fermer
retour en haut de la page
Événements
Accueil > Événements > [FRB-Cesab] Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique – 2021
novembre 2021  I  Formation  I  Cesab  I  Autres sujets

[FRB-Cesab] Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique – 2021

Versioning, reproductibilité, compendium et conteneurisation

[FRB-Cesab] Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique – 2021
Le Cesab de la FRB et le GdR EcoStat proposent la troisième édition de la formation « Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique ». Cette formation de cinq jours a pour objectif de former de jeunes chercheurs / chercheuses aux outils de reproductibilité, de développement logiciel et de gestion de versions (R, git, markdown, tidyverse, docker) appliqués à la recherche en biodiversité.
 

Cette formation, dispensée en français, se déroulera du 29 novembre au 3 décembre 2021 dans les locaux du Cesab à Montpellier. Son prix s’élèvera à 300 € pour la semaine et inclura les repas du midi. Les frais de transport, d’hébergement et les repas du soir seront à la charge des participant(e)s. Des bourses pourront être octroyées à certains participants (d’un montant n’excédant pas le prix d’inscription) : une bourse de la part de la FRB et une bourse du GdR EcoStat (pour les étudiants appartenant à un laboratoire membre du GdR).

 

La formation peut être créditante pour les étudiants inscrits au doctorat dans les écoles doctorales suivantes :          

  • GAIA (Montpellier)
  • EGAAL (Rennes)
  • ABIES (Paris)
  • Sciences et agrosciences (Avignon)
  • SEVAB (Toulouse) 
  • Sciences de l’environnement (Aix en Provence)
 
Liste des intervenants (par ordre alphabétique) :
  • Nicolas CASAJUS (FRB-Cesab)
  • Stéphane DRAY (CNRS LBBE)
  • Olivier GIMENEZ (CNRS Cefe)
  • Loreleï GUÉRY (Cirad Phim)
  • François GUILHAUMON (IRD Marbec)
  • Nina SCHIETTEKATTE (EPHE Criobe)
INFORMATIONS PRATIQUES

29 nov. au 3 déc. 2021

 

• Ouverture des pré-inscriptions

17 juin 2021

 

• Clôture des pré-inscriptions

31 juillet 2021, minuit (CEST)

CESAB – FRB

5, rue de l’École de médecine

34000 Montpellier

 

Contact

 

Nicolas CASAJUS 

FicheMail

Programme
Lundi 29 novembre 2021
  • Accueil et présentation de la semaine
  • Science ouverte et Recherche reproductible
  • Research Compendium
  • Gestion des versions et partage (git, GitHub, etc.)
 
Mardi 30 novembre 2021
  • Manipulation et visualisation de données (tidyverse et ggplot2)
  • Programmation lettrée (Rmarkdown)
 
Mercredi 1er décembre 2021
  • Optimisation du flux de travail (drake)
  • Reproductibilité avancée : conteneurisation (docker), package R
 
Jeudi 2 décembre 2021
  • Projets en sous-groupes
 
Vendredi 3 décembre 2021
  • Projets en sous-groupes
  • Restitution des projets
co-organisateur