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[FRB-Cesab] Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique – 2020

Versioning, reproductibilité, conteneurisation et partage

[FRB-Cesab] Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique – 2020

Le Cesab de la FRB et le GDR EcoStat proposent la seconde édition de la formation « Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique ». Cette formation de cinq jours a pour objectif de former de jeunes chercheurs / chercheuses aux outils de reproductibilité, de développement logiciel et de gestion de versions (e.g. R, git, markdown, tidyverse, docker) appliqués à la recherche en biodiversité.

 

La formation, dispensée en français, se déroulera du 2 au 6 novembre 2020. Les frais d’inscription s’élèvent à 100 € pour la semaine et serviront à indemniser les intervenants. Les étudiant(e)s appartenant aux laboratoires membres du GDR EcoStat peuvent solliciter une aide financière de la part du GDR.

 

En raison des conditions sanitaires imposées par la pandémie de SARS-CoV-2, l’édition 2020 de cette formation se déroulera en distanciel.

 

Liste des intervenants (par ordre alphabétique) :

  • Nicolas CASAJUS (FRB-Cesab)
  • Stéphane DRAY (CNRS LBBE)
  • Olivier GIMENEZ (CNRS Cefe)
  • François GUILHAUMON (IRD Marbec)
  • Nina SCHIETTEKATTE (EPHE Criobe)

 

informations pratiques

2-6 novembre 2020

 

La formation se tiendra en visio-conférence.

Contact 

 

Nicolas CASAJUS 

FicheMail

Programme
Lundi 2 Novembre 2020
09h00 – 11h00 : Accueil et présentation de la semaine
11h00 – 12h30 : Science ouverte et Recherche reproductible
14h00 – 17h30 : Gestion des versions et partage (git, GitHub, GitLab, etc.)
 
Mardi 3 Novembre 2020
09h00 – 11h30 : Research Compendium (rrtools, devtools, usethis)
11h30 – 12h30 : Programmation lettrée (Rmarkdown)
14h00 – 17h30 : Manipulation et visualisation de données (tidyverse et sf)
 
Mercredi 4 Novembre 2020
09h00 – 12h30 : Optimisation du flux de travail (drake)
14h00 – 17h30 : Conteneurisation (docker) et gestion des dépendances (renv)
 
Jeudi 5 Novembre 2020
09h00 – 12h30 : Projets en sous-groupes 
14h00 – 17h30 : Projets en sous-groupes 
 
Vendredi 6 Novembre 2020
09h00 – 12h30 : Projets en sous-groupes 
14h00 – 16h30 : Restitution des projets
co-organisateur