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[FRB-Cesab] Newsletter 5 Cesab – Juillet 2021

Programme phare de la FRB, le Cesab (Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité) est une structure de recherche au rayonnement international dont l’objectif est de mettre en œuvre des travaux innovants de synthèse et d’analyse des jeux de données déjà existants dans le domaine de la biodiversité. Deux fois par an, le Cesab publie une newsletter répertoriant les différentes actions des groupes de travail et ses événements. 

 

UN MOT DU DIRECTEUR SCIENTIFIQUE DU CESAB

 

Nous vivons une époque folle ! Le monde est en prise avec une pandémie majeure depuis plus d’un an, avec des conséquences dramatiques en termes de vies humaines et de coûts économiques. Mais paradoxalement, cette crise a réduit (temporairement) notre impact sur la planète, et pourrait donc avoir des conséquences positives sur la biodiversité. Maintenant que nos économies redémarrent, la question est de savoir ce que nous avons appris de cette crise et de ces effets secondaires sur la crise environnementale, afin de ne pas revenir au tant redouté scénario “business as usual” du GIEC !   

   

La communauté scientifique a saisi l’occasion de la crise Covid pour développer encore plus les outils d’interactions virtuelles. Les centres de synthèse ont été à l’avant-garde de cette “mutation”, car notre activité principale consiste à rassembler des scientifiques du monde entier. Nous avons dû rapidement nous adapter à la prise en charge de groupes de travail entièrement virtuels et, après un an, nous pouvons conclure que les réunions virtuelles, bien qu’elles aient constitué une passerelle pendant la pandémie, ne peuvent remplacer les réunions intenses en présentiel (Srivastava et al., 2021). Nous avons (re)découvert que la science, et en particulier la science de la synthèse, est une affaire d’interaction sociales : ces interactions directes alimentent la pensée collective et créative, nécessaire aux groupes pour travailler sur leur projet et, plus important encore, pour travailler sur l’imprévu et proposer de nouvelles idées et méthodes.  

 

Biodiversity collapse

© Graeme Mackay 

 

Pourtant, en tant que scientifiques et surtout en tant que spécialistes de l’environnement, nous devons être à l’avant-garde des changements de paradigme que nos sociétés doivent opérer pour atténuer la crise environnementale. Et un de ces changements est justement de virtualiser une partie de nos interactions afin de diminuer nos bilans carbone. Pour répondre à ce besoin, sans pour autant perdre notre capacité à créer collectivement, nous envisageons à terme de réorganiser les centres de synthèse de la biodiversité en pôles régionaux où les équipes de recherche de chaque région géographique pourraient se réunir en présentiel. Ces “hubs régionaux” assureraient une coordination virtuelle entre chaque équipe. Cela n’exclura pas la possibilité de réunir les groupes au complet sur la durée de vie d’un projet, mais pourrait réduire considérablement le nombre de voyages et donc l’impact carbone des groupes de travail de synthèse. Cette réorganisation de notre modèle prendra du temps mais cela en vaut la peine !   

   

La crise du Covid ne doit pas nous faire oublier la crise environnementale, elle doit plutôt illustrer comment l’humanité peut travailler ensemble pour résoudre une crise globale. Mais elle illustre aussi combien il est coûteux de résoudre une crise lorsque celle-ci est à son apogée. Les crises environnementales ne font que commencer. Espérons que nous paierons le prix nécessaire pour les arrêter avant que nous ne puissions plus nous le permettre …    

 

Ces six derniers mois ont été particulièrement chargés pour l’équipe et les groupes du Cesab. Cette newsletter reflète ce foisonnement et le meilleur reste encore à venir avec de nombreux nouveaux groupes qui vont commencer cette année et l’année suivante. Je tiens ici à remercier chaleureusement le personnel du Cesab et de l’ensemble de la FRB ainsi que le comité scientifique du Cesab pour le travail incroyable qu’ils ont déjà réalisé cette année ; et je remercie vivement l’ensemble de la FRB et ses fondateurs de rendre tout cela possible. Avec les 4 projets financés dans l’appel 2020 et les 2 projets financés dans notre appel conjoint France-Brésil, le Cesab accueillera 20 groupes actifs d’ici 2022. Cette dynamique positive reflète notre volonté collective de répondre au besoin de synthèse sur la biodiversité ainsi que l’incroyable qualité et maturité de la communauté scientifique sur ce thème. La synthèse nous aidera à affronter la crise de la biodiversité avant qu’elle n’atteigne son paroxysme et je suis fier, qu’à sa petite échelle, le Cesab contribue à cet objectif.  

