Analyse de réseaux d’interactions en écologie
Réseaux d’interaction, modularité, nestedness, modèles génératifs (SBM) & réseaux multi-couches
Cette formation de cinq jours, co-organisée avec le l’ANR EcoNet a pour objectif de former de jeunes chercheur·euses à l’analyse de données de réseaux écologiques. Ce cours contient une introduction générale sur les réseaux, les métriques classiques (dont la modularité, la nestedness et le clustering), les modèles nuls, les modèles génératifs (SBM), les réseaux multi-couches, ainsi qu’un tour d’horizon de techniques plus nouvelles (comme l’embedding). Chaque thème sera exploré à travers des cours suivis de sujets pratiques.
Cette formation est dispensée en anglais et se déroule en avril dans les locaux du Cesab à Montpellier. Son prix est de 250 € pour la semaine – repas du midi inclus. Les frais de transport, d’hébergement et les repas du soir sont à la charge des participant·es.
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Une bonne maîtrise de R est requise.
Liste des intervenant·es :
- Sophie DONNET (INRAe, MIA)
- Sonia KEFI (CNRS, ISEM)
- François MASSOL (CNRS, iEES-Paris)
- Catherine MATIAS (CNRS)
- Stéphane ROBIN (Sorbonne Université)
- Elisa THEBAULT (CNRS, iEES-Paris)
Monday | Introduction
- Welcome
- Introduction to networks
- What kind of networks in ecology?
- How are ecological network data collected?
- igraph
- The structure of ecological networks (1)
Tuesday | Network metrics and null models
- Metrics
- Network models, null models
- Complexity stability
- The consequences of network structure
- Group projects
Wednesday | Generative Stochastic Models
- Introduction to block models
- Selecting the number of blocks
- The structure of ecological networks (2)
- Group projects
Thursday | Multilayer networks
- Multilayer networks in ecology
- Multilayer in practice
- Group projects
Friday | Opening and group presentations
- Motifs, embedding, collection of networks
- Finalizing presentations
- Group project presentations