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Newsletter Cesab – Juillet 2020

Programme phare de la FRB, le Cesab (Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité) est une structure de recherche au rayonnement international dont l’objectif est de mettre en œuvre des travaux innovants de synthèse et d’analyse des jeux de données déjà existants dans le domaine de la biodiversité. Deux fois par an, le Cesab publie une newsletter répertoriant les différentes actions des groupes de travail et ses événements. 

 

UN MOT DU DIRECTEUR SCIENTIFIQUE DU CESAB

 

FRB Cesab Nicolas MouquetNicolas Mouquet

 

Nous avons tous été touchés par la pandémie de Covid-19. Même s’il est trop tôt pour déchiffrer les conditions qui ont déclenché l’émergence du coronavirus, elle est, comme d’autres grandes épidémies, liée à la crise environnementale que nous vivons aujourd’hui. 

 

La prévention aurait pu être possible mais nous avons pourtant attendu l’apparition de la crise pour agir. La prévention devrait pourtant être à la base de nos comportements collectifs : la prévention et non la peur ! La prévention demande que nous prenions le temps de comprendre le monde qui nous entoure et de synthétiser des informations complexes en un savoir collectif utile. Ce qui est vrai pour les pandémies l’est aussi pour la crise actuelle de la biodiversité. Le besoin de synthèse n’a jamais été aussi fort, la synthèse est le seul moyen d’alimenter notre action collective. Mais le temps de la synthèse est bien plus long que celui de l’apparition des crises. La synthèse doit avoir lieu bien en amont !

 

Edward O. Wilson a dit un jour que le monde serait dirigé par “des synthétiseurs, des personnes capables de rassembler les bonnes informations au bon moment, d’y réfléchir de manière critique et de faire des choix importants avec sagesse”. Pour une fois, il avait tort, le monde n’est pas dirigé par des synthétiseurs, il est dirigé par des acteurs qui fondent leurs actions sur des informations incomplètes, sont en retard sur leur temps, ne réfléchissent pas de manière critique et ne semblent pas toujours faire des choix judicieux ! C’est pourquoi, aujourd’hui, nous avons plus que jamais besoin de synthétiseurs, et pourtant je ne vois pas beaucoup d’efforts collectifs pour soutenir la synthèse dans l’agenda des agences de financement de la recherche. À notre très petite échelle, les centres de synthèse, tels que le Cesab, tentent de promouvoir l’art de la synthèse dans les sciences de la biodiversité, mais le niveau de financement que nous recevons est inversement proportionnel à l’importance de notre mission.

 

Après chaque crise, nous entendons des voix dire que “le monde ne sera plus jamais le même”. Ce n’est pas vrai, une simple synthèse des crises du XXe siècle montre un schéma exactement inverse. Cependant, cela ne signifie pas que nous devons baisser les bras, mais plutôt que nous devons comprendre pour nous souvenir : nous devons synthétiser !”

 

Nicolas Mouquet, 

P.S. : n’hésitez pas à inviter vos collègues à s’inscrire à notre newsletter et à la partager !

 

 

LES ACTUALITÉS DU CESAB 

 

    • Des appels à projets ouverts

 

> FRB-Cesab / Ittecop : Approche territoriale de la biodiversité : infrastructures de transport, milieux naturels et agricoles

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En partenariat avec le programme Ittecop, la FRB appelle la communauté scientifique à soumettre à son Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité (Cesab) des projets fondés sur l’analyse et la synthèse de données existantes, sur la thématique “Approche territoriale de la biodiversité : infrastructures de transport, milieux naturels et agricoles” à l’échelle géographique européenne

Les projets feront appel à l’analyse de larges jeux de données pour, entre autres :  

  • Évaluer les impacts de ces infrastructures sur la biodiversité (génétique, spécifique, fonctionnelle et écosystémique), tous les groupes taxonomiques étant potentiellement concernés ; 
  • Déterminer comment la conception des infrastructures peut impacter les différentes facettes de la biodiversité ; 
  • Évaluer comment la gestion des infrastructures et de leur partie “naturalisée” peut influencer ces impacts ; 
  • Identifier et analyser les facteurs économiques, socio-techniques et politiques  qui contribuent au déploiement de ces infrastructures et leur degré de prise en compte de la biodiversité.

