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Projet en cours depuis 2023

Free 2

Vers un changement de paradigme en biologie de la conservation : des espèces aux fonctions, des individus aux écosystèmes, des échelles locales aux échelles globales

Free 2

L’objectif de Free 2 est de questionner les fondations de la biologie de la conservation sur la base de critères fonctionnels. Il s’agit d’un réel changement de paradigme qui peut amener à de profonds changements pour les politiques de conservation tant à l’échelle locale que globale. Les travaux de Free 1 sur la rareté fonctionnelle ont ouvert des perspectives prometteuses quant au développement de nouveaux indicateurs. Les enjeux pour les gestionnaires sont considérables.

Free 2 proposera une synthèse de l’ensemble des travaux qui ont questionné les organismes et les populations sous un angle fonctionnel et établira des perspectives pour la conservation de la biodiversité. Une méta-analyse des travaux qui ont analysé la relation biodiversité-fonctionnement des écosystèmes sous un angle taxonomique sera également menée, en combinant différentes bases de données disponibles sur les traits fonctionnels des organismes. Ce travail permettra de démontrer le rôle des espèces fonctionnellement distinctes dans la régulation du fonctionnement des écosystèmes, leur multi-fonctionnalité et les services écosystémiques plus généralement.

Des séries temporelles de la biodiversité de groupes taxonomiques variés seront analysées afin de comprendre la façon dont les espèces fonctionnellement disctinctes sont maintenues (ou perdues) en réponse à diverses pressions envrionnementales et anthropiques.

Enfin, Free 2 développera un package R destiné à simplifier l’analise des patrons de diversité fonctionnelle à différentes échelles spatiales et niveaux d’organisation. Une attention particulière sera portée à rendre ce package à la fois suffisamment flexible et simple afin d’être utilisé tant par les chercheurs que par les gestionnaires de la biodiversité.

L’ensemble de ces tâches répond d’un même objectif : proposer les fondations d’une nouvelle discipline centrée sur la conservation de la biodiversité et des écosystèmes sous un angle fonctionnel. Au cours du projet, une dicussion approfondie est prévue avec des philosophes spécialistes des questions de biodiversité et de services écosystémiques dans le but de confronter les points de vue.

les chercheurs

Porteurs de projet :

 

Cyrille VIOLLE – CEFE-CNRS (France)

ouvrir/fermer Post-doctorante :

Lucie MAHAUT – CNRS (France)

ouvrir/fermer Participants :

Arnaud AUBER – IFREMER Boulogne-sur-mer (France); Marc CADOTTE – University of Toronto, (Canada); Brian ENQUIST – University of Arizona (USA); Pierre GAUZERE – IDIV (France); Matthias GRENIE – CNRS (France); Christopher KLAUSMEIER – Michigan State University (USA); Nathan KRAFT, University of Maryland (USA); Helena LITCHMAN – Michigan State University (USA); Nicolas LOISEAU – CNRS (France); Anthony MAIRE – EDF (France); Brian MCGILL – University of Maine (USA); Matthew MCLEAN – Ifremer (France); David MOUILLOT – University of Montpellier (France); Nicolas MOUQUET – CNRS Montpellier (France); François MUNOZ – Grenoble University (France); Annette OSTLING -University of Michigan (USA); Catalina PIMIENTO – University of Zurich (Switzerland); Wilfried THUILLER – CNRS Grenoble (France); Sébastien VILLEGIER – CNRS (France).

Le projet Free réunit des spécialistes de différents groupes taxonomiques, en écologie des communautés, macro-écologie biogéographie, écologie fonctionnelle, écologie microbienne et phylogénie.

publications

[33] Coulon N, Lindegren M, Goberville E, Toussaint A, Receveur A & Auber A (2023) Threatened fish species in the Northeast Atlantic are functionally rare. Global Ecology and Biogeography, 32, 1827-1845. DOI: 10.1111/geb.13731.

 

[32] Cutts V, Hanz DM, Barajas‐Barbosa MP, Schrodt F, Steinbauer MJ, Beierkuhnlein C, Denelle P, Fernández‐Palacios JM, Gaüzère P, Grenié M, Irl SDH, Kraft N, Kreft H, Maitner B, Munoz F, Thuiller W, Violle C, Weigelt P, Field R & Algar AC (2023) Links to rare climates do not translate into distinct traits for island endemics. Ecology Letters, 26, 504-515. DOI: 10.1111/ele.14169.

