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[FRB-Cesab] Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique – 2020

Versioning, reproductibilité, conteneurisation et partage

[FRB-Cesab] Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique – 2020

Le Cesab de la FRB et le GDR EcoStat proposent la seconde édition de la formation « Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique ». Cette formation de cinq jours a pour objectif de former de jeunes chercheurs / chercheuses aux outils de reproductibilité, de développement logiciel et de gestion de versions (e.g. R, git, markdown, tidyverse, docker) appliqués à la recherche en biodiversité.

Les frais d’inscription s’élèvent à 100 € pour la semaine et serviront à indemniser les intervenants. Les étudiant(e)s appartenant aux laboratoires membres du GDR EcoStat peuvent solliciter une aide financière de la part du GDR.

 

La formation, dispensée en français, s’est déroulée du 2 au 6 novembre 2020

 

Vous pouvez accéder à la présentation de la formation ainsi qu’aux codes R

 

Liste des intervenants (par ordre alphabétique) :

  • Nicolas CASAJUS (FRB-Cesab)
  • Stéphane DRAY (CNRS LBBE)
  • Olivier GIMENEZ (CNRS Cefe)
  • François GUILHAUMON (IRD Marbec)
  • Nina SCHIETTEKATTE (EPHE Criobe)

 

informations pratiques

2-6 novembre 2020

 

La formation s’est tenue en distanciel.

Contact 

 

Nicolas CASAJUS 

FicheMail

Programme
Lundi 2 Novembre 2020
09h00 – 11h00 : Accueil et présentation de la semaine
11h00 – 12h30 : Science ouverte et Recherche reproductible
14h00 – 17h30 : Gestion des versions et partage (git, GitHub, GitLab, etc.)
 
Mardi 3 Novembre 2020
09h00 – 11h30 : Research Compendium (rrtools, devtools, usethis)
11h30 – 12h30 : Programmation lettrée (Rmarkdown)
14h00 – 17h30 : Manipulation et visualisation de données (tidyverse et sf)
 
Mercredi 4 Novembre 2020
09h00 – 12h30 : Optimisation du flux de travail (drake)
14h00 – 17h30 : Conteneurisation (docker) et gestion des dépendances (renv)
 
Jeudi 5 Novembre 2020
09h00 – 12h30 : Projets en sous-groupes 
14h00 – 17h30 : Projets en sous-groupes 
 
Vendredi 6 Novembre 2020
09h00 – 12h30 : Projets en sous-groupes 
14h00 – 16h30 : Restitution des projets
co-organisateur
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