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Formation Publié : 30 novembre 2026 I Mis à jour : 1 juin 2026

[FRB-Cesab] Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique – 2026

Outils

Gestion des versions, reproductibilité, compendium et conteneurisation

Le Cesab – Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité – de la FRB et le GDR EcoStat proposent la huitième édition de la formation « Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique ». Cette formation de cinq jours a pour objectif de former de jeunes chercheurs / chercheuses aux outils de reproductibilité, de développement logiciel et de gestion de versions (Git, GitHub, R Markdown, Quarto, renv, Docker) appliqués à la recherche en biodiversité.

Cette formation sera dispensée en français et se déroulera du 30 novembre au 4 décembre 2026 dans les locaux du Cesab à Montpellier. Son prix est de 250 € pour la semaine – repas du midi inclus. Les frais de transport, d’hébergement et les repas du soir sont à la charge des participant(e)s.

PREREQUIS : Il est recommandé d’avoir une bonne maîtrise du logiciel R pour participer à cette formation.

Retrouvez la formation sur GitHub

La FRB propose 4 bourses de 250 € qui couvriront l’intégralité des frais d’inscription. Ces bourses sont destinées à soutenir les personnes ne bénéficiant d’aucun appui institutionnel (par exemple, financement de leur laboratoire, équipe de recherche, etc.) et qui ne sont pas en mesure de couvrir les frais d’inscription sur leurs fonds propres. Nous faisons pleinement confiance à chaque candidat pour évaluer sa situation et solliciter une bourse uniquement si cela s’avère nécessaire. La sélection des participants sera réalisée indépendamment des demandes de bourse. Une fois cette sélection effectuée, les bourses seront attribuées par tirage au sort parmi les personnes sélectionnées ayant exprimé un besoin d’aide financière.

Se pré-inscrire à la formation

INTERVENANT.ES :

Iago BONNICI (CNRS ISEM)
Nicolas CASAJUS (FRB-Cesab)
François GUILHAUMON (IRD Entropie)
Aurélie SIBERCHICOT (UCBL LBBE)

INFORMATIONS PRATIQUES

• Formation :

Du 30 nov. au 4 déc. 2026

• Ouverture des pré-inscriptions :

1er juin 2026

• Clôture des pré-inscriptions :

6 juillet 2026, midi (CEST)

• Confirmation d’inscription :

mi-Juillet 2026

FRB-Cesab

5, rue de l’École de médecine

34000 Montpellier

Contact

Nicolas CASAJUS

Fiche – Mail

La formation sera axée sur des cours et des exercices pendant les trois premiers jours et demi, avec des projets en petits groupes prévus pour le dernier jour et demi.

Lundi

Accueil et présentation de la semaine
Science ouverte et Recherche reproductible
Organisation de son projet et bonnes pratiques
Gestion des versions avec git

Mardi

Gestion des versions avec git (suite)
Collaboration et partage avec GitHub

Mercredi

Programmation lettrée avec Quarto
Optimisation du flux de travail (targets)
Développement d’un package R

Jeudi

Gestion des versions de package (renv)
Conteneurisation (Docker)
Projets en sous-groupes

Vendredi

Projets en sous-groupes (suite)
Restitution (présentation) des projets

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Formation novembre 2026