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Formation Publié : 2 novembre 2026 I Mis à jour : 5 mai 2026

[FRB-Cesab] La donnée en biodiversité : de l’acquisition à l’ouverture – 2026

Cette formation de cinq jours a pour objectif de travailler autour des différentes étapes du cycle de la donnée, de l’acquisition à l’ouverture en passant par la gestion, le stockage et la rédaction de data papers.

[FRB-Cesab] La donnée en biodiversité : de l’acquisition à l’ouverture – 2026

Le Cesab – Centre de synthèse et d’analyse sur la biodiversité – de la FRB, le Pôle National des Données de Biodiversité (PNDB) et GBIF France proposent la troisième édition de la formation « La donnée en biodiversité : de l’acquisition à l’ouverture ». Cette formation de cinq jours a pour objectif de : 1) contextualiser les enjeux autour de la compréhension, du partage et de la (ré)utilisation des données et métadonnées de biodiversité et 2) faire monter en compétences les communautés intervenant à une ou plusieurs étapes du cycle de la donnée.

 

Cette formation sera dispensée en français et se déroulera du 2 au 6 novembre 2026 dans les locaux du Cesab à Montpellier. Son prix est de 250 € pour la semaine – repas du midi inclus. Les frais de transport, d’hébergement et les repas du soir sont à la charge des participant(e)s.

 

 

Retrouvez la formation sur GitHub

 

 

 

La FRB propose 4 bourses de 250 € qui couvriront l’intégralité des frais d’inscription. Ces bourses sont destinées à soutenir les personnes ne bénéficiant d’aucun appui institutionnel (par exemple, financement de leur laboratoire, équipe de recherche, etc.) et qui ne sont pas en mesure de couvrir les frais d’inscription sur leurs fonds propres. Nous faisons pleinement confiance à chaque candidat pour évaluer sa situation et solliciter une bourse uniquement si cela s’avère nécessaire. La sélection des participants sera réalisée indépendamment des demandes de bourse. Une fois cette sélection effectuée, les bourses seront attribuées par tirage au sort parmi les personnes sélectionnées ayant exprimé un besoin d’aide financière.

 

 

Une bonne maîtrise du logiciel R est requise

 

 

Se pré-inscrire à la formation

 

 

 

Liste des organisateur.ice.s (par ordre alphabétique) :

 

INFORMATIONS PRATIQUES

Formation :
du 2
au 6 novembre 2026

 

  • Ouverture des pré-inscriptions :

4 mai 2026

 

  • Clôture des pré-inscriptions :

1er juin 2026, minuit (CEST)

 

  • Confirmation de participation :

Fin juin 2026

FRB-Cesab

5, rue de l’École de médecine

34000 Montpellier

 

Contact

Nicolas Casajus 

FicheMail

Pré-programme

Des cours magistraux suivis de travaux dirigés seront dispensés les quatre premiers jours.

 

Introduction et tour d’horizon

  • Défis actuels en matière de données sur la biodiversité
  • L’écosystème de la donnée en France et en recherche
  • Concepts de reproductibilité
  • Qu’est-ce qu’une donnée/métadonnée ?
  • Grands types de données
  • Cadres et bonnes pratiques (cycle des données, FAIR, etc.)

Acquisition des données

  • Bonnes pratiques pour la collecte de données
  • Principales bases de données
  • Accès aux données (API, web scraping, text mining, etc.)
  • Données brutes vs. données dérivées

Gestion des données

  • Structure, formats et fichiers
  • Traitement, nettoyage et homogénéisation
  • Tutoriel OpenRefine

Aspects juridiques

  • Partage, licences, etc.

Ouverture des données

  • Plan de gestion des données
  • (Méta)données : les standards
  • Stockage et archivage
  • Diffusion et partage
  • Valorisation : Data paper et Software paper

Des travaux pratiques en sous-groupes seront réalisés le dernier jour

CO-ORGANISATEUR
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