 

Nicolas Mouquet

 

 
Appels à projets de recherche

 

AAP-FR-BR-WEB

 

En partenariat avec le Centre de synthèse brésilien sur la biodiversité et les services écosystémiques (SinBiose), la Fondation d’appui à la recherche de l’état de São Paulo (FAPESP) et le Laboratoire d’ExcellenceCEBA(Centre d’étude sur la biodiversité amazonienne), la FRB a ouvert en mai un appel à projets de recherche au travers de son Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité (Cesab), pour financer deux projets de recherche innovants portant sur la biodiversité néotropicale. Seuls les projets limités aux biomes terrestres (c’est-à-dire à l’exclusion de la biologie marine) et aux régions tropicales d’Amérique du Sud, d’Amérique centrale et/ou des Caraïbes seront considérés. Les porteurs de pré-propositions sélectionnées seront invités à soumettre un projet complet. 

 

Clôture des pré-propositions : 30 juillet 2021, 12:00 CEST

 

Formation

 

CESAB formation

 

Le Cesab de la FRB et le GdR EcoStat proposent la troisième édition de la formation « Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique ». Elle a pour objectif de former de jeunes chercheurs / chercheuses aux outils de reproductibilité, de développement logiciel et de gestion de versions (R, git, rmarkdown, tidyverse, docker, etc.) appliqués à la recherche en biodiversité.

 

Dispensée en français sur 5 jours, la formation se déroulera du 29 novembre au 3 décembre 2021 dans les locaux du Cesab à Montpellier. L’inscription s’élève à 300 €  et inclut les repas du midi. Des bourses pourront être octroyées sous conditions et les heures de formation sont créditées par 6 écoles doctorales (voir la liste des écoles sur la page de l’événement).

 

Clôture des pré-inscriptions : 31 juillet 2021, minuit (CEST)

Offre de post-doctorat

 

BRIDGE_Eric Tabacchi

 

Diversités taxonomiques et fonctionnelles des communautés végétales des corridors et lisières le long d’un gradient européen – au sein du projet FRB-Cesab Bridge

 

Lieu : FRB – Cesab, 5, rue de l’École de Médecine, 34000 MONTPELLIER
Durée : CDD (Contrat à Durée Déterminée), 18 mois
Rémunération : 2518 € brut mensuel
Date limite de réception des candidatures : 30 septembre 2021
Début du contrat : octobre 2021

 

Voir la description de l'offre

 

Les actualités du Cesab

Malgré la situation sanitaire, qui empêche les chercheurs de se rencontrer physiquement dans les locaux du Cesab à Montpellier, les groupes restent actifs et travaillent à distance. Les travaux des projets se poursuivent et plusieurs articles scientifiques ont été publiés au cours des derniers mois. Afin d’aider les groupes de travail, l’équipe du Cesab a élaboré un guide pour aider à organiser des réunions virtuelles et maintenir une dynamique scientifique à distance.

 

Les réunions en présentiel reprendront à l’automne ; 11 groupes se réuniront dans nos locaux montpellérains entre septembre et décembre 2021. Le Cesab s’agrandit ! A partir de septembre, nous pourrons accueillir plus de chercheurs et également deux  Cesabafter : des réunions complémentaires durant lesquels les groupes Afrobiodrivers et Raatd  pourront prolonger leurs travaux de recherche. 

