Événements

Accueil > Événements > [FRB-Cesab] Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique – 2025

décembre 2025 I Formation I Cesab I

[FRB-Cesab] Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique – 2025

Gestion des versions, reproductibilité, compendium et conteneurisation

Les pré-inscriptions sont désormais ouvertes pour la session 2025 ! Pour vous pré-inscrire, remplissez le formulaire en fin de page.

Attention, le nombre de places étant limité, les candidatures retenues seront confirmées mi-juillet.

Le Cesab – Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité – de la FRB et le GDR EcoStat proposent la septième édition de la formation « Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique ». Cette formation de cinq jours a pour objectif de former de jeunes chercheurs / chercheuses aux outils de reproductibilité, de développement logiciel et de gestion de versions (Git, GitHub, R Markdown, Quarto, renv, Docker) appliqués à la recherche en biodiversité.

Cette formation sera dispensée en français et se déroulera du 1 au 5 décembre 2025 dans les locaux du Cesab à Montpellier. Son prix est de 250 € pour la semaine – repas du midi inclus. Les frais de transport, d’hébergement et les repas du soir sont à la charge des participant(e)s.

La FRB propose 4 bourses de 250 € qui couvriront l’intégralité des frais d’inscription. Ces bourses sont destinées à soutenir les personnes ne bénéficiant d’aucun appui institutionnel (par exemple, financement de leur laboratoire, équipe de recherche, etc.) et qui ne sont pas en mesure de couvrir les frais d’inscription sur leurs fonds propres. Nous faisons pleinement confiance à chaque candidat pour évaluer sa situation et solliciter une bourse uniquement si cela s’avère nécessaire. La sélection des participants sera réalisée indépendamment des demandes de bourse. Une fois cette sélection effectuée, les bourses seront attribuées par tirage au sort parmi les personnes sélectionnées ayant exprimé un besoin d’aide financière.

Retrouvez la formation sur GitHub

Une bonne maîtrise du logiciel R est requise.

Liste des intervenant(e)s :

Iago BONNICI (CNRS ISEM)
Nicolas CASAJUS (FRB-Cesab)
François GUILHAUMON (IRD Entropie)
Aurélie SIBERCHICOT (UCBL LBBE)

INFORMATIONS PRATIQUES

Formation :

du 1 au 5 décembre 2025

Ouverture des pré-inscriptions :

2 juin 2025

Clôture des pré-inscriptions :

30 juin 2025, minuit (CEST)

Confirmation d’inscription :

mi-Juillet 2025

CESAB – FRB

5, rue de l’École de médecine

34000 Montpellier

Contact

Nicolas CASAJUS

Fiche – Mail

Prénom *

Nom *

Email *

Fonction *

Institut (organisation) *

Ville *

Domaine d'expertise *

Êtes-vous en poste permanent ? *

Avez-vous déjà candidaté à cette formation ? *

Comment avez-vous eu connaissance de cette formation ? *

Souhaitez-vous appliquer pour une bourse ? *

La FRB propose 4 bourses de 250 € qui couvriront l'intégralité des frais d'inscription. Ces bourses sont destinées à soutenir les personnes ne bénéficiant d’aucun appui institutionnel (par exemple, financement de leur laboratoire, équipe de recherche, etc.) et qui ne sont pas en mesure de couvrir les frais d’inscription sur leurs fonds propres. Nous faisons pleinement confiance à chaque candidat pour évaluer sa situation et solliciter une bourse uniquement si cela s’avère nécessaire. La sélection des participants sera réalisée indépendamment des demandes de bourse. Une fois cette sélection effectuée, les bourses seront attribuées par tirage au sort parmi les personnes sélectionnées ayant exprimé un besoin d’aide financière.

Votre niveau d'expertise

Quel est votre niveau en R ? *

Quel est votre niveau en git ? *

Quels sont vos projets de recherche actuels ? *

Qu'est-ce-que la reproductibilité pour vous ? *

Pourquoi souhaitez-vous participer à cette formation ? *

Quel projet souhaiteriez-vous mener lors des travaux en sous-groupes ? *

Avez-vous des commentaires ?

Je souhaite recevoir les informations de

FRB
Cesab (en anglais)

Phone

Des cours magistraux suivis de travaux dirigés seront dispensés les quatre premiers jours.
Lundi

Accueil et présentation de la semaine
Science ouverte et Recherche reproductible
Research compendium et bonnes pratiques
Gestion des versions avec git

Mardi

Gestion des versions avec git (suite)
Collaboration et partage avec GitHub

Mercredi

Programmation lettrée avec Quarto
Optimisation du flux de travail (targets)
Développement d’un package R

Jeudi

Gestion des versions de package (renv)
Conteneurisation (Docker)
Projets en sous-groupes

Vendredi

Projets en sous-groupes
Restitution des projets

co-organisateurs