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[FRB-Cesab] Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique – 2023
Évènement
Formation
Publié : 20 novembre 2023
I Mis à jour : 11 septembre 2025
[FRB-Cesab] Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique – 2023
Gestion des versions, reproductibilité, compendium et conteneurisation
![[FRB-Cesab] Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique – 2023](https://www.fondationbiodiversite.fr/wp-content/uploads/2023/04/logo-rdatatoolbox_web-2.jpg){kind=logo}
Les pré-inscriptions pour l’édition 2023 de cette formation sont désormais closes.
Attention, le nombre de places étant limité, l’inscription finale vous sera confirmée courant septembre 2023.
Le Cesab – Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité – de la FRB et le RT EcoStat proposent la cinquième édition de la formation « Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique ». Cette formation de cinq jours a pour objectif de former de jeunes chercheurs / chercheuses aux outils de reproductibilité, de développement logiciel et de gestion de versions (Git, GitHub, R Markdown, Quarto, renv, Docker) appliqués à la recherche en biodiversité.
Cette formation sera dispensée en français et se déroulera du 20 novembre au 24 novembre 2023 dans les locaux du Cesab à Montpellier. Son prix est de 150 € pour la semaine – repas du midi inclus. Les frais de transport, d’hébergement et les repas du soir sont à la charge des participant(e)s.
Retrouvez la formation sur GitHub
Liste des intervenants (par ordre alphabétique) :
- Iago BONNICI (CNRS ISEM)
- Nicolas CASAJUS (FRB-Cesab)
- François GUILHAUMON (IRD Entropie)
- Aurélie SIBERCHICOT (UCBL LBBE)
Programme
Lundi
- Accueil et présentation de la semaine
- Science ouverte et Recherche reproductible
- Research compendium et bonnes pratiques
- Gestion des versions et partage (Git, GitHub)
Mardi
- Programmation lettrée (R Markdown)
- Introduction à Quarto
- Optimisation du flux de travail (targets)
Mercredi
- Gestion des versions de package (renv)
- Conteneurisation (Docker)
- Développement d’un package R
Jeudi
- Projets en sous-groupes
Vendredi
- Projets en sous-groupes
- Restitution des projets
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