Programme phare de la FRB, le Cesab (Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité) est une structure de recherche au rayonnement international dont l’objectif est de mettre en œuvre des travaux innovants de synthèse et d’analyse des jeux de données déjà existants dans le domaine de la biodiversité. Deux fois par an, le Cesab publie une newsletter répertoriant les différentes actions des groupes de travail et ses événements.
Edito
Face à la multiplication des défis environnementaux, le besoin d’une synthèse rigoureuse et indépendante sur la biodiversité n’a jamais été aussi important. Avec le Cesab, la Fondation pour la recherche sur la biodiversité est fière de proposer un lieu où cette synthèse est possible. Avec le soutien de ses membres fondateurs. Nous pouvons maintenant proposer à la communauté scientifique des appels à projets réguliers, combinant des appels Synthèse « classiques » et des appels Datashare. L’appel Datashare ouvert en 2023, a été plébiscité par la communauté scientifique. Preuve s’il en fallait, de sa maturité et de l’importance de la mise à disposition, pour le plus grand nombre, de bases de données sur la biodiversité.
Nous tenons également à féliciter Sandra Lavorel, ancienne membre du CS de la FRB, et membre du projet Cesab Divgrass, récemment lauréate de la prestigieuse médaille d’or du CNRS, ainsi que Lucie Mahaut,postdoctorante du groupe Free2, et lauréate du prix jeunes chercheurs 2023 de la SFE². Ces prix suggèrent la qualité de la recherche française en biodiversité, la maturité de sa communauté scientifique et sa reconnaissance par les plus hautes instances scientifiques, excellence à laquelle la FRB, son Cesab apporte sa pierre.
Enfin, l’ensemble de la direction de la FRB et de son Cesab adresse leurs remerciements les plus chaleureux à l’ensemble de l’équipe du Cesab, qui constitue le cœur vibrant de notre centre. Ses expertises, son engagement et sa passion contribuent à faire du Cesab un lieu dynamique et innovant pour la recherche sur la biodiversité; elle est le pilier de nos réussites et de nos avancées. À tous, un immense merci pour leur travail et leur engagement constant.
Enfin, nous sommes heureux d’accueillir chaleureusement Maija Miikkola qui vient de rejoindre notre équipe administrative. Bienvenue Maija !
Ensemble, la FRB et son Cesab, grâce à l’engagement de ses membres fondateurs et partenaires, continuera ses missions, et notamment visera à donner, à la communauté scientifique les moyens, directs et indirects, pour continuer d’avancer sur des recherches en biodiversité importantes pour l’ensemble des parties prenantes. Le rôle décisif de la synthèse des données et des connaissances sur la biodiversité, donnant au Cesab une place plus pertinente que jamais.
Plusieurs centaines de chercheurs sont venus travailler au Cesab:
Depuis juillet 2023 le Cesab n’a pas désempli. Au programme notamment la succession de 18 groupes ainsi que la réunion annuelle en plénière du comité scientifique dédié à la synthèse de données, celle du Conseil scientifique de la FRB pour sa réunion de rentrée, du consortium du Programme prioritaire de recherche (PPR) Océan et du groupe de travail du projet franco-brésilienUrbanHealth.
Au delà de l’accueil de tous ces groupes et experts, le Cesab conforte son activité de formation : la seconde édition de la formation « Lla synthèse des connaissances sur la biodiversité : introduction aux méta-analyses et revues systématiques» et la cinquième édition de la formation « Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique» se sont tenues cet automne et ont permis de formerune quarantaine de doctorants et chercheurs. Le Cesab a également co-organisé et hébergé l’action EcoInfoFAIR animée par le Pôle national de données de biodiversité (PNDB).
Enfin, le centre a accueilli à temps partiel Jean-Paul Metzger (Fapesp & Université de Sao Paulo),, qui a passé deux mois en séjour sabbatique à Montpellier dans le cadre d’un financement MAK’IT de l’Université de Montpellier.
L’actu des projets FRB-Cesab : les réunions “After” motivent toujours autant les groupes de chercheurs :
Le groupe Divers dont le projet initial a pris fin à l’automne 2022, s’est réuni à nouveau début octobre au Cesab dans le cadre d’une réunion “After”, avec le soutien du CNRS. Le consortium a déjà prévu de se réunir à nouveau au printemps 2024 grâce au soutien de la Région Bretagne, afin de préparer un projet européen de Doctoral Network.