 

[31] Gaüzère P, Blonder B, Denelle P, Fournier B, Grenié M, Delalandre L, Münkemüller T, Munoz F, Violle C & Thuiller W (2023) The functional trait distinctiveness of plant species is scale dependent. Ecography, 2023, e06504. DOI: 10.1111/ecog.06504.

 

[30] Gaüzère P, Botella C, Poggiato G, O’Connor L, Di Marco M, Dragonetti C, Maiorano L, Renaud J & Thuiller W (2023) Dissimilarity of vertebrate trophic interactions reveals spatial uniqueness but functional redundancy across Europe. Current Biology, 33, 5263-5271. DOI: 10.1016/j.cub.2023.10.069.

 

[29] Mahaut L, Violle C, Shihan A, Pélissier R, Morel J, de Tombeur F, Rahajaharilaza K, Fabre D, Luquet D, Hartley S, Thorne SJ, Ballini E & Fort F (2023) Beyond trait distances: Functional distinctiveness captures the outcome of plant competition. Functional Ecology, 37, 2399-2412. DOI: 10.1111/1365-2435.14397.

 

[28] Munoz F, Klausmeier CA, Gaüzère P, Kandlikar G, Litchman E, Mouquet N, Ostling A, Thuiller W, Algar AC, Auber A, Cadotte MW, Delalandre L, Denelle P, Enquist BJ, Fortunel C, Grenié M, Loiseau N, Mahaut L, Maire A, Mouillot D, Pimiento C, Violle C & Kraft NJB (2023) The ecological causes of functional distinctiveness in communities. Ecology Letters, 26, 1452-1465. DOI: 10.1111/ele.14265.

 

[27] Auber A, Waldock C, Maire A, Goberville E, Albouy C, Algar AC, McLean M, Brind'Amour A, Green AL, Tupper M, Vigliola L, Kaschner K, Kesner-Reyes K, Beger M, Tjiputra J, Toussaint A, Violle C, Mouquet N, Thuiller W & Mouillot D (2022) A functional vulnerability framework for biodiversity conservation. Nature Communications, 13, 4774. DOI: 10.1038/s41467-022-32331-y.

 

[26] Brun P, Violle C, Mouillot D, Mouquet N, Enquist BJ, Munoz F, Münkemüller T, Ostling A, Zimmermann NE & Thuiller W (2022) Plant community impact on productivity: Trait diversity or key (stone) species effects? Ecology Letters, 25, 913–925. DOI: 10.1111/ele.13968.

 

[25] Delalandre L, Gaüzère P, Thuiller W, Cadotte MW, Mouquet N, Mouillot D, Munoz F, Denelle P, Loiseau N, Morin X & Violle C (2022) Functionally distinct tree species support long-term productivity in extreme environments. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 289, 20211694. DOI: 10.1098/rspb.2021.1694.

 

[24] Feng X, Enquist BJ, Park DS, Boyle B, Breshears DD, Gallagher RV, Lien A, Newman EA, Burger JR, Maitner BS, Merow C, Li Y, Huynh KM, Ernst K, Baldwin E, Foden W, Hannah L, Jorgensen PM, Kraft NJB, Lovett JC, Marquet PA, McGill BJ, Morueta‐Holme N, Neves DM, Núñez‐Regueiro MM, Oliveira‐Filho AT, Peet RK, Pillet M, Roehrdanz PR, Sandel B, Serra‐Diaz JM, Símová I, Svenning J, Violle C, Weitemier TD, Wiser S & López‐Hoffman L (2022) A review of the heterogeneous landscape of biodiversity databases: Opportunities and challenges for a synthesized biodiversity knowledge base. Global Ecology and Biogeography, 31, 1242–1260. DOI: 10.1111/GEB.13497.

 

[23] Guo W-Y, Serra-Diaz JM, Schrodt F, Eiserhardt WL, Maitner BS, Merow C, Violle C, Anand M, Belluau M, Bruun HH, Byun C, Catford JA, Cerabolini BEL, Chacón-Madrigal E, Ciccarelli D, Cornelissen JHC, Dang-Le AT, de Frutos A, Dias AS, Giroldo AB, Guo K, Gutiérrez AG, Hattingh W, He T, Hietz P, Hough-Snee N, Jansen S, Kattge J, Klein T, Komac B, Kraft NJB, Kramer K, Lavorel S, Lusk CH, Martin AR, Mencuccini M, Michaletz ST, Minden V, Mori AS, Niinemets Ü, Onoda Y, Peñuelas J, Pillar VD, Pisek J, Robroek BJM, Schamp B, Slot M, Sosinski ÊE, Soudzilovskaia NA, Thiffault N, van Bodegom P, van der Plas F, Wright IJ, Xu W-B, Zheng J, Enquist BJ & Svenning J-C (2022) High exposure of global tree diversity to human pressure. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 119, e2026733119. DOI: 10.1073/pnas.2026733119.

