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mars 2021  I  Article  I  FRB  I  Biodiversité et santé

Biodiversité et épidémies

Comment un virus peut passer d’une espèce à une autre, du monde sauvage à l’espèce humaine ?
Que savons-nous des liens entre épidémies et érosion de la biodiversité, des risques associés ?
Comment la préservation de la biodiversité peut limiter l’émergence de nouvelles maladies infectieuses ?

Biodiversité et épidémies

Il y a un an la France entamait sa première période de confinement afin de ralentir la propagation d’une nouvelle maladie : la Covid-19. Causée par l’émergence d’un coronavirus, cette maladie infectieuse est devenue en quelques mois une pandémie et a soulevé de nombreuses interrogations tant sur le plan médical, sanitaire ou environnemental. Au cours des derniers mois, des chercheurs français et internationaux ont rassemblé les connaissances existantes pour mettre en lumière les consensus et dissensus sur les zoonoses au sein de la communauté scientifique et identifier les lacunes de connaissances dans ce domaine. Plusieurs rapports ont été publiés par différentes instances, à l’instar des 22 fiches réalisées par la Fondation pour la recherche sur la biodiversité (FRB) dès mai 2020 ou encore du rapport de l’Ipbes sorti en octobre dernier. Retour sur les points clés de ces travaux.

 

 

Consulter les 22 fiches

 

 

MALADIES INFECTIEUSES, ZOONOSES, PANDÉMIESDE QUOI PARLE-T-ON ?

 

Les maladies infectieuses sont causées par des micro-organismes pathogènes (les agents infectieux), tels que des bactéries, des virus, différents organismes parasites ou encore des champignons. Elles peuvent se transmettre d’un individu à un autre, au sein d’une même espèce ou d’une espèce à une autre. Dans le cas d’une transmission d’un animal vertébré à un être humain, ces maladies sont appelées zoonoses 

 

On dit des maladies infectieuses qu’elles sont « émergentes » lorsqu’elles émanent d’un nouvel agent infectieux ou que leur diagnostic et leur identification est récente. Si elles se propagent rapidement au sein d’une population et que l’on constate un grand nombre de cas infectés, on parle d’épidémie, puis de pandémie quand la propagation atteint plusieurs pays et plusieurs continents1.

 

À l’origine des pandémies

 

Fiches FRB 1 à 8

 

 

Depuis 50 ans, le nombre d’épidémies au niveau mondial a augmenté, avec en moyenne environ deux à trois nouveaux agents infectieux émergents par an. Selon le rapport de l’Ipbes, 70 % des maladies émergentes, telles que l’encéphalite, Ebola, les virus Zika ou Nipah, et presque toutes les pandémies connues (grippe, VIH/Sida, Covid-19) sont des zoonoses. Bien que ces pandémies proviennent de divers pathogènes transportés par des réservoirs animaux, leur émergence est en très grande partie due aux activités humaines.

 

Dans le cas de la Covid-19, l’origine du virus est encore méconnue. Une proximité forte avec les virus présents chez certaines chauve-souris a été démontrée, mais les mécanismes ayant mené à l’émergence, à l’évolution de la souche SARS-Cov2 et à sa transmission aux humains sont encore inconnues. Des recherches sont en cours pour acquérir de nouvelles connaissances et venir éclairer les décideurs sur les mesures de prévention à adopter.

 

Émergence des zoonoses et érosion de la biodiversité : des processus étroitement liés

 

Fiches FRB 9 à 17

 

 

On sait aujourd’hui que la multiplication des zoonoses observée ces dernières décennies est liée aux perturbations de l’environnement, associées à l’impact croissant des activités humaines sur les milieux. Ce processus d’anthropisation se traduit par la destruction des habitats de la faune sauvage, par la pénétration croissante des humains dans les milieux encore préservés ou encore par la création d’habitats artificialisés auxquels s’adaptent certains éléments de la faune sauvage, notamment ceux les plus susceptible d’héberger des pathogènes dangereux pour l’Homme (travaux de N. Charbonnel et projet européen BiodivERsA-BioRodDis).