Quatre autres groupes Cesab dont le projet s’est terminé en 2023 préparent leur retour en “After” cette année (cf point consacré dans les prévisions 2024)
Enfin, Fishglob, projet de la décennie Océans des Nations Unies, devrait se réunir à nouveau au Cesab en 2024.
Bonne continuation aux postdocs Cesab qui rejoignent de nouvelles équipes de recherche
Nous souhaitons le meilleur pour la suite à:
Erica RIEVRS BORGES, post-doctorante du projet Bridge, qui a débuté un nouveau post-doc en septembre 2023 au laboratoire Amap à Montpellier dans le cadre d’une bourse Curie.
Stéphanie D’AGATA, post-doctorante du groupe Blue Justice qui a été recrutée à l’IRD (félicitations Stéphanie !) ; Stéphanie sera désormais impliquée dans le projet en tant que membre du groupe à part entière, Angelee ANNASAWMY ayant pris son relai au sein du consortium en tant que data scientist (cf point dédié aux recrutements plus bas).
Andrew HELMSTETTER, qui nous quitte après presque 4 ans de travaux sur les projets Divers puis Indicators. Nous avons une pensée toute particulière pour lui, Andrew ayant été le premier “post-doc Cesab” hébergé sur site et membre à part entière de notre équipe. Bonne continuation Andrew!
L’équipe Cesab, lors de sa fête de Noël annuelle
2024 : une année pleine de nouveaux projets et nouvelles recrues !
Les projets issus de l’appel Datashare 2023 sont annoncés !
Les projets vont démarrer dans les semaines qui viennent, chacun des 4 groupes se réunira au Cesab au 2e semestre 2024:
Dynamite, DYNAMics of the production and export of aragonITEshells, porté par Julie MEILLAND (UniversitédeBremme, Allemagne) et Olivier SULPIS (CNRS, France)
Fairwood, Development of an international database based on FAIR principles to host xylogenesis data and improve understanding of wood formation and woody biomass production in the face of climate change, porté par Cyril RATHGEBER (INRAE, France) et Patrick FONTI (WCL, Suisse)
FARsex, Fish, Amphibian, and Reptile Sex Ratios under climate change scenarios, porté par Veronika BOKONY (HUN-REN Centre for Agricultural Research, Hongrie) et Benjamin GEFFROY (IFREMER, France)
InvaHealth, Global human health costs from biological invasions, porté par Christophe DIAGNE (IRD, France) et Guillaume LATOMBE (Université d’Edimburg, Royaume-Uni)
Encore un peu de patience pour les projets dans le cadre de l’appel 2023 FRB-MTE-OFB.
Les projets sont actuellement en cours d’évaluation, la sélection finale sera annoncée fin mars. Nous espérons le démarrage de 3 nouveaux projets de synthèse, qui porterait à 31 le nombre total de projets en cours en 2024.
2024 devrait voir 4 groupes revenir en ‘After‘
Après Divers (voir plus haut), nous attentons le retour au Cesab des groupes ForcisJustConservation et Score-Reef (tous 3 issus de l’appel synthèse2018 ) : les consortia travaillent actuellement sur leur projet d’After pour se réunir à nouveau au Cesab dans le courant de l’année.
Enfin, le groupe Fishglob, issu du premier appel conjoint avec le centre de synthèse canadien CIEE et désigné projet de la décennie des Nations unies pour des sciences océaniques (UN OD), reviendra travailler au Cesab en novembre prochain après une première réunion “After” organisée à Vancouver au printemps dernier avec le soutien de l’ambassade de France au Canada,
Lancement des CESABINARs
Cette nouvelle initiative a pour but de valoriser les résultats phares des groupes qui terminent un cycle Cesab. Les porteurs de ces groupes vont présenter leurs principaux résultats pendant une quarantaine de minutes en visio, ouvert à tous.tes ,et sera suivi par un temps de discussion d’une vingtaine de minutes afin de valoriser les échanges scientifiques et le retour d’expérience. Ces séminaires seront enregistrés et mis à disposition de l’ensemble de la communauté scientifique.