 

Clôture de l’appel : 16 juillet 2020, 13:00 CEST

 

> FRB-Cesab : Revues systématiques

cesab-aap-revue-systematique

 

Au travers de son Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité (Cesab), la FRB finance deux projets, avec des post-doctorats allant jusqu’à 18 mois, pour réaliser un travail de revue systématique, mobilisant cartographie systématique, évaluation critique et synthèse narrative du corpus de textes sélectionnés, en vue de la rédaction d’articles de synthèse destiné à des revues scientifiques internationales.

  • Thème 1 État et devenir de la biodiversité marine à l’heure des changements globaux 
  • Thème 2, en partenariat avec la Fondation Agropolis : Des solutions pour la transition agro-écologique qui préservent la biodiversité

 

Clôture de l’appel : 1er septembre 2020, 16:00 CEST

 

 

    • Une formation 

 

> Du 2 au 6 novembre 2020 – Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique

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Le Cesab de la FRB et le GDR EcoStat proposent la seconde édition de la formation « Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique ». Cette formation de cinq jours a pour objectif de former de jeunes chercheurs / chercheuses aux outils de reproductibilité, de développement logiciel et de gestion de versions (e.g. R, git, markdown, tidyverse, docker) appliqués à la recherche en biodiversité.

La formation, dispensée en français, se déroulera du 2 au 6 novembre 2020 dans les locaux du Cesab à Montpellier.

 

Clôture des pré-inscriptions : 17 juillet 2020, minuit CEST

 

 

  • Ça s’est passé au premier semestre 

 

> Clôture de l’appel à projet FRB-Cesab / France Filière Pêche

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Lancé en partenariat avec France Filière Pêche, le Cesab de la FRB a clos l’appel à projets basés sur l’analyse et la synthèse de données existantes, ainsi que la modélisation des effets des changements climatiques sur la biodiversité des stocks halieutiques européens et les pêcheries associées (Atlantique nord-est et Méditerranée).

Les pré-propositions de projets sont actuellement en cours d’évaluation. Le projet sélectionné pourra contribuer à mieux comprendre la réponse de la biodiversité des ressources halieutiques et des pêcheries dans le contexte des  changements climatiques, pour aider à mettre en place des mesures de gestion des pêches adaptative. 

 

> Comité scientifique du Cesab

 

Jean-François Guégan quitte le comité scientifique du Cesab. Il a fait partie de notre comité scientifique pendant près de 5 ans et nous voulons collectivement le remercier pour son travail incroyable, qui a permis d’alimenter le Cesab. Sa contribution va bien au-delà de ce que l’on attend habituellement d’un membre d’un comité scientifique et, même encore aujourd’hui, il nous aide à promouvoir le Cesab. Merci Jean-François !

 

 

LES GROUPES DE TRAVAIL CESAB

 

    • Nouvelles publications scientifiques, groupe par groupe

 

Bourgeois B, Gaba S, Plumejeaud C & Bretagnolle V (2020) Weed diversity is driven by complex interplay between multi-scale dispersal and local filtering. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, accepted.

 

Gaba S, Cheviron N, Perrot T, Piutti S, Gautier J-L & Bretagnolle V (2020) Weeds enhance multifunctionality in arable lands in South-West of France. Frontiers in Sustainable Food Systems, 4, 71. doi: 10.3389/fsufs.2020.00071.

 

Mahaut L, Cheptou P-O, Fried G, Munoz F, Storkey J, Vasseur F, Violle C & Bretagnolle V (2020) Weeds: against the rules? Trends in Plant Science, accepted.

 

Munoz F, Fried G, Armengot L, Bourgeois B, Bretagnolle V, Chadoeuf J, Mahaut L, Plumejeaud C, Storkey J, Violle C & Gaba S (2020) Ecological specialization and rarity of arable weeds: insights from a comprehensible survey in France. Plants, accepted.

 

Thuiller W, Gravel D, Ficetola GF, Lavergne S, Münkemüller T, Pollock LJ, Zimmermann NE & Mazel F (2020) Productivity begets less phylogenetic diversity but higher uniqueness than expected. Journal of Biogeography, 47, 44–58. doi: 10.1111/jbi.13630.