 
 

 

Au vu de l’excellence scientifique des projets déposés, et grâce à la mobilisation d’Ittecop qui a dégagé des fonds complémentaires, deux projets (au lieu d’un) seront financés dans le cadre de cet appel:

 

> Navidiv

Infrastructures de navigation fluviale et biodiversité : impacts et opportunités pour la gestion du paysage navigable

Porteurs de projet : Alienor JELIAZKOV – INRAe (France) et Jean-Nicolas BEISEL – ENGEES/CNRS (France)

 

> Bridge

Quand corridors routiers, corridors fluviaux et bords de cultures entrent en contact : co-construction paysagère des diversités taxonomique et fonctionnelle végétales

Porteurs de projet : Eric TABACCHI – CNRS-Inee (France) et Guillaume FRIED – Anses (France)

 

Les deux projets ont démarré au printemps et sont financés sur une durée de 3 ans, chacun avec un post-doc de 18 mois. Les groupes se réuniront au Cesab pour la première fois cet automne.

 

 

AAP_CESAB_BLANC_2020

 

La FRB, au travers de son Cesab, a ouvert en 2020 un appel à projets de recherche pour financer des projets innovants de synthèse d’idées et de concepts et/ou d’analyse de données existantes, en vue d’améliorer la connaissance scientifique relative à la biodiversité et à permettre de mieux la protéger. Sur les 53 pré-propositions reçus, 11 ont été invités à soumettre une proposition complète, et 4 projets ont été sélectionnés par le comité d’évaluation de l’appel, composé des membres du comité scientifique du Cesab et d’experts internationaux :

 

> Bioshifts

Redistribution de la biodiversité : une approche macro‐ et éco‐évolutive de la vulnérabilité des espèces aux changements globaux

Porteurs de projet : Gaël GRENOUILLET – Université de Toulouse (France) et Lise COMTE – Illinois State University (USA)

 

> Blue Justice

Favoriser la résilience au changement climatique au travers d’une conservation équitable de l’Océan

Porteurs de projet : Joachim CLAUDET – CNRS (France), David GILL – Duke University (USA) et Jessica BLYTHE – Brock University (Canada)

 

 >  SynTreeSys

Synthèse de la Biodiversité des Arbres Néotropicaux grâce aux Parcelles d’Inventaire

Porteurs de projet : Jérôme CHAVE – CNRS (France) et Adriane ESQUIVEL MUELBERT – Université de Birmingham (United Kingdom)

 

> PowerBiodiv

Comprendre les dynamiques de pouvoir dans les processus participatifs en associant théorie et pratique pour améliorer la conservation de la biodiversité

Porteurs de projet  :  Juliette YOUNG (INRAe) et James BUTLER (CSIRO)

 

 Les projets débuteront leurs travaux fin 2021-début 2022.

 

AAP-FRB-CESAB-CIEE-12-2019 by Tom Fisk from Pexels
 

Le centre de synthèse canadien CIEE-ICEE a organisé avec l’aide du Cesab de la FRB, l’Ambassade de France à Vancouver et l’Université de British Columbia une conférence le mercredi 7 avril 2021.  Les panélistes comprenaient, entre autres, Bastien Mérigot (Université de Montpellier), porteur du projet FRB-Cesab / CIEE Fishglob et Isabelle Gounand (Sorbonne Université), porteur du projet FRB-Cesab / CIEE Red-Bio.

 

Bastien Merigot a donné une interview en lien avec cette conférence sur la radio nationale canadienne pour présenter les effets du changement climatique sur les écosystèmes marins. 

 

 
FRB-Joseph-Langridge
Joseph Langridge 

Joseph Langridge a intégré l’équipe FRB-Cesab en mars 2021 en tant que chargé de mission scientifique « revues systématiques et synthèses » pour développer la pratique des revues systématiques pour la recherche et pour l’aide à la décision, et pour accompagner les projets de revues systématiques. 

 

Les projets Agri-Te et Indysem, sélectionnés fin 2020, ont officiellement démarré en juin 2021, avec le recrutement de leur post-doctorants respectifs: Jonathan Bonfanti pour le projet Agri-Te, co-financé par la Fondation Agropolis, et Sylvie Campagne pour le projet Indysem.

 

Les porteurs et les post-docs des deux projets se réuniront pour la première fois du 12 au 19 juillet pour une semaine d’atelier de travail au Cesab .

 

  • Félicitations aux post-doctorants Cesab !

