Partager outils et bases de données

Betsi

Traits fonctionnels, biologiques et écologiques, d’invertébrés du sol. Liens espèces/facteurs environnementaux. Réponse des organismes du sol aux facteurs environnementaux et développement de bio-indicateurs

• Base de données sur les traits biologiques et écologiques des invertébrés du sol : https://portail.betsi.cnrs.fr/node/2

• T-SITA – Thésaurus pour les approches basées sur les traits des invertébrés du sol (un vocabulaire contrôlé des noms de traits des invertébrés du sol) : https://t-sita.betsi.cnrs.fr/BETSI_vizIndex.jsp

FunctionalWebs
Diversité fonctionnelle des réseaux trophiques : le lien entre écologie, physiologie et biogéographie

• Base de données de 12 traits fonctionnels de 852 taxons d’invertébrés aquatiques recueillis dans des broméliacées, du Mexique à l’Argentine : https://doi.org/10.5063/F1VD6WMF

• Collection de scripts R pour analyser la base de données FuntionalWebs : https://doi.org/10.5281/zenodo.1200194

Gaspar
Adaptation des espèces de poissons envahissantes dans un contexte de changement global: le cas des poissons de la Mer Rouge qui envahissent la Méditerrannée

• Base de données sur la présence et absence de plus de 6 300 espèces de récifs coralliens dans plus de 100 sites dans le monde entier. La base de données est accessible sur demande (contact : Valeriano Parravicini).

Irbas
Analyse et synthèse de la biodiversité des rivières intermittentes

• Base de données en ligne pour rassembler, analyser et synthétiser les données sur la biodiversité et l’écologie des rivières intermittentes dans le monde entier : http://irbas.inrae.fr/contribute-n-and-access-data/how-explore-irbas-database

RAATD
Analyse rétrospective des données de tracking de vertébrés supérieurs en Antarctique dans le but d’identifier les aires écologiquement importantes

• Base de données de suivi de plusieurs espèces de méso- et top-prédateurs antarctiques. Ces ensembles de données constituent les données de suivi compilées par un grand nombre de groupes de recherche qui ont travaillé en Antarctique depuis les années 1990 et permettent identifier les zones d’importance écologique. https://doi.org/10.4225/15/5afcb927e8162

• Collection de scripts R pour analyser la base de données RAATD : https://github.com/SCAR/RAATD

Rainbio
Dynamique de la forêt tropicale en Afrique : implications pour la conservation de la biodiversité tropical

• La méga base de données Rainbio contient des occurrences géoréférencées de haute qualité de plantes vasculaires d’Afrique tropicale subsaharienne et est la compilation de treize bases de données publiques et non publiques. La base de données contient 610 117 occurrences géoréférencées pour 25 356 espèces de plantes vasculaires et 29 659 taxons (y compris les sous-espèces et les variétés), 3 158 genres et 273 familles. http://rainbio.cesab.org/index.html#dataset

Woodiv

Origine et congruence des patrons de diversité taxonomique, phylogénétique, fonctionnelle et paléo-écologique : la biodiversité des arbres en Méditerranée européenne

• Base de données d’occurrences, de traits fonctionnels et de données phylogénétiques pour tous les arbres euro-méditerranéens : https://figshare.com/articles/dataset/WOODIV_a_database_of_occurrences_functional_traits_and_phylogenetic_data_for_all_Euro-Mediterranean_trees/13952897/2

Afrobiodrivers

Dynamique de la biodiversité africaine : interactions entre processus écologiques et actions de conservation

• popbayes : package pour déduire les tendances des populations dans le temps à partir de séries de comptages dans un cadre bayésien https://cran.r-project.org/package=popbayes

Cesab
Packages R développés par l’équipe du Cesab

• rcompendium : package pour faciliter la création de package R / compendium afin que les utilisateurs puissent se concentrer sur leurs analyses au lieu de perdre du temps à organiser les fichiers https://cran.r-project.org/web/packages/rcompendium/

• worldpa : interface R vers la base de données sur les zones protégées WDPA (World Database on Protected Areas) https://github.com/FRBCesab/worldpa

Divers

Stratégies reproductives et diversité : comment l’évolution des modes de reproduction et des traits associés affectent la diversité des plantes ?

• papierRmache : package pour aider à extraire des informations des articles scientifiques https://github.com/ajhelmstetter/papieRmache

Free
Causes et conséquences de la rareté fonctionnelle du local au global

• funrar : package R pour évalue  la rareté fonctionnelle https://cran.r-project.org/web/packages/funrar/index.html

• mFD : package pour calculer les espaces fonctionnels et les indices fonctionnels https://cran.r-project.org/package=mFD

Geisha
Évaluation à l’échelle de la planète de l’impact des tempêtes sur les habitats et la structure des assemblages phytoplanctoniques d’eau douce

• algaeClassify : package R pour déterminer les groupes fonctionnels du phytoplancton sur la base des caractéristiques fonctionnelles https://cran.r-project.org/web/packages/algaeClassify/index.html

Rainbio
Dynamique de la forêt tropicale en Afrique : implications pour la conservation de la biodiversité tropical

• ConR : package R pour une estimation multi-espèces des paramètres de l’aire de répartition géographique, pour une évaluation préliminaire de l’état de conservation selon les critères de l’IUCN https://cran.r-project.org/web/packages/ConR/index.html