) was created in 2010 by the Foundation for Biodiversity Research (FRB) to promote high-level research activities dedicated to the synthesis of ideas and data analysis in the field of biodiversity.

All information about CESAB.

 

The FRB, with the support of the French Agency for Biodiversity (AFB), calls on the French research community to submit research and analysis projects in the field of endocrine disruption and its links with biodiversity, based on the analysis and synthesis of existing data. Projects will be considered if they address various issues related to this theme, in accordance with the details given in the annex to this call.

 

The main objective of CESAB is to facilitate the production of new knowledge from existing data. It supports international expert groups that share their expertise and share available data, by organizing meetings, supporting communication and data analysis, and a post-doctoral fellow who will accompany the project. Since 2019, CESAB has been located in Montpellier.

 

A pre-selection of projects will be made by the members of the CESAB Scientific Committee within two weeks of receipt of the pre-proposals. These must be submitted exclusively by email to cesab@fondationbiodiversite.fr.

 

 

 

Faire progresser l’écologie en intégrant des données à travers le monde

« En comprenant notre planète, nous avons la possibilité de la sauver.» soulignait récemment le scientifique E.O Wilson. À l’heure où 80 % des espèces mondiales n’ont pas encore été nommées et décrites, un long chemin reste encore à parcourir pour comprendre la vie sur Terre. Une telle compréhension dépendra non seulement de nouvelles initiatives de recherche audacieuses, mais aussi de nouvelles façons de recueillir, organiser, intégrer, visualiser et partager des données entre les disciplines, les domaines et les limites géographiques.

 

À l’occasion de la venue en France de William Michener, grand expert de la gestion de données sur la biodiversité, le Cesab (CEntre de Synthèse et d’Analyse sur la Biodiversité) de la FRB a organisé un séminaire à l’Inra mercredi 11 avril 2018. Ce séminaire a été l’occasion de réfléchir à la manière de développer les bases de données et les connaissances nécessaires pour comprendre notre planète. Les présentations, suivies d’une table ronde, porteront sur :

  • L’évolution du milieu scientifique et comment les «anciennes» et «nouvelles» données sont essentielles pour améliorer nos connaissances ;
  • L’intégration des données de manière globale et à travers les disciplines scientifiques pour comprendre et soutenir les écosystèmes de notre planète ;
  • La manière dont les approches novatrices des technologies de l’information aident à mieux comprendre la biodiversité ;
  • La transformation de la biodiversité et des mesures écologiques en informations pouvant être exploitées par les scientifiques, les gestionnaires de ressources et les décideurs.

 

Cet événement est organisé en partenariat avec le PNDB (Pôle national de données de biodiversité).

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