 

Félicitations à Bérenger Bourgois, post-doctorant au sein du projet Disco-Weed, qui vient d’être recruté en train que chercheur à l’INRAe et à Nicolas Loiseau, post-doctorant au sein du projet Free , qui vient d’être recruté au CNRS.

 

Une enquête réalisée auprès des porteurs de projets Cesab en 2020 avant montré que 85% des post-doctorants Cesab étaient toujours dans le milieu académique, et que plus de la moitié décrochait un poste permanent dans les 3 ans suivant leur post-doctorat à la FRB.

 

 

 

Nouvelles publications scientifiques

 

    • Nouvelles publications scientifiques des groupes Cesab

 

Fried G, Armengot L, Storkey J, Bourgeois B, Gaba S, Violle C & Munoz F (2021) Do ecological specialization and functional traits explain the abundance-frequency relationship? Arable weeds as a case study. Journal of Biogeography, 48, 37–50. doi: 10.1111/jbi.13980.

 

Fried G, Armengot L, Storkey J, Bourgeois B, Gaba S, Violle C & Munoz F (2021) Do ecological specialization and functional traits explain the abundance-frequency relationship? Arable weeds as a case study. Journal of Biogeography, 48, 37–50. doi: 10.1111/jbi.13980.

 

Maureaud A, Frelat R, Pécuchet L, Shackell N, Mérigot B, Pinsky ML, Amador K, Anderson SC, Arkhipkin A, Auber A, Barri I, Bell RJ, Belmaker J, Beukhof E, Camara ML, Guevara-Carrasco R, Choi J, Christensen HT, Conner J, Cubillos LA, Diadhiou HD, Edelist D, Emblemsvag M, Ernst B, Fairweather TP, Fock HO, Friedland KD, Garcia CB, Gascuel D, Gislason H, Goren M, Guitton J, Jouffre D, Hattab T, Hidalgo M, Kathena JN, Knuckey I, Kidé SO, Koen-Alonso M, Koopman M, Kulik V, León JP, Levitt-Barmats Y, Lindegren M, Llope M, Massiot-Granier F, Masski H, McLean M, Meissa B, Mérillet L, Mihneva V, Nunoo FKE, O’Driscoll R, O’Leary CA, Petrova E, Ramos JE, Refes W, Román-Marcote E, Siegstad H, Sobrino I, Sólmundsson J, Sonin O, Spies I, Steingrund P, Stephenson F, Stern N, Tserkova F, Tserpes G, Tzanatos E, van Rijn I, van Zwieten PAM, Vasilakopoulos P, Yepsen DV, Ziegler P & Thorson J (2021) Are we ready to track climate-driven shifts in marine species across international boundaries? – A global survey of scientific bottom trawl data. Global Change Biology, 27, 220–236. doi: 10.1111/gcb.15404.

 

Gross N, Le Bagousse-Pinguet Y, Liancourt P, Saiz H, Violle C & Munoz F (2021) Unveiling ecological assembly rules from commonalities in trait distributions. Ecology Letters, accepted. doi: 10.1111/ele.13789.

 

Mouillot D, Loiseau N, Grenié M, Algar AC, Allegra M, Cadotte MW, Casajus N, Denelle P, Guéguen M, Maire A, Maitner B, McGill BJ, McLean M, Mouquet N, Munoz F, Thuiller W, Villéger S, Violle C & Auber A (2021) The dimensionality and structure of species trait spaces. Ecology Letters, accepted. doi: 10.1111/ele.13778.

 

Murgier J, McLean M, Maire A, Mouillot D, Loiseau N, Munoz F, Violle C & Auber A (2021) Rebound in functional distinctiveness following warming and reduced fishing in the North Sea. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 288, 20201600. doi: 10.1098/rspb.2020.1600.

 

 

Sala E, Mayorga J, Bradley D, Cabral RB, Atwood TB, Auber A, Cheung W, Costello C, Ferretti F, Friedlander AM, Gaines SD, Garilao C, Goodell W, Halpern BS, Hinson A, Kaschner K, Kesner-Reyes K, Leprieur F, McGowan J, Morgan LE, Mouillot D, Palacios-Abrantes J, Possingham HP, Rechberger KD, Worm B & Lubchenco J (2021) Protecting the global ocean for biodiversity, food and climate. Nature, 592, 397–402. doi: 10.1038/s41586-021-03371-z.