La 2e édition de l’appel à participation de chercheur canadien à une réunion de groupe Cesab, a été lancée le 21 décembre 2023. Financé par l’Ambassade de France au Canada et lancé par le CIEE, cet appel est ouvert jusqu’au 14 février 2024. https://www.ciee-icee.ca/apply.html
La sélection sera annoncée en mars, pour une participation du.de la lauréat.e à une réunion au Cesab entre avril 2024 et mars 2025.
5 post-doctorantes rejoignent le site montpelliérain de la FRB au premier semestre 2024 :Mithila UNKULE pour le projet BioforestClara MARINO pour Rivage, Angelee ANNASAWMY pour Bluejustice, ont déjà pris leurs fonctions début janvier.
Miriam BECK, pour le projet Impacts, et Cassie SPEAKMAN, pour Discar, rejoindront l’équipe respectivement début février et début mai.
A noter également, la prolongation pour une durée de 10 mois chacun, des contrats post-doctorauxd’Aaron SEXTON sur le projet Navidiv et de Brunno OLIVEIRA sur le projet synergie Fragshiftsen marge du projet Cesab Bioshifts. L’équipe du Cesab se réjouit de prolonger la collaboration avec Aaron et Brunno cette année encore.
Face au succès que rencontrent les formations proposées, celles-ci entament désormais un cycle annuel. C’est le cas pour les formations suivantes, qui seront renouvelées en 2024 :
Cette formation, dispensée en anglais, est organisée en partenariat avec le Réseau thématique TheoMoDive. Ellea pour objectif de former aux techniques de modélisation de données écologiques basées sur la théorie. Les pré-inscriptions sont closes.
L’objectif de cette formation, également dispensée en anglais, est de former à l’analyse de données de réseaux écologiques, à travers une introduction générale sur les réseaux, les métriques classiques, ainsi qu’un tour d’horizon des techniques plus nouvelles, et mêlant cours classiques et études de cas pratiques. Les pré-inscriptions sont closes.
Cette formation dispensée en français, organisée en collaboration avec les coordinateurs et post-doctorants de deux groupes de revues systématiques InDySEMet Agri-TE et l’UMS PatriNat, portesur les techniques de méta-analyses et des méthodes des revues/cartes systématiques appliquées au domaine de la biodiversité. Les pré-inscriptions ouvriront au printemps.
Novembre: La donnée en biodiversité : de l’acquisition à l’ouverture / 1ère édition en 2024
Organisée en partenariat avec le PNDB, cette toute nouvelle formation proposera un tour d’horizon du cycle de la donnée en biodiversité, de son acquisition à l’ouverture, en passant par la standardisation, l’archivage et la publication d’un data paper et d’un plan de gestion de données. Les pré-inscriptions ouvriront au printemps.
Organisée en partenariat avec le RT EcoStat, cette formation a pour objectif de former les chercheurs et chercheuses aux outils de reproductibilité, de développement logiciel et de gestion de versions (R, git, quarto, renv, docker, etc.) appliqués à la recherche en biodiversité. Les pré-inscriptions ouvriront au printemps.
Portrait de chercheuse : Lucie Mahaut, lauréate du prix jeunes chercheurs 2023 de la SFE²
Lucie Mahaut, post-doc du groupe Cesab Free 2, et lauréate du prix jeunes chercheurs 2023 de la SFE², revient avec nous sur ses activités de recherche.
Bonjour Lucie, peux-tu nous décrire ce sur quoi portent tes recherches ?
Mes travaux sont ancrés dans le domaine de l’écologie fonctionnelle, discipline qui étudie l’adaptation des organismes à leur milieu, leurs rôles au sein des communautés, et la manière dont ils contribuent à réguler les cycles biogéochimiques. Je m’intéresse en particulier à la façon dont la biodiversité influence le fonctionnement et la stabilité des écosystèmes, et ce à différentes échelles spatio-temporelles. J’aborde la biodiversité sous l’angle des fonctions portées par les organismes (on parle de diversité fonctionnelle), ce qui me permet de prendre en compte à la fois la réponse des organismes aux changements environnementaux et leurs effets sur la structure et la dynamique des écosystèmes. Les fonctions des organismes sont estimées à partir de caractéristiques morphologiques et physiologiques – les fameux traits fonctionnels – aujourd’hui centralisées au sein de bases de données mondiales pour la plupart des groupes taxonomiques (plantes, vertébrés, invertébrés, microorganismes).