 

Les résultats du rapport de l’Ipbes et de la synthèse de la FRB convergent sur le fait que les causes sous-jacentes des pandémies sont les mêmes que celles entraînant l’érosion de la biodiversité, à savoir : la surexploitation des ressources biologiques, le changement d’affectation des terres et des mers, le changement climatique, l’expansion et l’intensification de l’agriculture ainsi que le commerce d’espèces sauvages. Ces cinq facteurs :

 

  • perturbent les interactions naturelles entre les espèces sauvages et leurs microbes ;
  • augmentent les interactions humains-animaux sauvages et animaux domestiques-animaux sauvages aux interfaces entre villes, zones rurales et forêts ;
  • sont à l’origine de la multiplication des transferts de pathogènes d’origine animale vers les humains.

 

 

POUR ALLER PLUS LOIN
LES ZOONOSES PEUVENT AUSSI AVOIR UNE ORIGINE MARINE  

 

Au travers par exemple de la pêche ou d’activités touristiques, les humains entretiennent également des liens étroits avec la biodiversité marine. L’ingestion d’un produit issu du milieu marin ou le contact avec une eau infectée peut engendrer une transmission de pathogènes. Ces derniers peuvent provoquer des infections cutanées localisées ou des maladies systémiques (qui affectent tout le corps et non pas certains organes) potentiellement mortelles, ce qui pourraient représenter des risques pour la santé publique.  

 

Des chercheurs américains ont surveillé les agents pathogènes chez les vertébrés marins dans l’Atlantique Nord-Ouest et y ont révélé une diversité d’agents. Les vertébrés marins peuvent aisément transmettre des agents pathogènes aux baigneurs, aux pêcheurs et au personnel de santé de la faune. Ces maladies infectieuses peuvent ensuite se propager via le commerce et les mouvements transfrontaliers de produits marins liés à l’intensification de l’aquaculture et de la mondialisation des produits de la mer. Les mouvements de migration des espèces marines participent aussi à ce phénomène. À ce jour, aucune épidémie ou pandémie majeure ne semble toutefois avoir eu une origine marine.

 

Les agents pathogènes présents chez les vertébrés marins peuvent venir de la contamination des eaux côtières par les eaux usées, le ruissellement et les déchets agricoles et médicaux.

 

Comment échapper aux pandémies ?
 
Mieux maîtriser les éléments de l’équation du risque pandémique

 

L’existence de liens entre changements environnementaux globaux, perte de biodiversité et des services de régulation associés et émergence de maladies infectieuses fait désormais consensus. À ce titre, la préservation de la biodiversité apparait comme un enjeu fort dans la lutte contre l’apparition de nouvelles zoonoses et pandémies. À ce stade, pour imaginer des solutions pertinentes, il est nécessaire de mieux comprendre le risque d’émergence d’une pandémie, qui peut être exprimé au travers de l’équation suivante :

 

Risque pandémique = Danger x Exposition x Vulnérabilité

 

Le danger est lié à la présence d’agents infectieux dans le milieu.

L’exposition correspond à l’occurrence, à la survenue de contacts entre les humains et les animaux infectés.

La vulnérabilité équivaut à la sensibilité des populations humaines face à ces agents. Elle est exacerbée par les défaillances potentielles des systèmes de santé publique.

 

 

L’Ipbes propose de classer les pistes de solutions en cinq catégories qui sont détaillées dans ce document et enrichies des propositions identifiées par le groupe d’experts recherche mobilisé par la FRB en mai dernier : (1) Lutter contre le changement d’usage des terres pour réduire le danger (les espèces sont plus résilientes aux maladies) et l’exposition (il y a moins de contacts entre les humains et les espèces sauvages), (2) réduire les risques liés au contact avec les animaux sauvages pour contribuer directement à réduire l’exposition, (3) faire évoluer la gouvernance internationale, (4) augmenter la sensibilisation et l’engagement de la société et enfin, (5) renforcer la recherche.

 

Nous abordons moins ici les aspects liés à la vulnérabilité, ceux-ci n’étant pas concernés par les actions axées sur la biodiversité. La réduction de la vulnérabilité passe par les systèmes de santé : développement des infrastructures de santé, augmentation de leur capacité d’accueil, solutions sanitaires (traitements, vaccins). Cette approche – qui est celle habituellement mise en œuvre – repose principalement sur une réponse réactive, basée sur le contrôle d’une maladie après son émergence. La réduction des facteurs d’émergence des maladies afin de prévenir leur apparition même est plus efficace et devrait être privilégiée.

