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La gouvernance de la FRB est interdisciplinaire et multi-acteurs

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Le Conseil d’Administration (CA) est composé de 18 personnalités dont 9 représentants des membres fondateurs, 5 membres du Conseil d'orientation stratégique (COS), 2 personnalités qualifiées et 2 représentants des enseignants-chercheurs.

Le Conseil Scientifique (CS) est la voix de la communauté scientifique. Composé de 20 personnalités scientifiques françaises ou étrangères, il donne son avis sur les grandes orientations, le programme d’action annuel et apporte son expertise sur les questions relatives à la biodiversité.

Le Conseil d’Orientation Stratégique (COS) rassemble plus de 170 acteurs de la société (entreprises, ONG, collectivités…), tous porteurs d’enjeux de la biodiversité. Cette instance, organisée en 40 groupes ou collectifs d’acteurs (répartis en 5 collèges thématiques), émet des avis et formule des propositions relatives aux missions de la Fondation, aux orientations de ses travaux et à leur valorisation.