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novembre 2023  I  Formation  I  Cesab  I 

[FRB-Cesab] Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique – 2023

Gestion des versions, reproductibilité, compendium et conteneurisation

[FRB-Cesab] Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique – 2023

Les pré-inscriptions pour l’édition 2023 de cette formation sont désormais closes.

Attention, le nombre de places étant limité, l’inscription finale vous sera confirmée courant septembre 2023.

 
 
Le CesabCentre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité – de la FRB et le RT EcoStat proposent la cinquième édition de la formation « Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique ». Cette formation de cinq jours a pour objectif de former de jeunes chercheurs / chercheuses aux outils de reproductibilité, de développement logiciel et de gestion de versions (Git, GitHub, R Markdown, Quarto, renv, Docker) appliqués à la recherche en biodiversité.

 

Cette formation sera dispensée en français et se déroulera du 20 novembre au 24 novembre 2023 dans les locaux du Cesab à Montpellier. Son prix est de 150 € pour la semaine – repas du midi inclus. Les frais de transport, d’hébergement et les repas du soir sont à la charge des participant(e)s.

 

 

Retrouvez la formation sur GitHub

 

 

Liste des intervenants (par ordre alphabétique) :

  • Iago BONNICI (CNRS ISEM)
  • Nicolas CASAJUS (FRB-Cesab)
  • François GUILHAUMON (IRD Entropie)
  • Aurélie SIBERCHICOT (UCBL LBBE)
INFORMATIONS PRATIQUES

20 au 24 novembre 2023

 

• Ouverture des pré-inscriptions

11 mai 2023

 

• Clôture des pré-inscriptions

12 juin 2023, minuit CEST

CESAB – FRB

5, rue de l’École de médecine

34000 Montpellier

 

Contact

 

Nicolas CASAJUS 

FicheMail

Programme
Lundi

  • Accueil et présentation de la semaine
  • Science ouverte et Recherche reproductible
  • Research compendium et bonnes pratiques
  • Gestion des versions et partage (Git, GitHub)
 
Mardi

  • Programmation lettrée (R Markdown)
  • Introduction à Quarto
  • Optimisation du flux de travail (targets)
 
Mercredi

  • Gestion des versions de package (renv)
  • Conteneurisation (Docker)
  • Développement d’un package R
 
Jeudi

  • Projets en sous-groupes
 
Vendredi

  • Projets en sous-groupes
  • Restitution des projets
co-organisateurs