 

La prévention des épidémies par la lutte contre les facteurs de perte de biodiversité a un coût économique et social moins important que la réaction aux pandémies. Selon l’Ipbes, les mesures de contrôle après l’apparition d’une maladie causent plus de mille milliards de dollars de dommages économiques par an tandis que la prévention des pandémies par la préservation de la biodiversité2 est estimée à un coût compris entre 22 et 31,2 milliards de dollars par an.

 

 

Réduire les risques liés aux changements d’usage des terres

 

 

Fiches FRB 18 à 22

 

 

Les contacts entre les animaux domestiques et animaux sauvages infectés ou entre les animaux infectés et les humains doivent être évités. La réduction des habitats naturels par les activités humaines augmente les contacts et donc l’exposition des humains et des animaux domestiques aux agents infectieux. Les changements d’usage des terres sont motivés par nos modes de consommation (par exemple, la consommation d’huile de palme, de plantes et bois exotiques, de viande et d’autres produits animaux internationaux, de produits nécessitant l’extraction de métaux, d’infrastructures de transport), qui sont aujourd’hui intensifs et mondialisés. Cela crée un terreau très favorable aux pandémies, les systèmes étant moins résilients et plus connectés.

 

Une consommation sobre, qui pour l’alimentation favorise les produits issus de l’agro-écologie et des circuits courts, est donc un moyen de prévenir l’émergence de zoonoses via le changement d’usage des terres.

 

Du côté de la production, l’Ipbes identifie la possibilité de mettre en place des mécanismes incitatifs (subventions ou taxes) pour que les entreprises évitent les changements d’usage des terres, les produits agricoles ou d’élevage d’animaux sauvages présentant un risque particulier de zoonose. La surveillance et les mesures de biosécurité autour des exploitations agricoles intensives, afin de s’assurer de l’absence de contacts avec les animaux sauvages peuvent être renforcées.

 

De manière générale, les évaluations d’impacts des grands projets de développement et d’affectation des terres ne tiennent pas compte des impacts potentiels sur la santé et des risques de pandémies et de maladies émergentes. En intégrant cette dimension (selon l’approche Eco Health, voir ci-dessous).

 

Ces points soulignés par l’Ipbes peuvent être complétés par d’autres éléments mis en avant par la FRB dans son travail sur les liens entre zoonoses et biodiversité :

 

Évaluer l’efficacité des mesures de conservation et de restauration de la biodiversité à réduire les pandémiesainsi que les compromis à faire entre maintien des mesures de conservation et de restauration et changement d’utilisation des terres lorsque le risque de propagation de la maladie augmente, pourrait également contribuer à réduire le changement d’usage des terres. Ces évaluations permettraient d’étendre et d’améliorer le degré de protection des aires protégées afin de limiter la multiplication des zoonoses tant terrestres que marines. Ces points soulignés par l’Ipbes peuvent être complétés par d’autres éléments mis en avant par la FRB dans son travail sur les liens entre zoonoses et biodiversité :  

 

  • Des aires sous protection forte devraient voir l’interdiction ou le strict encadrement des changements d’usage des terres, limitant ainsi l’interface entre la vie sauvage, les animaux d’élevage et les humains. Elles permettent également de préserver la richesse et la diversité des espèces hôtes, Ce phénomène diminue la probabilité du passage d’un pathogène de l’animal à l’humain.
  • Des mesures de conservation et d’utilisation de la diversité des races domestiques permettraient de renforcer la résilience des systèmes d’élevage face au risque zoonotique. Les races locales sont souvent plus adaptées aux conditions d’un milieu donné, contrairement aux espèces qui ont été sélectionnées pour leur performance de production, sans lien avec le milieu dans lequel elles vivent.

 

 

Réduire les risques liés aux animaux sauvages

 

Il peut être envisagé d’éliminer les agents infectieux ou les espèces hôtes de ces pathogènes, mais cela va à l’encontre d’une logique de préservation de la biodiversité et, surtout, le succès de telles opérations n’est pas assuré. Par exemple, en 2012 au Royaume-Uni, un programme d’abattage des blaireaux a été lancé par le gouvernement afin de lutter contre la tuberculose bovine. Or, selon une étude de 2007 de « Independent Scientific Group on Cattle TB », le blaireau n’est pas la seule espèce vectrice de cette maladie et l’abattage de cette espèce ne contribue pas de manière positive, ou rentable, au contrôle de la tuberculose bovine en Grande-Bretagne.