Depuis peu, je travaille plus spécifiquement sur le concept de rareté fonctionnelle, au cœur des travaux du groupe FRB-Cesab Free2 (FunctionalRarity in Ecology and Evolution) porté par Cyrille Violle (CNRS) et dont je suis la post-doctorante. Ce concept définit la rareté des espèces non plus seulement sur la base de leur distribution (p. ex. : abondance, fréquence) mais aussi à partir de leurs traits fonctionnels. Les espèces fonctionnellement rares possèdent, par définition, des combinaisons de traits fonctionnels distinctes par rapport aux autres espèces au sein d’un écosystème. J’ai notamment montré que ces espèces jouaient un rôle prépondérant dans la régulation de la productivité et de la stabilité des écosystèmes, qu’ils s’agissent d’agroécosystèmes ou de récifs coralliens. Ces résultats, et plus largement l’ensemble des travaux du groupe, suggèrent que la rareté fonctionnelle devrait être considérée plus explicitement dans les programmes de conservation de la biodiversité étant donnée son rôle dans le contrôle du fonctionnement des écosystèmes et plus généralement dans la contribution de la biodiversité aux sociétés humaines (Nature’s Contributions to People).
Comment étudier cette diversité fonctionnelle à travers la synthèse de données sur la biodiversité ?
Face aux défis environnementaux actuels, étudier la façon dont la diversité fonctionnelle, et la rareté fonctionnelle en particulier, contribuent à réguler le fonctionnement des écosystèmes est un champ de recherche prioritaire. Pour gagner en généricité, cela impose d’avoir accès à de grands jeux de données très hétérogènes tant par leur structure que par leur composition : distribution et abondance des espèces, traits fonctionnels des espèces, mesures du fonctionnement de l’écosystème, réseaux d’interactions, etc. La culture de synthèse portée par le Cesab facilite la manipulation de tels jeux de données, l’identification des pièges à éviter, et la découverte de patrons qui n’auraient certainement pas émergé de l’analyse de jeux de données plus modestes. De fait, ce travail de synthèse a ouvert tout un front de recherche dans l’étude de la diversité fonctionnelle, longtemps cantonnée à des travaux à de fines échelles et/ou expérimentaux. Notre approche d’analyse de données n’exclue pas l’approche expérimentale malgré tout, bien au contraire. Dans le cas spécifique de notre compréhension de la diversité fonctionnelle, je suis persuadée que ces deux approches sont complémentaires.
Qu’est-ce que ton intégration au groupe Cesab Free2 a changé dans tes recherches ?
Le groupe Free2 lors de son premier workshop en mai 2023
Le groupe Free a été initié en 2017. Au fil des années, le consortium s’est grandement enrichi grâce à l’inclusion continue de chercheurs de tous horizons et origines. Rejoindre ce groupe m’a permis – entre autres – d’étendre le cadre de mes travaux en diversifiant tant les échelles spatiales de mes questionnements que les groupes taxonomiques étudiés. Les semaines de travail en présentiel (deux par an) sont toujours des moments de vie très intenses où les idées fusent et les liens se tissent. Il est frappant de voir l’émergence d’idées totalement nouvelles au cours de ces semaines. C’est une expérience professionnelle réellement enthousiasmante et absolument unique pour des jeunes chercheur.e.s.
[Agri-TE] Bonfanti J, Langridge J & Beillouin D (2023) A global database to catalogue the impacts of agricultural management practices on terrestrial biodiversity. Data in Brief, 50, 109555. DOI: 10.1016/j.dib.2023.109555.
[Bridge] Casajus N, Rievrs Borges E, Tabacchi E, Fried G & Mouquet N (2023) chessboard: An R package for creating network connections based on chess moves. Journal of Open Source Software, 8, 5753. DOI: 10.21105/joss.05753.
[DiveRS] Anderson B, Pannell J, Billiard S, Burgarella C, De Boer H, Dufay M, Helmstetter AJ, Méndez M, Otto SP, Roze D, Sauquet H, Schoen D, Schönenberger J, Vallejo-Marin M, Zenil-Ferguson R, Käfer J & Glémin S (2023) Opposing effects of plant traits on diversification. iScience, 26, 106362. DOI: 10.1016/j.isci.2023.106362.