 

[22] Magneville C, Loiseau N, Albouy C, Casajus N, Claverie T, Escalas A, Leprieur F, Maire E, Mouillot D & Villéger S (2022) mFD: an R package to compute and illustrate the multiple facets of functional diversity. Ecography, 44, 1–15. DOI: 10.1111/ecog.05904.

 

[21] Sabatini FM, Jiménez-Alfaro B, Jandt U, Chytry M, Field R, Kessler M, Lenoir J, Schrodt F, Wiser SK, Arfin Khan MAS, Attorre F, Cayuela L, De Sanctis M, Dengler J, Haider S, Hatim MZ, Indreica A, Jansen F, Pauchard A, Peet RK, Petrik P, Pillar VD, Sandel B, Schmidt M, Tang Z, van Bodegom P, Vassilev K, Violle C, Alvarez-Davila E, Davidar P, Dolezal J, Hérault B, Galán-de-Mera A, Jiménez J, Kambach S, Kepfer-Rojas S, Kreft H, Lezama F, Linares-Palomino R, Monteagudo Mendoza A, N'Dja JK, Phillips OL, Rivas-Torres G, Sklenár P, Speziale K, Strohbach BJ, Vásquez Martínez R, Wang H-F, Wesche K & Bruelheide H (2022) Global patterns of vascular plant alpha diversity. Nature Communications, 13, 4683. DOI: 10.1038/s41467-022-32063-z.

 

[20] Gross N, Le Bagousse-Pinguet Y, Liancourt P, Saiz H, Violle C & Munoz F (2021) Unveiling ecological assembly rules from commonalities in trait distributions. Ecology Letters, 24, 1668–1680. DOI: 10.1111/ele.13789.

 

[19] Mouillot D, Loiseau N, Grenié M, Algar AC, Allegra M, Cadotte MW, Casajus N, Denelle P, Guéguen M, Maire A, Maitner B, McGill BJ, McLean M, Mouquet N, Munoz F, Thuiller W, Villéger S, Violle C & Auber A (2021) The dimensionality and structure of species trait spaces. Ecology Letters, 24, 1988–2009. DOI: 10.1111/ele.13778.

 

[18] Murgier J, McLean M, Maire A, Mouillot D, Loiseau N, Munoz F, Violle C & Auber A (2021) Rebound in functional distinctiveness following warming and reduced fishing in the North Sea. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 288, 20201600. DOI: 10.1098/rspb.2020.1600.

 

[17] Sala E, Mayorga J, Bradley D, Cabral RB, Atwood TB, Auber A, Cheung W, Costello C, Ferretti F, Friedlander AM, Gaines SD, Garilao C, Goodell W, Halpern BS, Hinson A, Kaschner K, Kesner-Reyes K, Leprieur F, McGowan J, Morgan LE, Mouillot D, Palacios-Abrantes J, Possingham HP, Rechberger KD, Worm B & Lubchenco J (2021) Protecting the global ocean for biodiversity, food and climate. Nature, 592, 397–402. DOI: 10.1038/s41586-021-03371-z.

 

[16] Denelle P, Violle C & Munoz F (2020) Generalist plants are more competitive and more functionally similar to each other than specialist plants: insights from network analyses. Journal of Biogeography, 47, 1922–1933. DOI: 10.1111/jbi.13848.

 

[15] Grenié M, Violle C & Munoz F (2020) Is prediction of species richness from stacked species distribution models biased by habitat saturation? Ecological Indicators, 111, 105970. DOI: 10.1016/j.ecolind.2019.105970.

 

[14] Laroche F, Violle C, Taudière A & Munoz F (2020) Analyzing snapshot diversity patterns with the Neutral Theory can show functional groups' effects on community assembly. Ecology, 101, e02977. DOI: 10.1002/ecy.2977.

 

[13] Loiseau N, Mouquet N, Casajus N, Grenié M, Guéguen M, Maitner B, Mouillot D, Ostling A, Renaud J, Tucker C, Velez L, Thuiller W & Violle C (2020) Global distribution and conservation status of ecologically rare mammal and bird species. Nature Communications, 11, 5071. DOI: 10.1038/s41467-020-18779-w.