L’éradication des espèces hôtes pose également des problèmes éthiques, ces espèces ayant un droit d’existence pour elles-mêmes.

 

Les espèces identifiées comme étant hôtes ou vectrices d’agents pathogènes ont des fonctions écologiques importantes. Par exemple, les chauves-souris Rhinolophes sont des réservoirs importants de virus potentiellement pathogènes pour l’Homme, mais ce sont aussi des animaux essentiels au bon fonctionnement des écosystèmes terrestres. Les populations humaines en retirent des services multiples et importants, notamment en matière de régulation des populations d’insectes vecteurs ou ravageurs des cultures, de pollinisation et de régénération végétale3.

 

L’acquisition de matériel génétique en provenance de virus a fortement contribué à l’histoire évolutive des espèces, dont la nôtre. En effet, les transferts horizontaux d’ADN sont reconnus comme un phénomène important dans l’évolution des organismes pluricellulaires. Le maintien de la diversité génétique est donc important dans une perspective évolutive.

 

Les pistes principales d’action sont donc celles qui concernent les conditions de chasse et de commerce des espèces sauvages. Elles recouvrent des mesures prophylactiques4 pour sensibiliser, communiquer et éduquer les populations (chasseurs, vendeurs et consommateurs) à l’hygiène lors de la manipulation, du commerce et de la consommation de viande sauvage. Il faudrait tester l’efficacité de certaines mesures pour réduire les risques, comme l’instauration de journées de nettoyage des marchés de vente de viande sauvage, l’amélioration de la chaîne du froid et des protocoles de biosécurité5 et de biosûreté6. Il est également important de surveiller les maladies des animaux sauvages, domestiques, ainsi que celles affectant les chasseurs, agriculteurs et négociants en contact avec des espèces sauvages pour éviter qu’elles ne se transforment en épidémies, voire en pandémies.

 

Cela implique également de renforcer au niveau international l’application de la réglementation en matière de commerce d’animaux sauvages, et à un élargissement significatif de son champ d’action en matière d’espèces concernées. La convention dite de Washington (CITES) règlemente le commerce d’espèces sauvages menacées d’extinction uniquement. Cela pourrait s’étendre au commerce d’espèces sauvages présentant un risque élevé d’émergence de maladies. Des contrôles renforcés sont nécessaires et nécessitent une collaboration entre les Etats. 

 

 

Développer l’approche Eco Health dans la gouvernance et les politiques

 

Eco Health est une approche qui reconnaît les interdépendances entre la santé des espèces humaines, domestiques et sauvages. Selon cette logique, les uns ne peuvent être en bonne santé si les autres ne le sont pas. Au niveau des politiques, une approche Eco Health implique d’introduire les enjeux de santé publique comme enjeux des politiques de conservation, mais aussi, d’introduire les enjeux de la conservation comme enjeu des politiques de santé publique humaines, animales et végétales.

 

Les systèmes agro-alimentaires et les modes de consommation ont un rôle important à jouer et doivent être pris en compte dans l’approche Eco Health, l’alimentation étant une composante importante de la santé humaine, tandis que l’agriculture et l’élevage se soucient directement de la santé des espèces domestiques. L’agriculture intensive étant par ailleurs le premier facteur de perte de biodiversité, elle joue un rôle important dans la santé des espèces sauvages et serait responsable de plus de 25 % de toutes les maladies infectieuses et de plus de 50 % des zoonoses (voir la fiche FRB n°10).

 

L’Ipbes note qu’à ce stade il n’existe pas d’instance de gouvernance internationale (organe intergouvernemental ou convention internationale) dédiée à la prévention des pandémies ou à l’atteinte d’une santé globale pour les humains, les animaux et l’environnement. Etablir de telles instances peut permettre de faire avancer la prise en compte de l’approche Eco Health, mais comme la FRB le soulignait fin 20197, il y a déjà une multiplication des organes de gouvernance traitant de la biodiversité. Un partenariat intergouvernemental via les organes en place tels que l’Organisation mondiale de la santé animale (OIE), la CITES (voir ci-dessus), la Convention sur la diversité biologique (CDB), l’Organisation mondiale de la santé (OMS), l’Organisation des Nations unies pour l’alimentation et l’agriculture (FAO) et l’Union internationale pour la conservation de la nature (UICN) pourrait notamment permettre de réduire les risques de zoonoses via le commerce international d’espèces sauvages.