 

 

 

Guzman LM, Trzcinski MK, Barberis IM, Céréghino R, Srivastava DS, Gilbert B, Pillar VD, de Omena PM, MacDonald AAM, Corbara B, Leroy C, Ospina Bautista F, Romero GQ, Kratina K, Debastiani VJ, Gonçalves AZ, Farjalla VF, Richardson BA, Richardson MJ, Dézerald O, Petermann J, Talaga S, Piccoli GCO, Jocqué M & Montero G (2021) Climate influences the response of community functional traits to local conditions in bromeliad invertebrate communities. Ecography, 44, 440–452. doi: 10.1111/ecog.05437.

 

Doubek JP, Anneville O, Dur G, Lewandowska AM, Patil VP, Rusak JA, Salmaso N, Seltmann CT, Straile D, Urrutia-Cordero P, Venail P, Adrian R, Alfonso MB, DeGasperi CL, de Eyto E, Feuchtmayr H, Gaiser EE, Girdner SF, Graham JL, Grossart H-P, Hejzlar J, Jacquet S, Kirillin G, Llames ME, Matsuzaki SS, Nodine ER, Piccolo MC, Pierson DC, Rimmer A, Rudstam LG, Sadro S, Swain HM, Thackeray SJ, Thiery W, Verburg P, Zohary T & Stockwell JD (2021) The extent and variability of storm-induced temperature changes in lakes measured with long-term and high-frequency data. Limnology and Oceanography, 66, 1979–1992. doi: 10.1002/lno.11739.

 

Couvreur TLP, Dauby G, Blach-Overgaard A, Deblauwe V, Dessein S, Droissart V, Hardy OJ, Harris DJ, Janssens SB, Ley AC, Mackinder BA, Sonké B, Sosef MSM, Stévart T, Svenning J-C, Wieringa JJ & Faye A (2021) Tectonics, climate and the diversification of the tropical African terrestrial flora and fauna. Biological Reviews, 96, 16–51. doi: 10.1111/brv.12644.

 

Carlot J, Kayal M, Lenihan HS, Brandl SJ, Casey JM, Adjeroud M, Cardini U, Merciere A, Espiau B, Barneche DR, Rovere A, Hédouin L & Parravicini V (2021) Juvenile corals underpin coral reef carbonate production after disturbance. Global Change Biology, 27, 2623–2632. doi: 10.1111/gcb.15610.

 

Urbina-barreto I, Garnier R, Elise S, Pinel R, Dumas P, Mahamadaly V, Facon M, Bureau S, Peignon C, Quod J-P, Dutrieux E, Penin L & Adjeroud M (2021) Which method for which purpose ? A comparison of line intercept transect and underwater photogrammetry methods for coral reef surveys. Frontier in Marine Science, 8, 636902. doi: 10.3389/fmars.2021.636902.

 

Cheikh Albassatneh M, Escudero M, Monnet A-C, Arroyo J, Baccheta G, Bagnoli F, Dimopoulos P, Hampe A, Leriche A, Médail F, Nikolic T, Ponger L, Vendramin GG & Fady B (2021) Spatial patterns of genus-level phylogenetic endemism in the tree flora of Mediterranean Europe. Diversity and Distributions, 27, 913–928. doi: 10.1111/ddi.13241.

 

Monnet A-C, Cilleros K, Médail F, Cheikh Albassatneh M, Arroyo J, Bacchetta G, Bagnoli F, Barina Z, Cartereau M, Casajus N, Dimopoulos P, Domina G, Doxa A, Escudero M, Fady B, Hampe A, Matevski V, Misfud S, Nikolic T, Pavon D, Roig A, Barea ES, Spanu I, Strid A, Vendramin GG & Leriche A (2021) WOODIV, a database of occurrences, functional traits, and phylogenetic data for all Euro-Mediterranean trees. Scientific Data, 8, 89. doi: 10.1038/s41597-021-00873-3.