 

Marino NAC, Céréghino R, Gilbert B, Petermann J, Srivastava DS, de Omena PM, Ospina Bautista F, Farjalla VF, Guzman LM, Romero GQ, Trzcinski MK, Barberis IM, Corbara B, Debastiani VJ, Dézerald O, Kratina K, Leroy C, MacDonald AAM, Montero G, Pillar VD, Richardson BA, Richardson MJ, Talaga S, Gonçalves AZ, Piccoli GCO & Jocqué M (2020) Species niches, not traits, determine abundance and occupancy patterns: A multi-site synthesis. Global Ecology and Biogeography, 29, 295–308. doi: 10.1111/geb.13029.

 

Yancovitch H, Blowes S, Friedlander AM, Mellin C, Leite Ferreira C, Arias-Gonzalez J, Kulbicki M, Floeter SR, Chabanet P, Parravicini V & Belmaker J (2020) A closer examination of the ‘abundant center’ hypothesis for reef fishes. Journal of Biogeography, accepted.

 

Stockwell JD, Doubek JP, Adrian R, Anneville O, Carey CC, Carvalho L, De Senerpont Domis LN, Dur G, Frassl MA, Grossart H, Ibelings BW, Lajeunesse MJ, Lewandowska AM, Llames ME, Matsuzaki SS, Nodine ER, Noges P, Patil VP, Pomati F, Rinke K, Rudstam LG, Rusak JA, Salmaso N, Seltmann CT, Straile D, Thackeray SJ, Thiery W, Urrutia‐Cordero P, Venail P, Verburg P, Woolway RI, Zohary T, Andersen MR, Bhattacharya R, Hejzlar J, Janatian N, Kpodonu ATNK, Williamson TJ & Wilson HL (2020) Storm impacts on phytoplankton community dynamics in lakes. Global Change Biology, 26, 2756–2784. doi: 10.1111/gcb.15033.

 

 

Coolsaet B, Dawson N, Rabitz F & Lovera S (2020) Access and allocation in global biodiversity governance: a review. International Environmental Agreements: Politics, Law and Economics, accepted. doi: 10.1007/s10784-020-09476-6.

 

Pellissier V, Schmucki R, Pe’er G, Aunins A, Brereton TM, Brotons L, Carnicer J, Chodkiewicz T, Chylarecki P, del Moral JC, Escandell V, Evans D, Foppen R, Harpke A, Heliölä J, Herrando S, Kuussaari M, Kühn E, Lehikoinen A, Lindström A, Moshoj CM, Musche M, Noble D, Oliver TH, Reif J, Richard D, Roy DB, Schweiger O, Settele J, Stefanescu C, Teufelbauer N, Touroult J, Trautmann S, van Strien AJ, Swaay CAM, Turnhout C, Vermouzek Z, Vorísek P, Jiguet F & Julliard R (2020) Effects of Natura 2000 on nontarget bird and butterfly species based on citizen science data. Conservation Biology34, 666–676. doi: 10.1111/cobi.13434.

 

Hindell MA, Reisinger RR, Ropert-Coudert Y, Hückstädt LA, Trathan PN, Bornemann H, Charrassin J-B, Chown SL, Costa DP, Danis B, Lea M-A, Thompson D, Torres LG, Van de Putte AP, Alderman R, Andrews-Goff V, Arthur B, Ballard G, Bengtson J, Bester MN, Blix AS, Boehme L, Bost C-A, Boveng P, Cleeland J, Constantine R, Corney S, Crawford RJM, Dalla Rosa L, de Bruyn PJN, Delord K, Descamps S, Double M, Emmerson L, Fedak M, Friedlaender A, Gales N, Goebel ME, Goetz KT, Guinet C, Goldsworthy SD, Harcourt R, Hinke JT, Jerosch K, Kato A, Kerry KR, Kirkwood R, Kooyman GL, Kovacs KM, Lawton K, Lowther AD, Lydersen C, Lyver PO, Makhado AB, Márquez MEI, McDonald BI, McMahon CR, Muelbert M, Nachtsheim D, Nicholls KW, Nordoy ES, Olmastroni S, Phillips RA, Pistorius PA, Plötz J, Pütz K, Ratcliffe N, Ryan PG, Santos M, Southwell C, Staniland IJ, Takahashi A, Tarroux A, Trivelpiece W, Wakefield E, Weimerskirch H, Wienecke B, Xavier JC, Wotherspoon S, Jonsen ID & Raymond B (2020) Tracking of marine predators to protect Southern Ocean ecosystems. Nature, 580, 87–92. doi: 10.1038/s41586-020-2126-y.