 

[12] Mahaut L, Cheptou P-O, Fried G, Munoz F, Storkey J, Vasseur F, Violle C & Bretagnolle V (2020) Weeds: Against the rules? Trends in Plant Science, 25, 1107–1116. DOI: 10.1016/j.tplants.2020.05.013.

 

[11] Mahaut L, Fort F, Violle C & Freschet GT (2020) Multiple facets of diversity effects on plant productivity: Species richness, functional diversity, species identity and intraspecific competition. Functional Ecology, 34, 287–298. DOI: 10.1111/1365-2435.13473.

 

[10] Thuiller W, Gravel D, Ficetola GF, Lavergne S, Münkemüller T, Pollock LJ, Zimmermann NE & Mazel F (2020) Productivity begets less phylogenetic diversity but higher uniqueness than expected. Journal of Biogeography, 47, 44–58. DOI: 10.1111/jbi.13630.

 

[09] Denelle P, Violle C & Munoz F (2019) Distinguishing the signatures of local environmental filtering and regional trait range limits in the study of trait–environment relationships. Oikos, 128, 960–971. DOI: 10.1111/oik.05851.

 

[08] Enquist BJ, Feng X, Boyle B, Maitner BS, Newman EA, Jorgensen PM, Roehrdanz PR, Thiers BM, Burger JR, Corlett RT, Couvreur TLP, Dauby G, Donoghue JC, Foden W, Lovett JC, Marquet PA, Merow C, Midgley G, Morueta-Holme N, Neves DM, Oliveira-Filho AT, Kraft NJB, Park DS, Peet RK, Pillet M, Serra-Diaz JM, Sandel B, Schildhauer MP, Símová I, Violle C, Wieringa JJ, Wiser SK, Hannah L, Svenning J-C & McGill BJ (2019) The commonness of rarity: Global and future distribution of rarity across land plants. Science Advances, 5, eaaz0414. DOI: 10.1126/sciadv.aaz0414.

 

[07] McLean M, Auber A, Graham NAJ, Houk P, Villéger S, Violle C, Thuiller W, Wilson SK & Mouillot D (2019) Trait structure and redundancy determine sensitivity to disturbance in marine fish communities. Global Change Biology, 25, 3424–3437. DOI: 10.1111/gcb.14662.

 

[06] Echeverría-Londoño S, Enquist BJ, Neves DM, Violle C, Boyle B, Kraft NJB, Maitner BS, McGill BJ, Peet RK, Sandel B, Smith SA, Svenning J-C, Wiser SK & Kerkhoff AJ (2018) Plant functional diversity and the biogeography of biomes in North and South America. Frontiers in Ecology and Evolution, 6, 219. DOI: 10.3389/fevo.2018.00219.

 

[05] Grenié M, Mouillot D, Villéger S, Denelle P, Tucker CM, Munoz F & Violle C (2018) Functional rarity of coral reef fishes at the global scale: Hotspots and challenges for conservation. Biological Conservation, 226, 288–299. DOI: 10.1016/j.biocon.2018.08.011.

 

[04] Blonder B, Morrow CB, Maitner BS, Harris DJ, Lamanna C, Violle C, Enquist BJ & Kerkhoff AJ (2017) New approaches for delineating n-dimensional hypervolumes. Methods in Ecology and Evolution, 9, 305–319. DOI: 10.1111/2041-210X.12865.

 

[03] Grenié M, Denelle P, Tucker CM, Munoz F & Violle C (2017) funrar: An R package to characterize functional rarity. Diversity and Distributions, 23, 1365–1371. DOI: 10.1111/ddi.12629.

 

[02] Violle C, Thuiller W, Mouquet N, Munoz F, Kraft NJB, Cadotte MW, Livingstone SW, Grenié M & Mouillot D (2017) A common toolbox to understand, monitor or manage rarity? A response to Carmona et al. Trends in Ecology & Evolution, 32, 891–893. DOI: 10.1016/j.tree.2017.10.001.

 

[01] Violle C, Thuiller W, Mouquet N, Munoz F, Kraft NJB, Cadotte MW, Livingstone SW & Mouillot D (2017) Functional rarity: The ecology of outliers. Trends in Ecology & Evolution, 32, 356–367. DOI: 10.1016/j.tree.2017.02.002.

 

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