[Fishglob] Coulon N, Lindegren M, Goberville E, Toussaint A, Receveur A & Auber A (2023) Threatened fish species in the Northeast Atlantic are functionally rare. Global Ecology and Biogeography, 32, 1827-1845. DOI: 10.1111/geb.13731.
[Fishglob] Fredston AL, Cheung WWL, Frölicher TL, Kitchel ZJ, Maureaud AA, Thorson JT, Auber A, Mérigot B, Palacios-Abrantes J, Palomares MLD, Pecuchet L, Shackell NL & Pinsky ML (2023) Marine heatwaves are not a dominant driver of change in demersal fishes. Nature, 621, 324–329. DOI: 10.1038/s41586-023-06449-y.
[Fishglob] Maureaud A, Palacios-Abrantes J, Kitchel Z, Mannocci L, Pinsky ML, Fredston A, Beukhof E, Forrest D, Frélat R, Palomares MLD, Pécuchet L, Thorson JT, van Denderen D & Mérigot B (2024) FishGlob_data: An integrated database of fish biodiversity sampled with scientific bottom-trawl surveys. Scientific data, 11, 24. DOI: 10.1038/s41597-023-02866-w.
[Free] Coulon N, Lindegren M, Goberville E, Toussaint A, Receveur A & Auber A (2023) Threatened fish species in the Northeast Atlantic are functionally rare. Global Ecology and Biogeography, 32, 1827-1845. DOI: 10.1111/geb.13731.
[Free] Mahaut L, Violle C, Shihan A, Pélissier R, Morel J, de Tombeur F, Rahajaharilaza K, Fabre D, Luquet D, Hartley S, Thorne SJ, Ballini E & Fort F (2023) Beyond trait distances: Functional distinctiveness captures the outcome of plant competition. Functional Ecology, 37, 2399-2412. DOI: 10.1111/1365-2435.14397.
[IndySEM] Campagne CS, Roy L-A, Langridge J, Claudet J, Mongruel R, Beillouin D & Thiébaut É (2023) Existing evidence on the impact of changes in marine ecosystem structure and functioning on ecosystem service delivery: A systematic map. Environmental Evidence, 12, 13. DOI: 10.1186/s13750-023-00306-1.
[Maestro] Coulon N, Lindegren M, Goberville E, Toussaint A, Receveur A & Auber A (2023) Threatened fish species in the Northeast Atlantic are functionally rare. Global Ecology and Biogeography, 32, 1827-1845. DOI: 10.1111/geb.13731.
[Parsec] Specht A, O’Brien M, Edmunds R, Corrêa P, David R, Mabile L, Machicao J, Murayama Y & Stall S (2023) The Value of a Data and Digital Object Management Plan (D(DO)MP) in Fostering Sharing Practices in a Multidisciplinary Multinational Project. Data Science Journal, 22, 38. DOI: 10.5334/dsj-2023-038.
[CESAB Members] Drapeau Picard A-P, Dieni A, Moreau A, Mitchell GW, MacNair ML, Casajus N, Charest S & Larrivée M (2023) Mission Monarch: engaging the Canadian public for the conservation of a species at risk. Journal of Insect Conservation, accepted. DOI: 10.1007/s10841-023-00540-5.
[CESAB Members] Rault C, Leprieur F, Barbaro L, Kreft H, Mouquet N, Papaïx J, Sekercioglu CH, Violle C & Barnagaud JY (2023) Trait‐environment associations diverge between native and alien breeding bird assemblages on the world’s oceanic islands. Global Ecology and Biogeography, 32, 1773-1789. DOI: 10.1111/geb.13729.
[CESAB Members] Suárez-Ibarra JY, Freire TM, Frozza CF, Pinho TML, Petró SM, Dias BB, Chalk TB, Chaabane S, Srivastava M, Costa KB, Toledo FAL, De Garidel-Thoron T, Coimbra JC & Pivel MAG (2023) Surface fertilisation and organic matter delivery enhanced carbonate dissolution in the western South Atlantic. Frontiers in Ecology and Evolution, 11, 1238334. DOI: 10.3389/fevo.2023.1238334.