 

Ropert-Coudert Y, Van de Putte AP, Reisinger RR, Bornemann H, Charrassin J-B, Costa DP, Danis B, Hückstädt LA, Jonsen ID, Lea M-A, Thompson D, Torres LG, Trathan PN, Wotherspoon S, Ainley DG, Alderman R, Andrews-Goff V, Arthur B, Ballard G, Bengtson J, Bester MN, Blix AS, Boehme L, Bost C-A, Boveng P, Cleeland J, Constantine R, Crawford RJM, Dalla Rosa L, de Bruyn PJN, Delord K, Descamps S, Double M, Emmerson L, Fedak M, Friedlaender A, Gales N, Goebel ME, Goetz KT, Guinet C, Goldsworthy SD, Harcourt R, Hinke JT, Jerosch K, Kato A, Kerry KR, Kirkwood R, Kooyman GL, Kovacs KM, Lawton K, Lowther AD, Lydersen C, Lyver PO, Makhado AB, Márquez MEI, McDonald BI, McMahon CR, Muelbert M, Nachtsheim D, Nicholls KW, Nordoy ES, Olmastroni S, Phillips RA, Pistorius PA, Plötz J, Pütz K, Ratcliffe N, Ryan PG, Santos M, Southwell C, Staniland IJ, Takahashi A, Tarroux A, Trivelpiece W, Wakefield E, Weimerskirch H, Wienecke B, Xavier JC, Raymond B & Hindell MA (2020) The retrospective analysis of Antarctic tracking data project. Nature Scientific Data, 7, 94. doi: 10.1038/s41597-020-0406-x.

 

 

Dagallier LM, Janssens SB, Dauby G, Blach-Overgaard A, MacKinder BA, Droissart V, Svenning J-C, Sosef MSM, Stévart T, Harris DJ, Sonké B, Wieringa JJ, Hardy OJ & Couvreur TLP (2020) Cradles and museums of generic plant diversity across tropical Africa. New Phytologist, 225, 2196–2213. doi: 10.1111/nph.16293.

 

Albassatneh MC, Escudero M, Ponger L, Monnet A-C, Arroyo J, Nikolic T, Bacchetta G, Bagnoli F, Dimopoulos P, Leriche A, Médail F, Roig A, Spanu I, Vendramin GG, Hampe A & Fady B (2020) A comprehensive, genus-level time-calibrated phylogeny of the tree flora of Mediterranean Europe and an assessment of its vulnerability. Botany Letters, 167, 276–289. doi: 10.1080/23818107.2019.1684360.

 
 
 
 
 
    • Les actualités des groupes en cours

 

> Réorganisation de l’agenda des groupes 

 

Suite à la demande du gouvernement concernant la situation sanitaire, toutes les réunions des groupes Cesab prévues ce printemps ont été annulées et reportées à l’automne. Les groupes ont pu continuer à travailler sur leurs projets à distance.

 

> Six nouveaux projets rejoignent le Cesab de la FRB 

 

Ils ont été sélectionnés début 2020, à partir de trois appels conjoints différents.

 

 

Projet Intraco : Démêler le rôle de la variabilité intraspécifique dans la coexistence des espèces d’arbres en forêt tropicale
Porteurs de projet : Ghislain Vieilledent – Cirad Amap Montpellier (France), Isabelle Marechaux – Inrae Amap Montpellier (France)

 

Projet Unicop : Unification de la théorie moderne de la coexistence et de l’équation des prix
Porteurs de projet : Bradley A. Duthie – Université de Stirling (Royaume-Uni), Sébastien Lion – Cefe CNRS Montpellier (France)

 

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Projet Red-Bio : Paysages de ressources dynamiques, rétroactions éco-évolutives et émergence de méta-réseaux trophiques
Porteurs de projet : Eric Harvey – Université de Montréal (Canada), Isabelle Gounand – Institut d’écologie et des sciences de l’environnement de Paris (France)

 

Projet Fishglob : La biodiversité des poissons dans un contexte de changement global – une évaluation mondiale à partir des relevés scientifiques au chalut
Porteurs de projet : Maria Lourdes D. Palomares – University of British Columbia (Canada), Bastien Merigot – Université de Montpellier (France)

 

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Cesabatic Fempa, février/mars 2021 : L’écologie fonctionnelle pour évaluer les aires marines protégées pélagiques
Chercheuse : Jessica Meeuwig – University of Western Australia (Australia)
Co-porteur Cemeb : David Mouillot – Université de Montpellier (France)

