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Nos actions
Depuis 2019
Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique
Gestion des versions, reproductibilité, research compendium et conteneurisation
Cette formation de cinq jours, co-organisée avec le GDR EcoStat, a pour objectif de former de jeunes chercheur·euses aux outils de reproductibilité, de développement logiciel et de gestion de versions (Git, GitHub, Quarto, renv et Docker) appliqués à la recherche en biodiversité.
Cette formation est dispensée en français et se déroule en décembre dans les locaux du Cesab à Montpellier. Son prix est de 250 € pour la semaine – repas du midi inclus. Les frais de transport, d’hébergement et les repas du soir sont à la charge des participant·es.
Retrouvez la formation sur GitHub
Une bonne maîtrise du logiciel R est requise.
Liste des intervenant·es :
- Iago BONNICI (CNRS ISEM)
- Nicolas CASAJUS (FRB-Cesab)
- François GUILHAUMON (IRD Entropie)
- Aurélie SIBERCHICOT (UCBL LBBE)
Ancien·nes intervenant·es :
- Stéphane DRAY (CNRS LBBE)
- Olivier GIMENEZ (CNRS CEFE)
- Loreleï GUERY (CIRAD PHIM)
- Nina SCHIETTEKATTE (EPHE CRIOBE)
Exemple de programme
La formation sera axée sur des cours et des exercices pendant les trois premiers jours et demi, avec des projets en petits groupes prévus pour le dernier jour et demi.
Lundi
- Accueil et présentation de la semaine
- Science ouverte et Recherche reproductible
- Organisation de son projet et bonnes pratiques
- Gestion des versions avec git
Mardi
- Gestion des versions avec git (suite)
- Collaboration et partage avec GitHub
Mercredi
- Programmation lettrée avec Quarto
- Optimisation du flux de travail (targets)
- Développement d’un package R
Jeudi
- Gestion des versions de package (renv)
- Conteneurisation (Docker)
- Projets en sous-groupes
Vendredi
- Projets en sous-groupes (suite)
- Restitution (présentation) des projets
Historique de la formation
CO-ORGANISATEURS