 

 

    • Nouvelles publications scientifiques de l’équipe FRB-Cesab

 

Langlois J, Guilhaumon F, Bockel T, Boissery P, de Almeida Braga C, Deter J, Holon F, Marre G, Tribot A-S & Mouquet N (2021) An integrated approach to estimate aesthetic and ecological values of coralligenous reefs. Ecological Indicators, 129, 107935. doi: 10.1016/j.ecolind.2021.107935.

 

Wilson JK, Casajus N, Hutchinson RA, McFarland KP, Kerr JT, Berteaux D, Larrivée M & Prudic KL (2021) Climate change and local host availability drive the northern range boundary in the rapid expansion of a specialist insect herbivore, Papilio cresphontes. Frontiers in Ecology and Evolution, 9, 579230. doi: 10.3389/fevo.2021.579230.

 
 

 

Portrait de chercheur

 

Sabrina-GABA_NL5

Sabrina Gaba, porteuse du projet Disco-Weed de 2016 à 2019

 

Chercheur à INRAE, mes recherches visent à favoriser la transformation des systèmes de production agricole afin d’accroître la résilience des territoires agricoles face aux changements globaux. L’humanité a toujours dépendu des services fournis par les écosystèmes, que ce soit pour la production de nourriture, d’eau douce et de fibres, pour des avantages non matériels tels que les lieux de loisirs et d’inspiration et pour des avantages obtenus par la régulation des processus écosystémiques, tels que la régulation du climat. Le modèle agricole issu de l’après-guerre repose sur une maximisation d’un service écosystémique, la production agricole. Ce mode de gestion a rendu les socio-écosystèmes agricoles vulnérables aux perturbations et incertitudes de nature abiotique (évènements climatiques), biotique (épidémies) ou encore économique (volatilité des prix). C’est pourquoi mes recherches explorent comment les êtres humains peuvent interagir avec leur environnement d’une manière plus durable grâce à des acquisitions de connaissances mais également grâce à des actions conduites en partenariat avec les acteurs du territoire agricole.

 

Le projet FRB-Cesab Disco-Weed a été l’opportunité de réunir un consortium interdisciplinaire pour produire des connaissances essentielles pour repenser la gestion des plantes adventices. Pourquoi « repenser » la gestion des plantes adventices ? Les plantes adventices sont toutes les plantes sauvages des milieux agricoles. Parmi les plus emblématiques, le coquelicot, le bleuet mais aussi le chardon, ou la folle avoine. Ces plantes fournissent des ressources à de nombreux organismes des milieux agricoles : des graines pour les insectes et oiseaux granivores, du pollen et du nectar pour les pollinisateurs, de la biomasse végétale pour des herbivores et même des ressources pour les microorganismes des sols. Elles participent ainsi au maintien de la biodiversité dans les paysages agricoles, …. mais elles peuvent également induire des pertes de rendement. En effet, elles utilisent les mêmes ressources (eau, azote, lumière) que les plantes de cultures exerçant une compétition pour ces ressources. C’est pourquoi ces plantes ont mauvaise réputation comme le souligne le nom qui leur est régulièrement donné : « mauvaises herbes » ; et qu’elles sont intensivement gérées pour réduire l’intensité de la compétition pour les ressources. Ces modes de gestion reposent largement sur l’utilisation de traitements herbicides, qui ont eux-aussi mauvaise réputation. Cocasse, non ?

 

Dans le cadre du projet DiscoWeed, notre consortium a donc cherché à comprendre : comment réduire l’usage d’herbicides ou l’intensité de désherbage mécanique, et ainsi réduire la pression sur l’environnement tout en préservant les rendements agricoles et la diversité adventice ? Le Cesab a été une belle opportunité de croiser les connaissances et compétences d’écologues, d’agronomes, de statisticiens, de chercheurs de terrain et de chercheurs mobilisant des approches conceptuelles, de rassembler des jeux de données exceptionnels et avec le travail de Bérenger Bourgeois, l’excellent post-doctorant du projet nous avons pu produire des résultats sur le rôle crucial des plantes adventices dans le fonctionnement de l’écosystème agricole, les processus sous-jacents de cette diversité à plusieurs échelles de temps et d’espace, et les pistes de gestion permettant de concilier production, performance économique et biodiversité !

 
 
 
 
 
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