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novembre 2022  I  Formation  I  Cesab  I  Autres sujets

[FRB-Cesab] Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique – 2022

Gestion des versions, reproductibilité, compendium et conteneurisation

[FRB-Cesab] Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique – 2022
Le CesabCentre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité – de la FRB et le GdR EcoStat proposent la quatrième édition de la formation « Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique ». Cette formation de cinq jours a pour objectif de former de jeunes chercheurs / chercheuses aux outils de reproductibilité, de développement logiciel et de gestion de versions (Git, R Markdown, renv, Docker) appliqués à la recherche en biodiversité. L’IDE RStudio sera utilisée tout au long de la formation.

 

Cette formation sera dispensée en français et se déroulera du 28 novembre au 2 décembre 2022 dans les locaux du Cesab à Montpellier. Son prix est de 200 € pour la semaine – repas du midi inclus. Les frais de transport, d’hébergement et les repas du soir sont à la charge des participant(e)s.

 

Le GdR EcoStat propose une aide financière à celles et à ceux dont les fonds disponibles ne seraient pas suffisants. Ces bourses s’adressent en priorité aux doctorant.e.s et aux post-doctorant.e.s. Pour en bénéficier, le/la participant devra appartenir à un laboratoire membre du GdR. Le montant de l’aide financière octroyée dépendra du nombre de demandes. 

 

 

Retrouvez la formation sur GitHub

 

 

Liste des intervenants (par ordre alphabétique) :

  • Iago BONNICI (CNRS ISEM)
  • Nicolas CASAJUS (FRB-Cesab)
  • François GUILHAUMON (IRD Entropie)
  • Aurélie SIBERCHICOT (UCBL LBBE)
INFORMATIONS PRATIQUES

28 novembre au 2 décembre 2022

 

• Ouverture des pré-inscriptions

28 juin 2022

 

• Clôture des pré-inscriptions

26 juillet 2022, minuit CEST

CESAB – FRB

5, rue de l’École de médecine

34000 Montpellier

 

Contact

 

Nicolas CASAJUS 

FicheMail

Programme
Lundi 28 novembre 2022
  • Accueil et présentation de la semaine
  • Science ouverte et Recherche reproductible
  • Research compendium et bonnes pratiques
  • Gestion des versions et partage (Git, GitHub)
 
Mardi 29 novembre 2022
  • Programmation lettrée (R Markdown)
  • Optimisation du flux de travail (targets)
 
Mercredi 30 novembre 2022
  • Gestion des versions de package (renv)
  • Conteneurisation (Docker)
  • Développement d’un package R
 
Jeudi 1 décembre 2022
  • Projets en sous-groupes
 
Vendredi 2 décembre 2022
  • Projets en sous-groupes
  • Restitution des projets
co-organisateur