 

En 2021, le calendrier politique au niveau national et international est dense et peut permettre l’intégration de ces enjeux de santé dans les politiques de biodiversité, avec notamment la Cop 15 de la CDB à l’international, et, au niveau français, la préparation de la future stratégie nationale pour la biodiversité (SNB). Des mesures intégrant les enjeux de la biodiversité et concourant à sa préservation, dans le cadre de la reprise économique verte suite à la Covid-19 peuvent également jouer le rôle d’assurance contre de futures épidémies. Au niveau des financements, l’Ipbes a identifié comme option la génération de nouvelles obligations vertes d’entreprises ou souveraines pour mobiliser des ressources pour la conservation de la biodiversité et la réduction du risque de pandémie.

 

 

Sensibiliser la société et engager les citoyens et les acteurs économiques dans les mesures de réduction des risques pandémiques

 

Nous l’avons vu : chaque citoyen a un rôle à jouer dans la réduction des risques épidémiques, en tant que consommateur, voyageur… Afin de faire évoluer les comportements, des mesures d’éducation et de communication sont nécessaires, notamment chez les jeunes générations. Une réflexion sociétale peut être menée afin de classer les modes de consommation selon le niveau de risque qu’ils comportent de faire émerger une pandémie, afin de trouver collectivement des solutions alternatives. La transition vers des régimes alimentaires plus sains, avec une consommation responsable de viande est un élément clé pour lutter contre le changement d’usage des terres (la viande importée ou nourrie avec des produits d’importation comme le soja entraînant la déforestation) ou contre les risques sanitaires associés à la consommation de viande sauvage. Cette démarche doit s’inscrire dans une réflexion plus large sur la sécurité alimentaire, qui permettrait d’allier réduction de la consommation d’animaux sauvages et agriculture plus durable.

 

 

Les principales contributions attendues de la recherche pluridisciplinaire

 

Il existe encore beaucoup d’inconnues pour mieux comprendre l’émergence des zoonoses. Les points suivants ont été identifiés par la FRB et l’Ipbes comme prioritaires pour la recherche sur le sujet biodiversité et santé :

 

  • développer des méthodes et modèles de prédiction des zoonoses, en étudiant la relation entre la dégradation et la restauration des écosystèmes et la structure du paysage, et le risque d’émergence des maladies ;

  • conduire des analyses économiques du retour sur investissement pour les programmes qui réduisent les changements environnementaux qui conduisent aux pandémies ;

  • mieux comprendre les principaux comportements à risque qui conduisent à des pandémies et le rôle joué par différents acteurs : communautés rurales, secteur privé, gouvernements nationaux ;

  • recueillir des données sur l’importance relative du commerce illégal, non réglementé et légal et réglementé de la faune sauvage dans le risque d’épidémies ;

  • mieux connaître la diversité microbienne en lien avec le potentiel d’émergence ou le développement de thérapies ou de vaccins ;

  • mettre en place des observatoires dédiés au suivi des agents pathogènes et mieux comprendre les fondements évolutifs des changements d’hôtes impliqués dans la propagation des maladies zoonotiques et l’adaptation des agents pathogènes émergents à de nouvelles espèces.

 

________________________

2 L’Ipbes se fonde sur les estimations de l’article de Dobson et al. (2020), qui recouvrent les coûts associés à la surveillance du commerce d’espèces sauvages, aux programmes de détection précoce et de contrôle des maladies, à la recherche sur les virus des espèces sauvages et leur potentiel de transmissions aux espèces domestiques et aux humains, à la mise en place de mesures visant à diviser par deux la déforestation dans les zones tropicales, et à la fermeture du secteur de la production de viande sauvage en Chine.
4 Qui prévient une maladie.
5 désigne l’ensemble de mesures préventives et réglementaires visant à réduire les risques de diffusion et transmission de maladies infectieuses chez l’homme, l’animal et le végétal.
6 désigne l’ensemble des mesures visant à prévenir les risques liés à une mauvaise utilisation des micro-organismes ou des toxines.
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