 

Cesabatic Islets, mai/juin 2021 : Syndrome insulaire des traits foliaires
Chercheuse : Kasey Barton – University of Hawaii (USA).
Co-porteur Cemeb : Claire Fortunel – UMR Amap, Cirad Monptellier (France)

 

 

Retrouvez l'intégralité des projets Cesab

 

 

    • Calendrier prévisionnel du 2nd semestre 2020

 

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L’EFFET LEVIER DU CESAB

 

L’équipe du Cesab de la FRB a réalisé une enquête auprès des porteurs de projets Cesab terminés afin de mesurer l’impact du passage au Centre sur l’obtention de nouveaux financements et sur les perspectives professionnelles des chercheurs.

 

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Tous ces éléments, s’agissant tant des nouvelles sources de financements mobilisées, que des retombées des résultats, de la continuité des travaux dans le temps, ou des évolutions et opportunités de carrières des chercheurs, sont des gages de la qualité des bases de données construites et analysées au Cesab. Ils sont également la reconnaissance de l’excellence scientifique des travaux qui y sont menés.

 

On peut donc véritablement parler d’un « effet levier » du Cesab, tant pour ses acteurs scientifiques (membres de tous les groupes financés), que pour ses acteurs financiers qui se voient garantir à la fois une visibilité sur le long terme et la participation à une production scientifique nombreuse et de qualité.

 

PORTRAIT DE CHERCHEUR

 

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Valeriano Parravicini, post-doctorant du groupe Gaspar, fini en 2014,

et actuellement porteur du projet Score-Reef, débuté en 2019

 

J’ai été engagé comme post-doctorant pour travailler sur le projet Gaspar, financé par le Cesab de la FRB, et accompagner Michel Kulbicki (IRD, Entropie), le porteur du projet. C’était la première fois que je faisais partie d’un groupe aussi important et rassemblant autant de scientifiques d’excellence. J’ai bénéficié d’un soutien extraordinaire au sein du groupe. Grâce au porteur de projet et aux membres de l’équipe travaillant dans différents domaines scientifiques, j’ai pu beaucoup apprendre et considérablement améliorer mon CV. Durant le projet Gaspar nous avons construit deux grandes bases de données : la première sur la répartition mondiale de plus de 6 000 espèces de poissons de récif et la seconde sur les principales caractéristiques écologiques (par exemple la taille, le régime alimentaire) pour les mêmes espèces de poisson.

 

Les centres de synthèse tels que le Cesab sont essentiels pour la recherche en écologie car ils permettent aux chercheurs de prendre le temps de partager leurs données avec leurs pairs et de se soutenir dans l’analyse de ces données. Travailler avec le groupe Gaspar est l’une des expériences les plus passionnantes et enrichissantes de ma vie professionnelle. Au cours de cette période, nous avons mené de nouvelles recherches qui ont été publiées dans plusieurs grandes revues scientifiques, notamment Science, Pnas, Ecology Letters et d’autres. Nous avons publié plus de 20 articles scientifiques, contribuant de manière significative à la compréhension de l’écologie fonctionnelle et de la biogéographie des récifs coralliens. Peu après l’achèvement du projet Gaspar, j’ai obtenu un poste permanent à l’EPHE (École pratique des hautes études), basé au Criobe (Perpignan). Je suis maintenant le porteur de projet d’un autre projet Cesab : Score-Reef, et j’espère que ce projet sera un succès comme ce fut le cas pour Gaspar. 

 

  • Le projet Gaspar a étudié les mécanismes qui permettent l’adaptation d’une espèce à un nouvel environnement, dans le contexte d’une invasion biologique et de l’adaptation des espèces aux changements climatiques et globaux, en utilisant comme modèle les espèces de poissons de récifs coralliens. Le groupe a publié 27 publications scientifiques au total, dont 14 après la fin du financement du Cesab. Gaspar a obtenu un total de 3 400 k€, pour 6 financements différents au cours et à la suite du projet.

 

  • Le projet Score-Reef a lui débuté en 2019 ; il est cofinancé par l’Office français de la biodiversité (OFB) et vise à étudier la variabilité spatio-temporelle des récifs coralliens à l’échelle mondiale.

 

À PROPOS DU CESAB

 

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Informations pratiques

Pour tout savoir sur le Cesab :

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